接下來的四年，爆發了美國內戰南北戰爭。日益城市化和工業化的北部各州擊敗了以種植園農業為主的南部各州。但是雙方共600,000至700,000的美國人犧牲，並且許多南方土地被毀壞。最後，奴隸製被廢黜了，美國也開始了緩慢的重建。
這段時間也是一個空前的移民高潮，有3700萬人在1840年與1920年間移居美國，範圍包括歐洲、非洲以至亞洲。這除為美國提供充足勞動力外，並令先前未開發的區域得以開發，如加州中部。美國種族之間衝突開始，大量黑人遭受壓迫，以便白人農民和大農場經營者可以接管他們的土地。
南北戰爭，又稱美國內戰（American Civil War），是美國歷史上一場大規模的內戰，參戰雙方為美利堅合衆國（簡稱聯邦）和美利堅聯盟國（簡稱邦聯）。這場戰爭的起因為美國南部十一州以亞伯拉罕·林肯於1861年就任總統為由而陸續退出聯邦，另成立以傑斐遜·戴維斯為“總統”的政府，並驅逐駐紮南方的聯邦軍，而林肯下令攻打“叛亂”州。此戰不但改變當日美國的政經情勢，導致奴隸制度在美國南方被最終廢除，也對日後美國的民間社會産生巨大的影響。
起因
美國各州與中央政府之間曾有過一場持續的紛爭，不管是對於中央的權力或者公民的效忠，而這場競爭幾乎自共和成立以來便已揭幕。例如1798年的肯塔基及維基尼亞决議案(Kentucky and Virginia Resolutions)便公然反對客籍法和鎮壓叛亂法(Alien and Sedition Acts)，另外在哈特福特會議(Hartford Convention)中，新英格蘭表示反對麥迪遜總統與1812年戰爭。
於1828年與1832年，國會通過了提高對歐洲工業産品的關稅以利北方各州的工業。由於這項關稅政策將對倚重對歐洲大量外銷農産的南卡羅萊那州及其它南方各州造成經濟上之衝擊，美國南方農業州擔心歐洲各國會報復美國而提高對美國農産的關稅，因此被譏為“嫌惡關稅”。對此南卡羅萊那州議會召開州代表大會，通過了聯邦法令廢止權條例(Ordinance of Nullification)，宣佈1828及1832年的關稅法於該州內無效作廢。州議會並通過相關法令以貫徹該項條例，包括授權組織軍隊與購置武器。為回應南卡羅萊那州的威脅，國會通過了“軍力動員法”(Force Bill)，而傑剋森總統於1832年11月派遣七艘小型海軍船衹與一艘武力軍艦前往查理斯頓。12月10日，傑剋森振辭反製聯邦法令廢止權條例的一方。
在內戰前夕，美國是由四個截然不同的區域組成的國傢：
1. 東北部（即今新英格蘭）—成長中的工業與商業及相應之人口密度增長；
2. 西北部（即今中西部Midwest）—自由農民於此迅速發展，拜西北條例(Northwest Ordinance)之賜此處永無奴隸制度；
3. 上南方(the Upper South)－墾殖農場，但部份區域經濟衰退；
4. 西南方－雨後春筍般蓬勃發展的棉花經濟區。
這時，一本震撼世界的巨著---“湯姆叔叔的小屋”出版了。甫出版即被迫加版再印，閱者邊讀邊拭淚，旁聽者邊聽也鼻酸。這本書的出版讓北方的人民知道奴隸們的辛酸血淚，加速了“廢奴令”的頒布。
