1903年，卢瑟福（Ernest Rutherford，1871-1937）（左图）和库克（H.L.Cooke）研究过这个问题。他们发现，如果小心地把所有放射源移走，在验电器中每立方厘米内，每秒钟还会有大约十对离子不断产生。他们用铁和铅把验电器完全屏蔽起来，离子的产生几乎可减少十分之三。他们在论文中提出设想，也许有某种贯穿力极强，类似于γ射线的辐射从外面射进验电器，从而激发出二次放射性。
1909年，莱特（Wright）为了搞清这个现象的缘由，在加拿大安大略（Ontario）湖的冰面上重复上述实验，发现游离数略有减小。
1910年，法国的沃尔夫（Father Theodor Wulf）在巴黎300米高的埃菲尔塔顶上进行实验，比较塔顶和地面两种情况下残余电离的强度，得到的结果是塔顶约为地面的64％，比他预计的10％要高。他认为可能在大气上层有γ源，也可能是γ射线的吸收比预期的小。
1910-1911年，格克耳（Alfred Gockel）在瑞士的苏黎世让气球把电离室带到4500米高处，记录下几个不同高度的放电速率。他的结论是：“辐射随高度的增加而降低的现象……比以前观测到的还要显著。”
这种源的放射性与当时人们比较熟悉的放射性相比具有更大的穿透本领，因此人们提出这种放射性可能来自地球之外——这就是宇宙射线最初的迹象。
奥地利物理学家赫斯(Victor Franz Hess,1883-1964)是一位气球飞行的业余爱好者。他设计了一套装置，将密闭的电离室吊在气球下，电离室的壁厚足以抗一个大气压的压差。他乘坐气球，将高压电离室带到高空，静电计的指示经过温度补偿直接进行记录。他一共制作了十只侦察气球，每只都装载有2～3台能同时工作的电离室。
1911年，第一只气球升至1070米高，在那一高度以下，辐射与海平面差不多。翌年，他乘坐的气球升空达5350米。他发现离开地面700米时，电离度有些下降（地面放射性造成的背景减少所致），800米以上似乎略有增加，而后随着气球的上升，电离持续增加。在1400米～2500米之间显然超过海平面的值。在海拔5000米的高空，辐射强度竟为地面的9倍。由于白天和夜间测量结果相同，因此赫斯断定这种射线不是来源于太阳的照射，而是宇宙空间。
赫斯认为应该提出一种新的假说：“这种迄今为止尚不为人知的东西主要在高空发现……它可能是来自太空的穿透辐射。”1912年赫斯在《物理学杂志》发表题为“在7个自由气球飞行中的贯穿辐射”的论文。
赫斯的发现引起了人们的极大兴趣，从那时开始，科学界对宇宙射线的各种效应和起源问题进行了广泛的研究。最初，这种辐射被称为“赫斯辐射”，后来被正式命名为“宇宙射线”。当时，许多物理学家怀疑赫斯的测量，并认为这种大气电离作用不是来自太空，而是起因于地球物理现象，例如组成地壳的某种物质发出的放射性。现在认为，宇宙线是来自宇宙空间的高能粒子流的总称。
1914年，德国物理学家柯尔霍斯特（Werner Kolhorster，1887-1946）将气球升至9300米，游离电流竟比海平面大50倍，确证了赫斯的判断。
1922年，美国科学家密立根（Robert Andrews Millikan，1868-1953）（左图）和玻恩（I.S.Bowen）将这些实验拿到55000英尺的高空去做，为了解决这种辐射的来源，他们先是在高山顶上测量，后来又把装有验电器和电离器的不载人的气球升到高空来测量大气的电离作用。
1925年夏，密立根和助手们在加利福尼亚州群山中的Muir湖（缪尔湖）和Arrowhead湖（慈菇湖）的深处做实验，试图通过测量电离度与湖深的变化关系来确定宇宙射线的来源，之所以选择这两个湖，是因为它们都是由雪水作为水源，可以避免放射性污染；而且，这两个湖相距较远，高度相差6.675英尺，这样可以避免相互干扰和便于比较。
