中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所，係由原中國科學院上海植物生理研究所與原中國科學院上海昆蟲研究所於1999年整合而成。研究所面嚮我國農業、環境和資源的戰略需求和國際科學前沿，在植物、昆蟲、微生物的基因組、功能基因組、分子生理和分子生態領域開展研究，努力建設國際高水平研究機構、人才培養基地和科學傳播基地。
2004年發表研究論文115篇，其中多篇論文發表在nature biotechnology, plant cell, nucleic acids research, plant journal, plant physiology, plant molecular biology, mgg, biochemistry, applied environmental microbiology等學術期刊上。申請專利12項，授權專利8項。
職工和研究生
全所現有職工近200人（其中中國科學院院士8人），研究組40餘個。本所植物生理學、遺傳學、微生物、昆蟲學均為國務院學位評定委員會首批批準的碩士或博士學位授予點，設有博士後流動站，1997年被批準為中科院博士生重點培養基地，現有在學博士、碩士研究生262名，在站博士後6名。
實驗室和中心
植物分子遺傳國傢重點實驗室、光合作用實驗室、環境生物學和分子生態學實驗室、分子微生物學開放實驗室，以及中國科學院國傢基因研究中心等。
重點研究領域
·功能基因組學：水稻、擬南芥、棉花、油菜等重要生物學和經濟性狀基因的定位及剋隆，基因表達譜和功能分析，轉錄因子及基因表達調控機製，細胞分化和模式建成，突變群體的構建，傢蠶功能基因組學。
·分子生理與生物化學：光合作用機構運轉及其調節控製，植物重要生理過程的信號傳導，植物激素作用機理，共生固氮的分子機理，抗病抗逆的關鍵調控因子，植物、微生物的次生代謝調控，代謝組學。
·環境生物學和分子生態學：植物­—昆蟲—微生物間的相互作用，植物和昆蟲對環境的適應機製，昆蟲係統學與協同進化，現代農業，空間生物學。
·工業生物技術：抗生素生物合成，纖維素利用，丙酮丁醇發酵技術，生物製氫，植物遺傳轉化技術，優質抗逆農作物基因工程育種，植物生物反應器等。
科研支撐
包括大型人工氣候室、植物轉基因車間、代謝分析中心、電鏡室、中心儀器室、實驗農場和昆蟲標本館等。
對外合作
與國內外多所大學及研究機構建立了合作關係。與美國加州大學（伯剋利）聯合建立了“中國科學院上海生命科學研究院-美國加州大學（伯剋利）分子生命科學研究中心”，與美國賓州州立大學和上海交通大學聯合建立了“中國科學院上海生命科學研究院-上海交通大學-美國賓州州立大學生命科學聯合研究中心”，與德國馬普學會聯合建立了“植物分子生理和信號傳導夥伴實驗室”，與英國和法國的多傢大學和科研機構也建立了良好的合作關係。與中國水稻研究所、中科院遺傳與發育研究所等單位保持了良好的合作關係。
科學傳播
上海昆蟲博物館，前身是籌建於1868年的上海震旦博物院，1953年歸屬中國科學院。目前，館內收藏昆蟲標本100餘萬號，保藏着一大批瀕危珍稀及檢疫性昆蟲標本，是我國大型專業昆蟲館之一，是“上海市科學教育普及基地”、“全國青少年走進科學世界科技活動示範基地”和“全國青少年科普教育基地”，2004年被列入上海市人民政府科普實事工程重點支持項目。 |
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