1980年代起,当始祖鸟被证实时间上和解剖学结构上有异于当时已发现的鸟类化石之时,人们也发现了很多填补进化史空缺的过渡物种——孔子鸟就是其中之一。孔子鸟和始祖鸟相似,它的外形既显示了一些鸟类祖先(兽脚亚目)已有的近同形特征,也显示了一些在鸟类进化过程中新出现的离态特征。这些特征在表1列举。“非鸟兽脚亚目”是一个英语概念,指的是不包括它们后代,即鸟类的兽脚亚目动物。
孔子鸟的颅骨有一些很特别的地方:孔子鸟的喙和现代鸟类一样没有牙齿,但同时代的鸟属如辽宁鸟(liaoningornis)和燕鸟(yanornis)却是有牙的;枕骨部分有如双颞孔型爬行动物的构造:在(orbita)眼眶后有成对的颞孔(下颞孔和上颞孔),其它的鸟类包括始祖鸟,都没有这样的颞孔。
圣贤孔子鸟颅骨的重构。红色的部分是无牙的喙部和颞孔(根据chiappe et al. 1999,有修改)孔子鸟的飞行器官比始祖鸟的有所改进。一些标本的胸骨有一扁平的突起,这和现代鸟类的龙骨突相似。能飞行的鸟类发展出膨大的龙骨突,为重要的飞行肌肉提供附着点,使得翅膀能够上下拍动。与始祖鸟相比,孔子鸟有延长了的喙突 (coracoid),这表明了孔子鸟的肩部肌肉在向现代鸟类进化过程中比始祖鸟更进一步。
圣贤孔子鸟(c. sanctus)的翅膀。红色的部分是肱骨上的气孔和腕掌骨 (根据chiappe et al. 1999 有修改)孔子鸟的胸腔通过带钩突的肋骨和胸骨肋得到加强。叉骨和始祖鸟和各种(非鸟)兽脚类动物一样,不是叉状,而是飞去来器状。
在大量的重构图中,孔子鸟的手显得更原始。实际上掌骨 (metacarpalia) ii 和 iii在近腕骨处和月骨融合为腕掌骨(carpometacarpus)。现代的鸟类,其手的融合更进一步,只有第一只手指能活动:即拇指,上有小翼羽,作用是飞行时控制气流。以目前的资料来看,孔子鸟和始祖鸟都没有小翼羽。这个身体构造直到一个例外(小盗龙),才在高等鸟类中如eoalulavis(拉丁语:早期小翼羽鸟)出现。
孔子鸟的上肢终于一个膨大的胸部突起,上有一椭圆的孔。但目前这个孔的作用热不清楚,但这是孔子鸟的一个自体衍征,就是说这个属与众不同之处,能借此将其与其他鸟属独立开来的特征。2002年,同样是在热河组的地层中被发现的会鸟(sapeornis)被描述,它有这类似的上肢构造。据此认为,这个特征比以前推测的更广泛存在于早期的鸟类当中。
孔子鸟(和会鸟)借以与始祖鸟,胁空鸟龙(rahonavis)和热河鸟(jeholornis)相区别的重要特征是骨性尾的缩短和最后几节尾椎融合成为尾综骨。这样的身体构造对飞行定向有很大的好处。
生理特征
(1)飞行能力和生活方式
不同的古鸟类研究小组对孔子鸟的飞行能力有不同的看法。孔子鸟的手和脚有大的弯曲的爪子。这让人想到,孔子鸟的飞行器官没有足够的力量原地起飞。为此,孔子鸟会用爪子爬到树上,然后从上面坠落,在这种自由下落的过程中开始拍打翅膀起飞。这种观点却有违一个事实,就是孔子鸟的脚相比近现代鸟类的在抓取方面相对较弱。这种理论的反对者认为,孔子鸟的骨骼其实已经足够强去起飞,比如通过助跑加速完成起飞。
侯连海小组认为,孔子鸟可能是一种植食性动物(hou u. a. 1999),但有别于其他在热河组发现的鸟类化石,直到目前仍没能找到有关孔子鸟胃内容物的标本,以直接证明该观点的正确。
大量的孔子鸟骨骼化石是在四河屯的湖沉积物中发现的,这可以推断孔子鸟喜欢寻觅湖边地带生活。在有些地层的标本密度超过40件/100 m2,推断可能是由于自然灾害造成的集体死亡:在一次火山爆发中很多孔子鸟同时死亡,它们的尸体被雨水从岸上冲刷到湖中。这种理论有一个推论,就是孔子鸟和其他很多近现代鸟类一样,过的是群居生活,起码会有一段时间集中在一起。
(2)两性异形和交配行为
孔子鸟-比翼双飞(绘图: f. spindler)孔子鸟的化石样品在羽毛上显示了样品差异:大概5到10%的样品显示有一对长的尾羽。很多研究人员相信这是性别特征。如果这一观点成立,孔子鸟就是最早的两性异形鸟类。
