連橫的《臺灣通史》，仿司馬遷《史記》體例，時間從隋朝大業元年至清光緒21年（1895年），橫跨1290年的歷史時空，將包羅萬象之內容納入88篇之中。是臺灣歷史上第一部按通史體例撰修的史書。連橫積數十年之力，搜集有關臺灣的中外文獻、檔案和傳聞，其突出的特點，一是典據精深，記述詳明，因立足奠基臺灣史，故史料編撰寧詳勿略，寧取無棄。無論是舊籍疏略之島內撫墾拓殖的情況、故紙未載之相逼而來的外交兵禍，還是島內動植礦物等天然資源的種類及分佈情況、稻米糖茶等諸種作物乃至食用方法，或據資料詳細係統地載錄下來，或依耳聞目睹據實列述，內容紮實，使《臺灣通史》成為文獻大宗。二是較以往修史註重兵、刑、禮、樂者，凸顯“民貴”史觀，對島內民生之豐嗇、民德之隆污，特別是攸關國民生計之官方奏疏一律詳細載錄，以供後人藉鑒。三是對以往史書以“島夷海寇”視之而一筆代過之鄭成功驅逐荷蘭殖民者以及其後率領大陸同胞遷臺拓臺的事跡給予重新矯正定位；對臺灣人民介乎以卵擊石、艱貞抵禦日侮的歷史詳情，更是重筆彩墨，致意再三。四是全書既體現了臺灣與祖國大陸在政治、經濟、法律、典儀、文化、宗教等方面一脈相傳的歷史淵源，又突出了臺灣的地方特色，安排有序，相得益彰。
　　
　　全書內容起於隋大業元年，終於清光緒二十一年，時間橫跨1290年，有紀四、志二十四、傳六十。從最早到達臺灣的開拓者，到清中後期抵抗日本侵略的志士將領，凡有關臺灣的政治、軍事、經濟、物産、風俗、人物等等，均有論列。對大陸人民開拓臺灣與臺灣人民抗擊荷、英、法、日等帝國主義的侵略戰爭敘述尤詳。《臺灣通史》鬱“自戕其身，至於短折。餘甚哀之。顧餘則不然，禍患之來，靜以鎮之，橫逆之施，柔以報之。而眷懷傢國，憑吊河山，雖多回腸蕩氣之辭，絶無道睏言貧之語。故十年中未嘗有憂，未嘗有病。豈天之獨厚於餘，蓋餘之能全於天也。”民國十五年春（1926），連橫攜眷遊杭州西湖，欲了卻其“他日移傢湖上住，青山青史各千年”的宿願。不久，北伐戰爭開始，於是又返回臺灣。這時期日本人在臺灣禁止學習漢文，且不許學生使用臺語，連橫為保存故國文化始作《臺灣語典》四捲。本書曾由作者於1920～1921年在臺灣分三册出版，內地流傳極少。商務印書館於1945年抗日戰爭勝利前夕，曾將其重新出版，此後亦有重印，但讀者現在也不易找到當時版本。