南北戰爭爆發前，美國憲法為將來政府提供了和平辯論的基礎，並且能夠平衡這個新的國傢關係中的利益衝突和矛盾，在數年間，自由州和奴隸州的數目在妥協中逐漸令參議院得以平衡。1845年最後一個奴隸州得剋薩斯得到承認，五個自由州在1846年到1859年間得以認可，原先是奴隸州的堪薩斯在先前被拒絶，隨後在1861年以自由州加入。隨後在北方興起大規模民主的工業革命和工業化浪潮,舊的兩黨格局解除,日益激烈和敵對的思想意識形態導致以往為了避免危機而訂立的君子協定（例如密蘇裏妥協與1850妥協）越來越不可能。同時南方各州使用奴隸讓北方各州成為新移民優先選擇的目的地，以致北部在國會和總統選舉優勢按照人口規模日益強大。
1850年代黨爭在本質和強度急劇轉變。美國共和黨在1854年成立，這個新生的政黨與林肯都反對自由貿易，以便保護美國北方新興的工業，與今日共和黨的立場完全相反(哈佛商業評論,2009年4月號)。雖然有小部分北方人支持令南方廢除奴隸制度的措施，共和黨卻有能力得到不願和奴隸競爭的北方人和西部人的支持。共和黨贏得很多前輝格黨員及擔心美國參議院、布坎南政府及最高法院受南方不成比例的影響的北方前民主黨員。
同時，棉花的豐厚利潤加深南方對種植及奴隸的依賴。少部份奴隸的主人，特別是棉花種植者，主導南方的政治和社會。
共和黨林肯的當選引發南方的脫離。林肯是反對奴隸制度的溫和派。他承諾盡其所能反對奴隸制度在新領土的擴張（及阻止任何新奴隸州加入聯邦）；但也說聯邦政府無力廢除已實行州份的奴隸制度，所以他會執行逃奴法。南方州份預期會對它們獨特的制度敵意增加；而不信任林肯，並對其他衆多共和黨員有意全面廢除奴隸制度起戒心。林肯甚至在1858年以“分裂之傢演說”鼓勵廢奴主義者通過對奴隸主的經濟補償並組織前奴隸遷離蓄奴州，逐漸和平終止蓄奴制度。
由於林肯的總統勝選，奴隸州失去了在參議院的權力平衡，並將會面對在總統府和國會在數十年控製後的持續弱勢。南方人也感到不能阻止類似莫裏爾關稅法的保護主義關稅。
在1798年肯塔基及維基尼亞决議案及1832年拒行聯邦法危機(Nullification Crisis)之前經已辯論，面對關稅的威脅，南方以此為由單方面行使州權脫離聯邦。
南北對立與衝突
來自美國北方的共和黨人林肯雖然不是解放黑奴的倡言者，但他認為蓄奴不人道，反對擴大蓄奴，而一嚮以奴隸來發展産業的南方對此感到強烈反對。然而，北方對於南方這種工人的壟斷者亦産生仇視心理，雙方開始出現矛盾。1860年，林肯當選總統，而林肯在政綱中提及的保護關稅及《宅地法》大大削弱了南方奴隸主的利益。這使南卡羅來納州在1861年旋即宣佈退出聯邦，而南方各州亦紛紛響應南卡羅來納州，脫離聯邦，並成立“美利堅聯盟”，推舉來自肯塔基州的傑斐遜·戴維斯為總統。兩個月後，南方政府開始發動武裝起事，北方政府被逼應戰，南北戰爭開始爆發。
國傢分裂
內戰期間的勢力分佈圖： 美利堅合衆國州份（奴隸製違法） 美利堅合衆國領地（奴隸製違法） “血濺堪薩斯”，合衆國州份（奴隸製違法） 美利堅合衆國邊界州份（奴隸製合法） 美利堅聯盟國州份（奴隸製合法） 美利堅聯盟國領地（奴隸製合法）
林肯入主白宮前，有七個州脫離聯邦，1861年2月9日，它們組織建立了一個新的南方政府—美利堅聯盟國。在布坎南少許反抗下，它們在取得範圍內聯邦城堡和物業的控製權。諷刺地，在脫離後，反抗的州份減弱對有爭議地域的要求，取消北方歸還逃奴的責任，並保證它們長期反對的議案和修訂得到順利通過。1861年4月12日內戰由邦聯將領皮瑞·波利加德嚮南卡羅萊那州查爾斯頓港的桑特堡開火開始。
