允許個人選擇並非國傢認可的宗教信仰形式的政策。
啓蒙運動的一個標志在於人們廣泛要求宗教寬容，並且形成了要求國傢支持這種改革的政治理論。這場改革運動在不同程度上取得了成功。啓蒙運動結束時，歐洲主要國傢及美國都正式實行了寬容政策。因此，啓蒙運動的重大成就之一就是開創了一種政治理論和相關的博愛觀，使各國不再把宗教迫害作為控製公民行為的手段。
啓蒙時代開啓之際，歐洲的宗教組織多半表現出教會與國傢之間的密切關係。統治者通常力圖確保其臣民衹信奉一種信仰，要麽是羅馬天主教，要麽是某個新教教派。宗教信仰的選擇界定了個人的身份，統治者人為宗教信仰具有不容忽視的政治意義。拒絶遵奉國教的人，不論是猶太人還是某種不受歡迎的基督教教派的信徒，經常會遭到迫害。
以法國為例，成為鬍格諾派得法國加爾文教徒的婚姻往往被宣佈為無效，這種婚姻所剩的孩子被剝奪了繼承權。鬍格諾派牧師遭處死，普通的信徒被投入監獄或終生罰作苦役船工。在西班牙、葡萄牙、意大利，羅馬宗教裁判所迫害非天主教徒。在哈布斯堡帝國境內，匈牙利和其他地區的新教徒被迫皈依天主教。波蘭政府極力迫使境內的新教徒皈依天主教。甚至像英格蘭、尼德蘭聯省共和國、日內瓦這樣存在有限宗教寬容的國傢和地區，少數派宗教的信徒也會受到社會歧視。在英格蘭，天主教徒、猶太人、新教不從國教者，被剝奪了聖公會教徒擁有的某些政治和公民權利。他們被擋在著名大學門外，不能出任官職，被排除在構成英國政治生活基礎的地方市鎮自治機關之外。日內瓦不但拒絶授予非加爾文教徒公民權，有時還剝奪他們的居住權。唯有勃蘭登堡推行了名副其實的寬容政策，信奉加爾文宗的霍亨佐倫傢族統治着路德宗的臣民，出於現實原因把寬容當作一項國策。
啓蒙時代緊跟在一個宗教騷亂和宗教迫害時代之後，因此，早期的啓蒙政治理論與寬容問題聯繫密切。在早期啓蒙運動發源地的英格蘭，洛剋撰寫了《論寬容的信札》，以回應因宗教爭端所引發的社會和政治動亂。洛剋提出著名的國傢契約論也與對宗教和睦的渴望密切相關。同時，早期自然神論的理論傢嘗試創立替代宗教教條主義的學說，逐步闡述了理性的自然宗教。此後的啓蒙學者往往及抨擊狂熱，又主張寬容。
與英國對寬容問題展開的最初的思想探討相呼應，作為光榮革命和解的組成部分，1689年英國頒布了有限的《容忍法案》。這個法案承認非聖公會新教徒（不從國教者）的信仰，卻未取消對他們生活方式的其他限製。直到19世紀，英格蘭纔推行了充分的宗教寬容，解除了對非聖公會教徒的權力限製。
寬容問題在路易十四統治後期成為關註的焦點。路易十四斷定，王國內存在的不同宗教威脅到王室的絶對主義。為改變這一狀況，路易十四下令廢除了《南特敕令》，從而剝奪了法國加爾文教徒自1598年以來就享有的優先寬容。鬍格諾教徒被勒令皈依羅馬天主教。許多人服從了，還有許多人逃到尼德蘭聯省共和國、柏林、英格蘭等安全地區。
路易十四死後，政府對法國人生活和思想的控製大為放鬆。在這樣的氛圍中，早期的啓蒙哲學家着手探討寬容問題。18世紀，爭取寬容的運動勢頭大增，反教權主義、改革呼聲以及對宗教信仰的批判等法國啓蒙運動的重要內容無疑聲援了寬容運動。伏爾泰的名字通常與寬容問題聯繫在一起，重農學派和杜爾哥等重農主義追隨者也擁護寬容思想。在法國革命前夕的為紀念臺，寬容運動終於贏得了官方的承認。1787年頒布的《寬容法令》授予法國新教徒公民權，廢除了針對其婚姻的禁令。1784年，另一項法令取消了法國猶太人必須繳納的各種特別稅。
法國革命最終切斷了阻礙寬容事業的羅馬天主教與世俗國傢的聯繫。然而，在最激進的革命階段，革命領袖以徹底的世俗化和最高存在崇拜——一種人為的國傢理性宗教，來代替傳統的宗教儀式。這樣，他們就以理性、人類進步的名義助長了對各種傳統宗教信仰的不寬容。
啓蒙運動初期，中歐德語地區官方對於宗教多樣性表現出不同的態度。除普魯士外，大多國傢以宗教歸一為目標。隨着啓蒙運動的深入，普魯士的例子表明，並非衹有推行宗教統一才能確保對國傢的嚴密控製。對中央政府來說，寬容似乎還有很多實際的好處。與此同時，萊辛、門德爾鬆等德國作傢不斷呼籲以道德和理性為基礎的寬容。德國境內星羅棋布的共濟會強調人類普遍的手足之情，為寬容提供了哲學上的支持。
1781年，寬容運動在奧地利取得進展，哈布斯堡荒地約瑟夫二世頒布了《寬容法令》，授予所有非天主教徒公民權。法令條文同時適用於新教徒和猶太人。法令取消了猶太人在衣着方面的限製以及衹能住在猶太人聚居區的規定。
美國建國後，宗教寬容及政教分離的原則載入《美國憲法》和《美國人權法案》。各州可自行决定是否支持官方的教會，到1833年，各州都决定推行政教分離原則。
啓蒙運動孕育出呼籲寬容的傑出文學作品：伏爾泰的《哲學辭典》、萊辛的《智者納旦》、洛剋的《論寬容的信札》。新的政治理論和道德哲學為政教關係的重大轉變奠定了理論基礎。普遍人權的呼聲有助於營造出一種進行該的道德緊迫感。經濟繁榮和穩定的現實考慮也表明，推行寬容乃是明智之舉。這些因素的綜合作用使啓蒙時代成為激進變革的時代，要求人們把宗教多樣性當作人類生存的一個正常要素。 |