这种两性异性在行为学上有着很多可能性:首先存在择偶,来自其中一别性的个体会观察异性的羽毛。如果有长尾羽的是雄性的话,根据上面提到的性别比例失调,可能出现一夫多妻制现象。但是,若雄性参与护幼活动,例如保护雏鸟等,这种制度有其经济性的一面。
这种羽毛上的差别提示,早在下白垩纪的鸟类,就可能有复杂的社会行为。
(3)生长和发育
人们根据圣贤孔子鸟和其他早期鸟类的肢体骨骼去研究鸟类的进化情况。骨从内向外的生长(增积)有着与树的年轮(请见 树木年代学)相似的过程,这样就可以了解它们个体的发育过程。在显微镜下,人们通过观察骨的横切面就可以了解到孔子鸟不同生长时期的状况。
观察的结果是,孔子鸟和其他白垩纪的鸟类的骨外层生长非常缓慢,比起恐龙和现代鸟类有着更少的血管组织。因此认为古鸟类比现代鸟类要更长的时间达到成熟。对化石胚胎的研究是人们明白了其中可能的原因:第一批鸟是早成雏,甚至孵化后不久就能飞。这种理论认为,雏鸟把大部分能量花费在飞行上而非生长上。这种状态一直到新鸟品种的出现,这种鸟非常细心的照顾新生的雏鸟。雏鸟就不必在出生后如此快地学会飞行,以脱离双亲独自生活,而是将自己摄得的能量大部分用在生长上,也就进化出完成雏。
另一种观点认为,在鸟类的进化过程中,鸟类的生长因受到限制而导致体型越来越小,比起其恐龙祖先要小得多。
下属分类
孔子鸟属下的种:
孙氏孔子鸟(confuciusornis suniae)化石发现于中国辽宁省北票市上园镇黄半吉沟。根据luis m. chiappe带领的研究小组 (chiappe u. a. 1999)有两种作废: 孙氏孔子鸟(confuciusornis suniae)和川州孔子鸟(confuciusornis chuonzhous),它们与圣贤孔子鸟confuciusornis sanctus所谓的种间差别是不存在的。所有属于这两个种的标本和当时大部分的标本一样归到圣贤孔子鸟中。
川州孔子鸟(confuciusornis chuozhous)化石发现于中国辽宁省北票市上园镇黄半吉沟。根据luis m. chiappe带领的研究小组 (chiappe u. a. 1999)有两种作废: 孙氏孔子鸟(confuciusornis suniae)和川州孔子鸟(confuciusornis chuonzhous),它们与圣贤孔子鸟confuciusornis sanctus所谓的种间差别是不存在的。所有属于这两个种的标本和当时大部分的标本一样归到圣贤孔子鸟中。
杜氏孔子鸟(confuciusornis dui)生存于晚侏罗世,发现于辽宁省北票张吉营李巴狼沟。具有清晰的角质喙印痕和明显的双弓型头骨。下颌骨前部比较细,而且下颌孔前部扩展。上颌骨较圣贤孔子鸟向前突出,指骨爪没有圣贤孔子鸟那样伸长、强壮,胸骨比较拉长,前喙中央有一凹刻构造成“v”字形,同时胸骨两侧有一对短的后侧突,跗跖骨较圣贤孔子鸟短,以及尾综合、骨末端膨大。
圣贤孔子鸟(confuciusornis sanctus)圣贤孔子鸟生存于距今约1.4亿年前的侏罗纪晚期,分布于中国辽宁省北票市上圆乡。其主要特征是:前颌骨和下颌骨具有规律的沟纹构造,不具牙齿;肱骨近端膨大,有一气孔;第一指骨爪大,其高度超过第一指节骨;第三掌骨较细,腕骨和掌骨不愈合;坐骨粗大,近端有一向上的突起,远端厚而圆;耻骨后展;第五躔骨仍较发育,趾爪大而弯曲。圣贤孔子鸟与始祖鸟属同时代的原始鸟类,但它又以具有角质喙等特征而比始祖鸟进步。标本采自辽宁省北票市上圆乡晚侏罗世义县组下部。
直到目前为止,四个属于孔子鸟属的种中,根据luis m. chiappe带领的研究小组 (chiappe u. a. 1999)有两种作废: 孙氏孔子鸟(confuciusornis suniae)和川州孔子鸟(confuciusornis chuonzhous),它们与圣贤孔子鸟(confuciusornis sanctus)所谓的种间差别是不存在的。所有属于这两个种的标本和当时大部分的标本一样归到圣贤孔子鸟中。
杜氏孔子鸟(confuciusornis dui),1999年被描述的第四个种,和圣贤孔子鸟的区别在于手的比例,颅骨的外形和构造以及胸骨和胸骨肋的构造上。