南方諸州
共有七個州於1860年美國總統選舉後，林肯就任前迅速脫離聯邦。這些州分別是：
* 南卡羅萊納州（1860年12月21日）
* 密西西比州（1861年1月9日）
* 佛羅裏達州（1861年1月10日）
* 阿拉巴馬州（1861年1月11日）
* 佐治亞州（1861年1月19日）
* 路易斯安納州（1861年1月26日）
* 得剋薩斯州（1861年2月1日）
這些奴隸製和棉花種植園農業占主導地位的“深南”州(Deep South)於1861年2月4日成立了美利堅聯盟國(Confederate States of America)，傑斐遜·戴維斯(Jefferson Davis)為總統，並且依據美國憲法建立政府。在南卡羅萊納的薩姆特堡戰役(Battle of Fort Sumter)後，林肯號召所有其餘州的部隊收復薩姆特堡，結果維吉尼亞州、阿肯色州、北卡羅萊納州、田納西州四州脫離聯邦。
邊界州
在維吉尼亞州周圍的馬裏蘭州、德拉瓦州、密蘇裏州及肯塔基州雖然仍保有奴隸制度（亦即所謂的“奴隸州（Slave States）”），但並未加入南方邦聯，這四州以及西維吉尼亞州（維吉尼亞州西北方部分郡縣的居民拒絶脫離美國聯邦政府，於是另組西維吉尼亞州加入聯邦）成為南北戰爭的邊界州。
德拉瓦州雖然在1860年的選舉支持南方的民主黨候選人約翰·布瑞肯裏奇（John C. Breckinridge），但是畜奴制度並不普遍，是以並未考慮脫離聯邦政府。馬裏蘭州的多數公民當初亦支持布瑞肯裏奇，不過隨着1861年巴爾的摩暴動因聯邦政府宣佈戒嚴法而平息之後，州議會於同年4月27日否决了脫離聯邦政府的提案。密蘇裏州以及肯塔基州雖然並未脫離美國聯邦政府，但是部分政治人物組成了所謂的獨立政府（"secessions"），並且獲得了南方邦聯的認可。.
密蘇裏州州長剋雷泵·傑剋森（Claiborne F. Jackson）因為支持南方的獨立運動，所以在1861年離開了該州首府傑佛遜市，並於娜秀鎮（Neosho）組成流亡政府，並宣佈脫離聯邦；南方邦聯則於同年10月30日予以承認。同一時間，美國聯邦政府在密蘇裏召開製憲大會否决脫離聯邦的提案並且另組州政府。
雖然肯塔基州並未脫離聯邦，但是在南北戰爭期間該州長期宣佈中立。在南軍短暫占領該州期間，同情南方的民衆以及政治人物發起了獨立大會，並選出州長，此一政府旋即獲得南方邦聯的承認。
如前所述，維吉尼亞州西北部的居民因為拒絶脫離聯邦政府，最終脫離維吉尼亞州，並宣佈將逐步廢除奴隸制度，該州於1863年正式以西維吉尼亞州的名義加入聯邦。除維吉尼亞州之外，其他南方各州也曾零星發生類似的反獨立運動，不過都被南方邦聯以軍事戒嚴的方式敉平。另一方面，新墨西哥州雖然效忠聯邦政府，但是該州南方各郡縣决議脫離聯邦，並以亞利桑那州的名義加入南方邦聯。雖然新墨西哥州從未宣佈脫離聯邦政府，但是南方邦聯宣稱擁有新墨西哥州的主權，並曾於1862年3月13日至4月6日間，短暫地占領其首府聖菲（Santa Fe），不過南方邦聯並未進而籌組新墨西哥州臨時州政府。
戰爭過程
戰爭初始