1925年11月9日，国家科学院在威斯康星州的Madison召开会议，密立根报告了测量的结果，他的结果表明，这些射线不是起源于地球或低层大气，而是从宇宙射来的，密立根同意当时大多数人的观点，认为宇宙射线是一种高频电磁辐射，其频率远高于X射线，是后者平均频率的1000倍。他认为，这种射线的穿透力既然比最硬的γ射线还强许多，当然不会由带电粒子组成。如果假定宇宙射线真是像阴极射线那样的带电粒子流，那它能穿透相当于6英尺厚度铅块的穿透力，将使这些粒子具有当时难以想像的高能量。如果假定宇宙射线由光子（即电磁辐射的量子）组成，那么宇宙射线辐射到地球时，其飞行路线将不受地磁的影响；相反，如果宇宙射线是由带电粒子组成，则它将肯定受到地磁场的影响，飞到高纬度地区的宇宙射线带电粒子将多于低纬度的地区，即有“纬度效应”(latitude effect)，而密立根的测量结果表明，宇宙射线来自四面八方，不受太阳和银河系的影响，也不受大气层或地磁纬度的影响。
1927年，斯科别利兹（Dimitr Skobelzyn）利用云雾室摄得宇宙射线痕迹的照片，根据径迹在云雾室里的微小偏转，第一次确认了宇宙线粒子径迹。
1927-1929年，荷兰物理学家克莱(J.Clay,1882-1955)在从荷兰到印度尼西亚爪哇岛的旅行中，发现了纬度效应的踪迹——靠近赤道处宇宙射线强度比较低。
博思（Walther Bothe，1891-1957）提出的符合计数法是在盖革计数器的基础上发展起来的，他所做的革新是利用两个计数管，使得只有电离碰撞在两个计数管中同时发生时，这两个计数管才会计数。他利用符合法来判断能量和动量守恒定律对光子和电子的每一次碰撞是否都有效，或者说这些定律是否是作为一种统计平均才成立。为了利用计数器研究被散射的α粒子和反冲电子之间是否符合，他与盖革考察了单个的康普顿散射，得到的结论是：能量和动量守恒定律对光子和电子之间的每一次碰撞都是有效的。从此，符合法在宇宙线的研究中得到了广泛应用。1930年前后，宇宙线领域里的一些重要发现几乎都和符合法分不开。符合法的发明也为核物理、α射线和超声波等方面的研究提供了有效工具。博思与玻恩共同分享了1954年度诺贝尔物理学奖。
1931年秋季，在罗马召开的国际核物理会议上，物理学家们向密立根提出的宇宙射线的电磁本质假说发起了公开的挑战。意大利物理学家罗西（Bruno Benedetto Rossi，1905-1993）（右图）在分析大量实验数据的基础上提出：从海平面观察到的宇宙线，本质上是由能量非常高的带电粒子组成；从强磁场使其偏转显示的结果来看，它们的能量大约高于几十个亿电子伏，远大于密立根的估计值。这些带电粒子也许是在大气层中，由宇宙辐射源初始的高能γ辐射产生的，但这种γ辐射（即光子）的能量远远高于密立根所说的“原子构造”时释放的能量。还有第二种可能，即宇宙线中观察到的高能粒子就是最初的宇宙辐射，或者至少是它有意义的一部分。
密立根让研究生安德逊利用强磁场中的云室，直接测量宇宙射线的能量，但安德逊的工作却否定了密立根的假说，还导致了正电子的发现。
1932年，C.D.安德森（Carl David Anderson, 1905-1991）（左图）发现了正电子，这是宇宙射线研究的第一项引人注目的成果。
C.D.安德森是美国加州理工学院物理教授密立根（R.A.Millikan）的学生，从1930年开始跟密立根做宇宙射线的研究工作。从1930年起C.D.安德森负责用云室观测宇宙射线。安德森采用一个带有非常强磁铁的威尔逊云室来研究宇宙射线。他让宇宙射线中的粒子通过室内的强磁场，并快速拍下粒子径迹的照片，然后根据径迹长度、方向和曲率半径等数据来推断粒子的性质。
1932年8月2日，C.D.安德森在照片中发现一条奇特的径迹，这条径迹和负电子有同样的偏转度，却又具相反的方向（右图），显示这是某种带正电的粒子。从曲率判断，又不可能是质子。于是他果断地得出结论，这是带正电的电子。狄拉克预言的正电子就这样被安德森发现了。
