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双孔亚纲是主干的爬行动物，在最初的爬行动物登场后不久就已经出现，在最初的时期虽然不是主要的爬行动物，但是随后一直成为爬行动物中占绝对优势的类群。鳞龙下纲是双孔亚纲中的原始类型，是出现于石炭纪晚期的第一批爬行动物之一，也是后来出现的各类新兴爬行动物的祖先。鳞龙下纲直到现代仍然繁盛，是现代最繁盛爬行动物，包括现存爬行动物的绝大多数成员。
双孔亚纲(diapsida)
(一)鳞龙次亚纲(lepidosauria)
本次亚纲是原始的双孔类，头骨有二个颞颥孔，它们被眶后骨和鳞骨形成的骨棒所分开。本次亚纲有三个目，包括现存的蛇、蜥蜴和仅见于新西兰几个小岛上的罕见的喙头蜥，以及一些古生代和中生代原始的已绝灭的小型爬行类。
1 始鳄目(eosuchia)
始鳄目是最原始的双弓爬行类，最初出现于晚石炭世。这是一类小型的，象蜥蝎似的能迅速飞跑的爬行类。
在南非晚二叠世地层内发现的小而原始的似现在蜥蜴的杨氏蜥(youngina)被认为是现存有鳞目和喙头目的祖先。
2 喙头目(rhynchocephalia)
喙头目的主要特点是：方骨固定，端性齿，前上颌骨发展成喙状，头骨宽短，颊部扩大，无棒骨(tabular)或后顶骨，上颞骨(supratempolar)往往消失，但方颧骨保存。脊椎双凹型，23-25个荐前椎，2个荐椎。化石较多，而现存者仅有新西兰附近几个小岛上的sphenodon gray(喙头晰或称鳄蜥)，视为孑遗的活化石。体长60cm余。牙齿和腭骨相愈合，不生在齿槽内，头骨前端有喙状的嘴。视见于三叠纪早期，三叠纪时分布很广，遍及全球。我国云南禄丰上三叠统的lufengocephalus(禄丰喙头蜥)；辽宁凌源上三叠统的rhynchosaurs(喙头龙)等均为本目化石的代表。
3 有鳞目(squamata)
这是现生爬行类中的常见者，如蜥蜴、蛇均属之。无次生腭，脊椎常为前凹型。蛇类失去四肢，脊椎骨和肋骨数目增加，使身体变长，方骨活动，使口张得很大。在有鳞目化石中，蜥蜴类比蛇类更为常见。我国的本类化石亦不少，如晚侏罗世的yabeinosaurus(矢部龙)等。
(二)初龙次亚纲(archosauria)
本次亚纲是进步的双孔类。中生代在地球上占统地位的爬行动物均包含在本次亚纲内。称为爬行类时代或恐龙时代的中生代，在某种意义上就是指本亚纲中多种多样的巨大成员而说的。本次亚纲包括五个目，现分别简介如下：
1 槽齿目(thecodontia)
本目是该次亚纲中最原始的类群，它们在古生代末起源于鳞龙亚纲的始鳄类。初龙亚纲的其余四目以及鸟类均是从本目演化出来的。本目的主要特征是：吻细长，外鼻孔分开，有眼前孔，鼻骨长，后顶骨小，有时消失，方骨垂直，内鼻孔向后；下颌细长；25-26个荐前椎，椎体双凹到平凹型、腰带三射型；后肢较长，趾式完全。最先出现于早三叠世，即南非的erythrosuchus(引鳄)，北美上三叠统的hesperosuchus(黄昏鳄)和rutiodon(狂齿鳄)是本目的典型代表。我国山西、新疆上三叠统中也发现许多此目的化石。在三叠纪以后本目动物绝灭了。
2 鳄目(crocodilia)
本目在三叠纪晚期直接从槽齿目进化而来，它们是“恐龙”的姊妹类群。现存的鳄类是本目的进步类群，它们是一些大而凶猛的食肉爬行类。本目在中生代时相当繁盛，新生代时逐渐衰落，已发现700多个化石种，几乎是世界性分布。现存仅20余种，分布范围也变小了。本目的特征是体长，腿短，尾在垂直方向扁平呈浆状；头骨扁宽，具雕纹，吻长，上颞颥孔小，外鼻孔位于吻端；顶骨与额骨愈合；方骨大，向后倾斜；次生腭很发育；槽性齿；荐前椎23-24个，前凹型，尾椎为平凹型；荐椎2个；腰带三射型；前肢较后肢短。
现存的扬子鳄是进步的真鳄亚目的代表。鳄类的进化是从晚三叠世的protosuchus(原鳄)，经过侏罗、白垩纪时的中鳄类，在白垩纪晚期演化出现存的真鳄亚目的类群。
3 翼龙目(pterosauria)
这是一类征服空中会飞的爬行动物，其特征是前肢第四指骨特别加长支撑由身体侧面延展的皮膜，变成翅膀，适于空中飞行，胸骨也相应地发达。最早出现于侏罗纪的rhamphorhynchus meyer(喙嘴龙)可作为代表，长约60cm；双颞孔，大眼眶，具眼前孔；头骨和颌骨的前部引长，带尖齿，可能捕食鱼类；颈较长，转动灵活，背部缩短；尾很长，约为荐前脊柱长度的2倍，尾末尚有一卵形的皮膜；前肢的肱骨粗壮，桡尺骨颇长，第四指极长，形成翼的主架，第五指消失，其他各指退化成小状；肩胛骨与鸟喙骨强大，连接胸骨，作为附着鼓动翅膀的肌肉之用；后肢小。
dsungaripterus young(准噶尔翼龙) 这是发现于新疆乌尔禾下白垩统上部的完整飞龙类化石。体较大，两翼伸长可达3.5m。体长约0.9m。头骨长，前端窄而尖锐。头骨上中棱发育。鼻孔与眼孔连通成大孔。上颚有14-15个牙齿，下颚有11-12个牙齿，但颌前部无牙。第四腕骨与第四指骨特长。
翼龙类生存的时间很短，白垩纪末期绝灭，这可能由于当时出现了“现代化”鸟类，受到排挤，无法与温血而灵活的鸟类竞争之故。
4、5 蜥臀目(saurischia)、鸟臀目(ornithischia) 都是恐龙类(dinosauria)，中生代占统治地位的爬行类。 |
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- lat.: Diapsida
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