林肯在1860年美國總統選舉獲勝引發南卡羅萊那州脫離聯邦。到1861年2月，再多六個州脫離。在2月7日，七個州為邦聯采納臨時憲法並在蒙哥馬裏建立首都。戰前的2月在華盛頓特區召開的1861和平會議嘗試解决危機失敗。其餘南部各州仍然留在聯邦。部分脫離聯邦的州奪取在範圍內的聯邦要塞（但未取得薩姆特堡），總統布坎南抗議，但除嘗試補給桑特堡失敗外沒有作出認真的軍事反應。不過，馬薩諸塞州、紐約州及賓夕法尼亞州的州長秘密購入武器及訓練軍隊。
少於一個月後，在1861年3月4日，林肯正式就任美國總統，在他的總統就職會場上，他主張憲法作為一個“更完美的結合”，有別於之前的邦聯條例作為一份有約束力合約；並宣稱脫離聯邦“在法律上無效”。他聲稱無意入侵南部州份，但將使用武力以維持聯邦物業的所有權。他的演說以恢復聯邦關係的請求結束。
南部曾經派出代表到華盛頓並願意為聯邦物業付出代價及與美國討論和平條約。林肯以邦聯不是合法政府為由拒絶任何與邦聯代表的交涉，而交涉等同承認邦聯為一個有主權的政府。
南卡羅萊那州查爾斯頓的薩姆特堡是三個在邦聯範圍內仍然受聯邦控製的要塞之一，而且林肯堅持要守住它。在邦聯總統傑佛遜·戴維斯的命令下，邦聯政府的皮瑞·波利加德部隊在4月12日炮擊要塞，迫使要塞投降。北方應林肯嚮各州的號召派遣部隊重奪要塞及保護聯邦。在當時叛亂顯示的小規模，林肯在90天召集74,000志願者。在數個月前，部分州長已經慎重地準備了民兵；在次日開始行動。
四個上南方州（田納西州、阿肯色州、北卡羅萊那州及維吉尼亞州）雖曾經多次拒絶邦聯提議，但此時拒絶聯邦派遣軍隊對抗他們的同胞，宣佈脫離聯邦，並加入邦聯。為報答維吉尼亞州，邦聯遷都到裏奇蒙。那個城市是邦聯的標志；一旦失守，邦聯將失去法律地位。裏奇蒙是一個在迂回麯折的補給綫上難以防守的地點。雖然裏奇蒙已經深溝高壘，城市的補給被謝爾曼占據亞特蘭大削弱並在格蘭特包圍彼得斯堡及補給裏奇蒙的鐵路後完全中斷。
蟒蛇計劃及聯邦封鎖 1861
美軍司令溫菲爾德·史考特（Winfield Scott）訂定蟒蛇計劃（Anaconda Plan）以盡量減少流血之下勝出戰爭。他的計劃是以聯邦封鎖（Union Blockade）主要港口來削弱邦聯經濟；然後奪取密西西比河以切斷南部。林肯接納計劃，但否决史考特反對立即攻擊裏奇蒙的警告。
1861年5月，林肯對所有南部港口實施聯邦封鎖，終止邦聯大部分國際船運。違法的船衹及貨物被擄獲而很多時不被保險所保障。在1861年後期，封鎖阻止了大多數港口之間的交通。封鎖中止了棉花貿易，打擊南方經濟。英國投資者建造小型快速的走私船從古巴及巴哈馬運來軍火及奢侈品交換高價的棉花及煙草。被擄獲時，走私船及貨物被出售而收入歸聯邦水手，英國船員則獲釋。封鎖引發糧食及其他用品的短缺，加上邦聯徵收糧食引緻南部惡性通貨膨脹及糧食暴動。
1862年3月，邦聯海軍鐵甲艦維吉尼亞號（CSS Virginia）嚮聯邦海軍發動攻擊打開封鎖；初時勢不可擋，但次日在漢普頓錨地海戰與新型聯邦戰艦莫尼特號（USS Monitor）交戰。戰役不分勝負，在聯邦而言是保住封鎖的戰術勝利。邦聯在逃走時失去維吉尼亞號以免於被擄，於是邦聯建造莫尼特號的復製品。由於欠缺建造高效能戰艦的技術，邦聯嘗試嚮英國購入戰艦。1865年1月聯邦在第二次非瑟堡之役的勝利封鎖最後一個南方可用的港口並中止偷運。
東部戰場 1861–1863