当时C.D.安德森并不了解狄拉克的电子理论，更不知道他已经预言过正电子存在的可能性。狄拉克是在他的相对论电子理论中作出这一预言的。从他的方程式可以看出，电子不仅应具有正的能态，而且也应具有负能态。他认为这些负能态通常被占满，偶而有一个态空出来，形成“空穴”，他写道：“如果存在空穴，则将是一种新的，对实验物理学来说还是未知的粒子，其质量与电子相同，电荷也与电子相等，但符号不同。我们可以称之为反电子。”他还预言：“可以假定，质子也会有它自己的负态。……其中未占满的状态表现为一个反质子。”关于反质子的预言，到1945年才由西格雷（Emilio Segrè）证实。
英国物理学家布莱克特（Baron Patrick Maynard Stuart Blackett, 1897-1974）从1921年起进行改进威尔逊云室照相技术以研究原子核的人工转变。1924年，他用云室照片首次成功地验证了人工轻核转变，即氦-14核俘获α粒子变为氧-17。1925年，他创制了云室照相受自动计数器控制的装置。在C．D．安德森发现正电子后的短短几个月，布莱克特就用他拍摄的正负电子成对产生过程的宇宙线径迹照片有力地证实了正电子的存在。
由于宇宙射线和正电子的发现有密切联系，诺贝尔委员会将1936年诺贝尔物理学奖授予这两个相关项目的赫斯和安德森，而布莱克特因改进威尔逊云室以及由此在核物理领域和宇宙射线方面作出的一系列发现，获得了1948年度诺贝尔物理学奖。
美国物理学家康普顿（Arthur Holy Compton，1892～1962）（右图）因发现康普顿效应（也称“康普顿散射”）于1927年获诺贝尔物理学奖。他的主要兴趣是核物理研究，他预见核能会给人类带来巨大的利益，为了充分利用核能，康普顿决定先研究宇宙射线，计划在1932年对地磁纬度不同和高海拔的地方，进行宇宙射线强度等方面的测量，康普顿组织了6个远征队，到世界各地的高山、赤道附近低纬度区等进行了广泛测量，以便对初始的宇宙射线到底是光子还是带电粒子作出合理的判断，康普顿本人主持了美国中西部的落矶山脉以及欧洲南部的阿尔卑斯山脉、澳大利亚、新西兰、秘鲁和加拿大等地的两个远征队。
1932年3月18日，康普顿开始了行程5万余英里，遍历五大洲，跨越赤道5次的远征，远征开始时，康普顿倾向于接受密立根的（光子的）假说，在广泛测量之后，他的观点有了根本性的变化，他断定：海平面的宇宙射线强度可以相当满意地表示为只是地磁场倾角的函数；宇宙射线的强度随高度连续地增大，密立根所断言的在9000米处有最大值并不存在。9月份以后，康普顿陆续收到60多位科学家在分布范围极广的69个观测站测量到的数据，反映了纬度从北78°到南46°、经度从东175°到西173°这个地理经纬度的范围内，宇宙射线强度的分布情形，康普顿宣布宇宙线存在纬度效应，并认为宇宙射线是带电的高能粒子。
密立根在1932年也进行了范围较广泛的观测。加利福尼亚理工学院一位年青物理学家内赫（H.V.Neher）发明了一种高灵敏度的自动记录验电器。空军的负责人同意密立根使用轰炸机，可将测量仪器带到8000多米高空。9月底，密立根在气象署的帮助下利用气球到平流层作了测量。如果宇宙射线真是带电粒子流，密立根应当有条件得到康普顿相同的结论的，但他们由观测所得到的结论却完全不同（左图为密立根发表的文章）。
1932年12月底，美国物理学会在新泽西州大西洋城（Atlantic City）召开会议，密立根和康普顿这两位诺贝尔物理奖获得者就宇宙射线的本质进行了激烈的争论。康普顿在会议上报告：不同纬度处宇宙射线强度有明显不同，说明初始宇宙射线有带电粒子的特征，并提出了支持这种观点的三种实验。密立根在大西洋会议上宣读了内赫跨越赤道航行的测量结果，没有发现纬度效应。由于双方都宣称自己有实验为证，无法统一思想，但大多数物理学家已经开始转向承认康普顿的观点。