由於在維吉尼亞州馬納沙斯小撮邦聯軍隊的猛烈抵抗，在1861年7月，在爾溫·麥剋道威少將率領一次嚮邦聯的行軍並進行第一次馬納沙斯之役（第一次牛奔河之役），及後被邦聯軍將領約瑟夫‧強斯頓及皮瑞·波利加德擊退返回華盛頓。這次戰役邦聯軍將領湯瑪士·傑剋森得到“石墻”的稱號，因為他有如石墻般抵禦聯邦軍隊。被這次失敗所驚醒，及以防更多奴隸州脫離聯邦，同年7月25日美國國會通過Crittenden-Johnson Resolution，聲稱戰爭是為保存聯邦而不是終止奴隸制度。
喬治‧麥剋萊倫少將在7月26日接手聯邦波多馬剋軍團（他曾當聯邦軍司令，但其後讓亨利·郝列剋接替），戰爭在1862年正式展開。
在總統林肯強烈要求開始進攻行動下，麥剋萊倫在1862年春季由裏奇蒙東南，約剋河與詹姆斯河之間的維吉尼亞半島入侵維吉尼亞州。雖然麥剋萊倫在半島行動（Peninsula Campaign）中到達裏奇蒙大門，約瑟夫‧強斯頓在七鬆之役（Battle of Seven Pines）阻止他的前進，繼後羅伯特·李和部下詹姆斯·隆史崔特、約瑟夫‧強斯頓在七天戰役將他擊退。北維吉尼亞行動，包括第二次牛奔河之役，均以南方勝利告終。麥剋萊倫違反司令郝列剋增援約翰‧波普在維吉尼亞州聯邦軍的命令，令羅伯特·李的邦聯軍更易打敗為數兩倍的敵軍。
在第二次牛奔河之役的鼓勵下，邦聯首次入侵北部，9月5日李將軍率領北維吉尼亞軍團45,000人越過波多馬剋河進入馬裏蘭州。林肯隨後嚮麥剋萊倫歸還波普的部隊。9月17日麥剋萊倫和李在馬裏蘭州夏普斯堡附近安提耶坦之役交戰，是美國歷史上最血腥的一天。李的軍隊到最後被製止，在被麥剋萊倫殲滅之前回到維吉尼亞州。安提耶坦之役被認為是聯邦的勝利，因為它阻止李的北侵並讓林肯有機會宣佈《解放奴隸宣言》
謹慎的麥剋萊倫未能在安提耶坦追擊後，他被安伯洛斯·本賽少將接替。本賽很快就在12月13日的弗雷德裏剋斯堡戰役落敗，嚮瑪莉高地正面進攻徒勞無功，超過12,000聯邦士兵傷亡。戰役後本賽被約瑟夫·鬍剋少將接替。鬍剋同樣不能擊敗李的軍隊，雖然數量上與邦聯比較超過2比1，他在1863年5月在錢斯勒斯維爾戰役遭到羞辱。在6月李的第二次北侵被喬治·米德少將接替。米德在7月1日至7月3日的最血腥的蓋茨堡之役打敗李，並被認為是整場內戰的轉折點。在7月3日的皮剋特衝鋒亦是邦聯軍的最後高潮，不單是因為它代表了李將軍計劃嚮華盛頓施壓的終結，而且控製密西西比河的主要據點維剋斯堡在翌日陷落。李軍死傷約28,000人（米德軍23,000人）。但是林肯不滿米德未能攔截李的撤退，在米德非决定性的秋季攻勢後，林肯决定轉嚮西部戰場一决雌雄。
西部戰場 1861–1863
正當聯盟軍在東部取得了無數的勝利時，然而他們卻在最關鍵的西部上失敗了。聯盟軍在早期的Pea Ridge戰役中被聯邦軍從密蘇裏州趕了出去。另外，聯盟國的李歐尼達斯·波剋（Leonidas Polk）將軍在肯塔基州發動的侵入行動，結果也激怒了該州的民衆，因此，肯塔基州便成為了聯盟國的敵人。
納許維爾（田納西州的首府）也於1862年輸給了聯邦軍。自從1862年5月份，密西西比州的第10號島（Island No. 10）、密蘇裏州的New Madrid、田納西州的孟菲斯和路易斯安那州的新奧爾良幾個南方大城市都被聯邦軍占領了，從此，聯邦軍便可在密西西比州的土地上如“入無人之境”一般。衹剩下Vicksburg（密西西比州西南部的城市）在整條河的對岸繼續與聯邦抗拒。
聯盟軍的布雷斯頓·布瑞格（Braxton Bragg）將軍亦在第二次肯塔基州的侵略行動中被聯邦軍的比爾（Don Carlos Buell）將軍，於血腥的培利維爾（Perryvillel）戰役中被趕走。數月後又在Stone River戰役裏被William S. Rosecrans的軍團於田納西州打敗。但慶幸的是，聯盟軍於近田納西州的邊境，佐治亞州裏的奇卡牟加戰役（battle of Chickamauga）中取得了勝利。因為布雷斯頓·布瑞格將軍在這場戰役裏得到了James Longstreet軍團的支援（李將軍的東部援軍）。儘管聯邦的George Henry Thomas軍團在那裏英勇奮守，最終也衹能撤退。
聯邦的主要戰爭策略是來自西部的尤裏西斯·辛普森·格蘭特（Grant，Ulysses Simpson）所出的謀略，他曾在這次內戰中控製了敵軍的Donelson和Henry等要塞，和田納西州的坎伯蘭河。鞏固了聯邦政府對於密西西比州的控製，以及開始了美國內戰的轉折點。而且，尤裏西斯將軍更把聯盟軍由田納西州趕了出去，並嚮聯盟國的“心髒”地點進行入侵，那就是佐治亞州的亞特蘭大。
泛密西西比戰場 1861–1865
於1861年，聯盟國在亞利桑那州和新墨西哥州的戰役都一直順暢。而且該地的居民亦很快適應了聯盟國的條令，更要求聯盟國派出軍隊將當地駐守的聯邦軍趕走。後來，聯盟軍便派出Col. John Baylor將軍執行任務，並攻占了新墨西哥州的一個叫Mesilla的城鎮，還活捉了幾名聯邦將領。次年（1862年），聯盟軍隊欲北上奪取聯邦的領土，但可惜被由聯邦派出的加州援軍打敗，因此被逼退守亞利桑那州。
Glorieta Pass戰役是一場“小規模戰鬥”，因為在此次鬥爭裏雙方各有損傷（聯邦有140人死，聯盟則有190人死）。但若聯盟軍繼續嚮北追上，就有可能奪取到聯邦的要塞和科羅拉多州的丹佛城。所以，有一名來自德州的市民就發言說“如果沒有那些來自派剋峰（Pike's Peak）的混帳（聯邦軍）來阻擋我軍，可能整個國傢都是屬於我們的了！”在4月份，加州組織了聯邦軍隊，並於Picacho Pass戰役中將駐亞利桑那州的聯盟軍徹底趕走。至於美國的東部，雙方的戰爭已進行了近3年，而西北部的戰役亦宣告終結。
聯邦國曾經在1862年戰爭快結束的時期，幾次欲奪取得剋薩斯州、密西西比州和路易斯安那州的領土。因此，這三個州便在河流上進行封鎖行動。尤其是得剋薩斯州，他幾乎占領和封鎖了所以東部的港口。同時，為了給聯盟國有“後門”可逃，得剋薩斯州和路易斯安那州的西部地區一直以來都不停地在路地上，嚮墨西哥的Matamoros自治市提供棉屬植物等莊稼，更派人航行至歐洲各地交換供應，以收買人心。聯邦國為了阻止這些行動，决定對得剋薩斯州進行侵略，但是每次都失敗。聯盟國的勝利例如在：得剋薩斯州境內的加爾維斯敦和Sabine Pass戰役。這兩次戰爭都把聯邦的軍隊徹底地擊退。特別是聯邦軍災難般的失敗，就是在路易斯安那州西部的紅河戰役（Red River Campaign），和知名的Mansfield戰役。這些勝利終結了聯邦軍對這些地區的侵略計劃，直至到聯盟國垮臺之後。自從聯盟軍在東部被睏和李將軍的投降，內戰在未來幾個月裏依然沒有停止。雙方的最後會戰是在得剋薩斯州南部的Palmito Ranch戰役。諷刺地說，這是聯盟軍的“大勝利”。