1935年11月11日，由两名勇敢的驾驶员（Albert W. Stevens和Orvil A. Anderson）驾驶探测者2号氦气球（体积为113000立方英尺）上升到官方记录的22066米的高空，收集了大气、宇宙线和其他数据。
美国加利福尼亚理工学院的内德梅耶（Seth Neddermeyer，1907-1988）（右图）和安德森（Carl D. Anderson）1934年提出假设：具有高度贯穿力的踪迹是质量在电子与质子之间的粒子的踪迹。（左图为安德森与内德梅耶）
1936年，他们在宇宙射线中发现了一种带单位正电荷或负电荷的粒子，质量为电子的206.77倍，人们以为它就是汤川秀树1930年预言的介子，称它为μ介子，后来发现这种粒子其实并不参与强相互作用，是一种轻子，所以改名为μ子。
1938年，奥格尔（Pierre Auger，1899-1993）（右图）发现了广延空气簇射。簇射是由原始高能粒子撞击产生的次级亚原子粒子。他发现簇射的能量高达 1015 电子伏特，即当时已知的一千万倍。
1940年3月9日，一架比奇AD-17双翼飞机在海拔21050英尺高空飞越南极，为美国探险队测量宇宙线。
1946年，物理学家罗西（Bruno Rossi）与查才品（Georgi Zatsepin）领导的小组进行了首次空气簇射结构的实验（右图）。研究小组创建了首个探测空气簇射的相关探测器阵列。
1946年，两位英国科学家罗彻斯特（George D.Rochester）和巴特勒（Clifford C.Butler，1922-1999）拍了许多云雾室事件的照片，在其中一张照片中，发现了些形状象字母V的径迹。只有承认质量近似为494MeV/c2 的粒子在飞行中衰变成二个π介子时生成这些径迹，才能对此作出解释。人们确信存在一种新的粒子，根据其径迹形状，就叫它V粒子（左图）。这种V粒子现在叫作K0粒子，这就是后来被称为奇异粒子的一系列新粒子发现的开始。
1947年8月16日，物理学家波默兰茨（Martin Pomerantz）宣布放飞了4个携带宇宙线探测仪的气球（左图），在至少127000英尺的高度越过了南极地区。
1947年，英国的鲍威尔（Cecil Frank Powell,1903-1969）等人创造了将核乳胶用气球送到高层空间去记录宇宙线的方法，在玻利维亚安第斯山地区从宇宙射线中发现了汤川秀树1930年所预言的π介子，质量约为电子质量273倍，它与原子核之间有很强的相互作用，称为带电π介子。π介子存在的时间仅有两亿分之二点五秒，之后便分裂为μ介子，μ介子存在时间相对较长，为百万分之一秒，并以每秒钟上万公里的速度飞行。
汤川秀树与鲍威尔分别于1949年和1950年获得诺贝尔物理学奖。
1948 年，剑桥大学的天文学教授霍伊尔（Fred Hoyle，1915-2001）（左图）与邦迪（Hermann Bondi ）、戈尔德（Thomas Gold ）一起提出了“稳恒态宇宙理论”，该理论认为宇宙在大尺度上，包括任何时候和任何地方，都是一样的。在这个“稳恒态”宇宙中没有开始，没有结束。星系在各个方向上简单地飞离，就像烤蛋糕时蛋糕上的葡萄干随着蛋糕膨胀而远离。为了填补星系退行后留下的虚空并保持宇宙总的外观，他们假定物质在星系际空间无中生有地创生，物质的创生率（每立方公里每年产生一个粒子）恰好用来形成新的星系。
1948年，伽莫夫（George Gamow，1904-1968）和阿尔法（Ralph Asher Alpher，1921-）也提出了宇宙是从一个原始高密状态演化而来的理论，并请著名核物理学家贝蒂（Hans Bethe）一起署名，这一理论被称作αβγ（ Alpher, Bethe,& Gamow ）理论，霍伊尔在1952 年把它称为“大爆炸理论”（the Big Bang ），但他认为宇宙不会在一声爆炸中产生。
1949年，费米（Enrico Fermi,1901～1954）发表宇宙射线理论，尝试以超新星爆发的磁力冲击波来解释宇宙射线的粒子加速机制，但未足以解释最高能宇宙射线的存在。