南北戰爭時各戰役分佈圖
“猛虎”格蘭特
1863年時格蘭特將軍已經控製了整個密西西比河流域，將南方分割成東西兩個部分，戰略格局也從此改變。
南方邦聯瓦解
但北軍在戰略以及經濟上的優勢使得1865年4月李將軍終於放棄了南部聯盟的首府(裏士滿)，北軍勝利的態勢已經非常明顯， 李將軍在裏奇蒙淪陷後一周內投降。
1865年5月26日，南軍全數投降，戰事宣告結束。
南北教會
由於南北雙方奉行的政策不同，使得宗教界也出現了嚴峻的考驗，北方的教會對於聖經的理解把握得更加靈活，不斷設法通過對聖經的詮釋對解放黑奴加以辯護。在南方的教會領袖如：羅伯特·劉易斯·達布尼(Robert Lewis Dabney)使用加爾文宗的思想為奴隸製，和南方脫離聯邦的行動提供了看似合理的理論依據。因為南北的分歧，使得教會間互不信任、互相抨擊，而導致了教會的分裂。長老會早在1837年早已分裂，這除了種族問題其它的事件使得分裂更為復雜化。而衛理公會及浸信會也在這一波風暴中分歧的相當嚴重。
戰後
邊境州份密蘇裏州及馬裏蘭州隨戰事的進展終止了奴隸制度，在1864年12月, 國會動議美國憲法第13修正案；第13修正案在1865年尾被完全訂立，全美國廢止了奴隸制度。1868年第14修正案確定公民權利及給予聯邦政府更大權力以要求各州提供平等法律保障。1870年訂立第15修正案保證男性黑人（不包括女性黑人）投票權利。第14和第15修正案推翻了美國最高法院Dred Scott在1857年的决定，但特別在第14修正案，有意想不到及深遠的影響。然而戰後美國北方最大城市紐約市的哈林區搬入愈來愈多黑人居民後，原本的白人居民就搬傢離開，不願與黑人為鄰，可見即使當時在美國北方黑人白人相處並不融洽，南北戰爭實際上在美國白人心中與廢除奴隸製關係並不明顯。
由1876年大選到1964年大選，佐治亞州、阿拉巴馬州、密西西比州及阿肯色州沒有選舉人票投給共和黨，南卡羅萊那州及路易斯安那州例外的各衹有一張。大部分其他曾脫離聯邦的州份也壓倒性地投票反對共和黨，各州的地方選舉也有同樣主流性的支持趨勢。這個現象被稱為頑固的南方。但是，當民主黨總統林登·詹森在1964年簽訂公民權利法案後，在1964年南部州份的民主黨員離棄他而轉投共和黨的貝利·高華德。雖然貝利·高華德慘敗，共和黨在南部的支持仍然很強，也令南部成為共和黨的據點。
南方的生存者還是受到戰後的貧窮。此外，大部分的政治權力都轉移到北方。由於聯邦侵南的原故，南方多地飽受摧殘。雖然聯邦願意在戰後重建南方（Reconstruction）（1865—1877），但戰後75年內，Vicksburg城的市民都一直拒絶紀念美國獨立日，而密西西比州的州議會直到1995年纔接受美國憲法第13修正案。
同樣地，美國的北部雖然享受了經濟和政治上的勝利，但也因此而付出了很多犧牲，其中包括被支持南方的恐怖份子刺殺的林肯總統。戰後數十年裏，共和黨的政治人物仍通過挑起戰爭的記憶來攻擊自己的對手民主黨（這一策略被稱為“揮動血衣”）。並且，戰爭和重建導致的南北衝突不斷，令許多北方人對南部失去興趣，這使得共和黨在1876年大選後並不費力地就放棄了重建南方的計劃。同時，南方的貧窮現象日益嚴重，北方人也視之不理，更說南方的政治人物經常給聯邦政府添加麻煩。同時，北方也沒有在南方嚴格保護民權。
隨着時間的流逝，不少人的思想觀念都有所改變。1932年富蘭剋林·德拉諾·羅斯福當選為總統，令南方進入了一個新時代。南方人也和北方人一樣，開始重新考慮聯邦政府在經濟上的地位。此後進行了一係列的公衆設施興建計劃，像田納西河𠔌管理局（Tennessee Valley Authority），就為南方建設立了不少公共設施（如鐵路、公路、下水道等）。儘管如此，衝突並沒有因為這樣而停止，在戰後仍存在的有民權活動，與一係列守舊的反聯邦政治行動。另外，問題所在的是：該如何平息戰後的怨恨？關於南方聯盟的旗幟（Southern Cross），該不該再次使用？
重建南方
戰後，南方被美國實行“半軍事管製”，但美國聯邦政府對奴隸主很寬容，致使重建中的南方一直存在奴隸製的殘餘，很久以後纔擺脫。南方在戰後形成了一些‘3K黨’。南方的重建一直是很艱難的。
其他
戰爭期間主要戰役
戰役 (地點) 時間 邦聯司令 聯邦司令 邦聯軍 聯邦軍 勝方 傷亡數
蓋茲堡之役
（賓夕法尼亞州）
1863年7月1日–3日 羅伯特·李 喬治·米德 75000 82289 聯邦 總：51112
聯：23049
邦：28063
奇卡莫加之役
（佐治亞州）
1863年9月19日–20日 布拉剋斯頓·布萊格 威廉·羅斯剋蘭斯 66326 58222 邦聯 總：34624
聯：16170
邦：18454
錢瑟勒斯維爾之役
（維吉尼亞州）
1863年5月1日–4日 羅伯特·李 約瑟夫‧虎剋 60892 133868 邦聯 總：30099
聯：17278
邦：12821
斯波瑟韋尼亞郡府之役
（維吉尼亞州）
1864年5月8日–19日 羅伯特·李 尤裏西斯·格蘭特 50000 83000 不明 總：27399
聯：18399
邦：9000
安地潭之役
（馬裏蘭州）
1862年9月17日 羅伯特·李 喬治·麥剋裏蘭 51844 75316 聯邦 總：26134
聯：12410
邦：13724
莽原之役
（維吉尼亞州）
1864年5月5日–7日 羅伯特·李 尤裏西斯·格蘭特 61025 101895 不明 總：25416
聯：17666
邦：7750
馬那薩斯之戰
（維吉尼亞州）
1862年8月29日–30日 羅伯特·李 約翰·波普 48527 75696 邦聯 總：25251
聯：16054
邦：9197
石河之役
（田納西州）
1862年12月31日 布拉剋斯頓·布萊格 威廉·羅斯剋蘭斯 37739 41400 聯邦 總：24645
聯：12906
邦：11739
塞羅之役
（田納西州）
1862年4月6日–7日 艾伯特‧強斯頓
皮瑞·波利加德 尤裏西斯·格蘭特 40335 62682 聯邦 總：23741
聯：13047
邦：10694
唐奈爾森堡之役
（田納西州）
1862年2月13日–16日 約翰·佛洛伊德
西蒙·巴剋納 尤裏西斯·格蘭特 21000 27000 聯邦 總：19455
聯：2832
邦：16623
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