1962年，美国麻省理工学院的林斯里（John Linsley）与同事，利用新墨西哥州火山农场10平方公里的空气簇射探测器组探测到一个能量估计为 1020 电子伏特的宇宙射线。
1965年，美国贝尔电话实验室的彭齐亚斯（Arno Penzias，1933-和威尔逊（R.W.Wilson）无意中发现了大爆炸理论预言的宇宙微波背景辐射。他们本想要使用一根大型通信天线进行射电天文学的实验研究，但因不断受到一个连续不断本底噪声的干扰，使得实验无法进行下去。那个噪声的波长为7.35厘米，相当于3.5k温度的黑体辐射，其各向同性的程度极高，而且与季节变化无关。几乎一年，他们想尽办法跟踪和除去这个噪声但丝毫不起作用，便打电话给普林斯顿大学的罗伯特·迪克（Robert Henry Dick, 1916～），向他描述遇到的问题，希望他能作出一种解释。迪克马上意识到两位年轻人想要除去的东西正是迪克研究组正在设法寻找的东西——宇宙大爆炸残留下来的某种宇宙背景辐射。彭齐亚斯和威尔逊获得了1978年诺贝尔物理学奖。
1966年，格雷森（ Kenneth Greisen）、查才品（Georgi Zatsepin）和古兹文（Vadem Kuzmin）认为，高能宇宙线与微波背景辐射相互影响减小了能量，因此宇宙射线的能量应低于5 x 1019电子伏特。（右图为卫星记录的宇宙微波背景图）
现代的宇宙线探测方式
直接探测法——1014eV以下的宇宙射线，通量足够大，可用面积约在平方公尺左右的粒子探测器，直接探测原始宇宙射线。这类探测器需要人造卫星或高空气球运载，以避免大气层吸收宇宙射线。
间接探测法——1014eV以上的宇宙射线，由于通量小，必须使用间接测量，分析原始宇宙射线与大气的作用来反推原始宇宙射线的性质。 当宇宙射线撞击大气的原子核后产生一些重子、轻子及光子(γ 射线)。这些次级粒子再重复作用产生更多次级粒子，直到平均能量等于某些临界值，次级粒子的数目达到最大值，称为簇射极大，在此之后粒子逐渐衰变或被大气吸收，使次级粒子的数目逐渐下降，这种反应称为“空气簇射”。地球地表的主要辐射源是放射性矿物，空气簇射的次级粒子是高空的主要辐射源，海拔20公里处辐射最强，100公里以上的太空辐射则以太阳风及宇宙射线为主。
空气簇射的成份主要以轻子居多，重子最少。探测空气簇射有三种方式：地面（及地下）阵列、契伦可夫望远镜、萤光望远镜。
地面（及地下）阵列通常需要多个带电粒子探测器组成，分布于广大平坦的区域，次级粒子才能有充足的取样，可全年操作。契伦可夫望远镜可探测由次级粒子产生的契伦可夫光，萤光望远镜可探测带电粒子游离氮气产生的萤光，这两种望远镜只能在夜间操作且需避开城市光源，平均操作时间只有10%。
宇宙射线为来自太阳系以外的高能量粒子，能量约从109eV to 1020eV以上。在靠近地球的太空中，每秒每平方公分约有一个宇宙射线穿过。宇宙射线的主要成份是质子，及其它核种从氦核到铁核以上，甚至微量的镧系元素。人造粒子加速器其最高能量约为1013eV。右图显示了宇宙射线的能谱，横跨12个数量级的能量。能谱上有两个有重要物理意义的转折点，1015eV称为膝点(knee)，3′1018eV称为踝点(ankle)。极高能宇宙射线(Ultra High Energy Cosmic Rays: UHECR)主要研究1018eV以上的宇宙射线。为什么会有这么高的能量？它们的来源在那里？它们是什么粒子？这些都是宇宙射线物理学家的研究课题。
UHECR的研究经费在美国超导对撞机(Superconducting Super Collider)计划终止后快速增加，并成为天文粒子物理学研究的三大主流之一(另两项为早期宇宙与微波背景、微中子与暗物质)。
英文解释
: radiation that reaches the earth from outer space, cosmic rays