達爾文在《物種起源》中提出兩個理論。第一，他認為所有的動植物都是由較早期、較原始的形式演變而來；其次，他認為生物演化是通過自然選擇而來。
其理論重點如下：物種並非一成不變，而是會隨環境變動而改變；生物的演化是長時間連續性的緩慢改變，不是突然性的劇變；同一類生物有着共同的祖先，例如哺乳類是由同一個祖先演變而來；生物族群會隨着繁殖而擴大，並超過其生存空間與食物供應的極限，引起個體間的競爭；不適應環境的個體會被淘汰，適者才能生存，並繁衍後代。
《物種起源》-作者簡介
達爾文（Charles Darwin，1809～1882）：英國偉大的科學家、博物學家，進化論的奠基人。生於英國一個名醫世傢。兒時“除打獵、養狗、抓老鼠以外，無所事事”（達爾文父親語）。後因結識植物學家亨斯羅後對博物學産生興趣。1831年參加 “比格爾號”艦的全球遠航，1842年首次提出 “物種進化理論”。
《物種起源》-撰寫背景
在達爾文那個時代，人們普遍都接受創造論，相信上帝創造世界、並一次就創造出所有的生物，同時上帝也賦予每種生物各自的角色，而每個物種的設計都非常完美，所以物種是永恆固定不變的。地層中發現的化石是古代地球曾經遭遇大洪水的證據，那些化石就是沒有登上諾亞方舟的動物。地球的歷史大約衹有六千年左右，這是經由從亞當和夏娃開始後的人類世代所推算的時間。
達爾文1809年生於英格蘭舒茲伯利 (Shrewsbury)。達爾文從小就對礦物和動物有興趣。1831年他從劍橋大學神學院畢業，然而他還是對地質學及生物學比較有興趣。1831年12月達爾文參加了海軍艦艇小獵犬號前往南美洲從事自然調查研究工作；最初他在南美海岸調查，並多次進入南美洲西邊的加拉巴哥群島，經過太平洋到達新西蘭、澳大利亞及南非，然後又回到南美洲，直到1836年10月纔回到英國。
1836年10月，達爾文回到英國後花了22年時間撰寫《物種起源》一書。1859年11月24日，達爾文的《物種起源》一書出版。這本書極大地衝擊了“神創論”，引起教會激烈反對，但也得到許多有識之士的贊賞和維護。此後，達爾文的學說在全球廣泛傳播，不斷深入人心。19世紀70年代，達爾文的學說傳入中國。
《物種起源》-理論形成
達爾文在南美洲考察時，在安第斯山山頂上發現海洋生物的化石，讓他感到睏惑。在小獵犬號啓航時，達爾文曾帶了一本英國地質學家萊爾所著的《地質學原理》；萊爾認為地球的地形、地貌是經過長時間不斷的細微變化的結果，萊爾相信風力、雨滴、冰雪等微小的力量，持續千萬年後就可以完全改變地表的形貌。達爾文本人也相信，衹要時間足夠，無法察覺的細微改變也可以造成巨大的變化。達爾文推算白堊紀中期距今約有三億年左右的歷史，持續長時間微小的地震等自然因素使得原來在海中的生物遺跡能在高山上發現。
在加拉巴哥群島考察時，達爾文發現每個島嶼上的陸龜及雀鳥並沒有很大的差異，但又有些許的不同。他又發現加拉巴哥群島的生物與南美洲大陸的種類非常相似；於是他開始懷疑島上生物可能有共同的祖先，他們之間的差異是由於千百年來適應各個島嶼不同環境的結果。每一個物種都是一些細微的變化在無數個世代的過程中産生的結果。
1《物種起源》
生物進化在當時並不是新的概念。1809年時，法國動物學家拉馬剋便提出：當環境改變時，物種會調適發展自己的器官來適應環境，常用的器官會發育變大、不用的器官會逐漸退化，並且這一代獲取的改變會遺傳給下一代；但沒有科學證據可以證明“用進廢退”和“獲得性特徵可遺傳”的假說。後來達爾文又從英國人口學者馬爾薩斯所著的《人口論》得到靈感；馬爾薩斯認為：人類糧食的生産永遠無法趕上人口的增加，致使糧食供不應求，進而發生饑荒或戰爭，導致一部分人口死亡。達爾文以此聯想到生物演化發生的機製：演化是生存競爭中自由淘汰的結果，食物與空間等資源有限，衹有最適應環境的個體才能生存下來，延續族群。
“天擇”的概念逐漸在達爾文的五年環球考察過程中形成。在1836年回到英國後，達爾文慢慢將他的看法寫成文章，然而沒有發表。大部分科學家認為，達爾文遲了很久纔發表他的作品，原因之一就是擔心自己的思想對於當時的社會來說過於激進。1858年，達爾文接到在馬來群島調查的博物學者華萊士有關物種形成的文章；華萊士對於物種形成的看法與他有很多相似之處，增加了達爾文對其學說的信心。於是兩人在1858年的倫敦皇傢科學年會中，以兩人共同具名的方式，發表有關物種形成的看法。接着達爾文在1859年發表了《物種起源》。
《物種起源》-影響
引起爭議
達爾文的進化論當時引起了廣泛的爭議，被基督教會視為異端邪說，西方社會也對達爾文冷嘲熱諷。不僅上帝創造萬物的說法被推翻，人類也被形容為千百年來殘酷的生存競爭所形成的産物，還指出人與其他哺乳動物有着共同祖先，這在當時保守的社會是相當大的震撼。
毫無疑問，它給當時的社會帶來的是霹靂般的震蕩，像一顆炸彈一樣投到“神學陣地的心髒上”，引起了整個世界特別是英國保守勢力和宗教神學勢力的極端驚恐和狂怒，譴責的聲浪鋪天蓋地而來。教會勢力和老派學者攻擊《物種起源》是“惡作劇”，違背了上帝的啓示，是一部“魔鬼的聖經”，而達爾文本人則是“英國最危險的人”。
達爾文預見到這本書的出版一定會引起激烈的爭論，因此，他把樣書分送給萊爾、鬍剋、赫胥黎及格雷等科學家，以爭取他們的支持和鼓勵。
學術地位
本書是生物學史上的經典著作。1859年11月24日《物種起源》出版，當天即被搶購一空。這主要因為《物種起源》也受到英國和其他國傢一些學者的積極支持，像英國的 T.H.赫胥黎、德國的E.海剋爾等。《物種起源》出版，第一次把生物學建立在完全科學的基礎上，以全新的生物進化思想推翻了“神創論”和“物種不變”理論，生物普遍進化的思想以及“物競天擇，適者生存”的進化機製成為學術界、思想界的公論。在書中，達爾文提出了一個又一個令人震驚的論斷：生命衹有一個祖先，因為生命都起源於一個原始細胞的開端；生物是從簡單到復雜、從低級到高級逐步發展而來的，生物在進化中不斷進行着生存鬥爭，進行着自然選擇。由此，達爾文的生物進化論被稱為19世紀自然科學的三大發現之一，《物種起源》所提及的許多觀點已成為人盡皆知的常識。
《物種起源》-面臨挑戰
達爾文並不認為自己的理論完美無缺，他也有很多睏惑。自《物種起源》出版100年間，進化論先後面臨科學發展帶來的以下幾個“挑戰”：
在《物種起源》發表6年後，德國學者海剋爾依據進化論思想畫出了一棵“生命之樹”，用“樹”來形象描繪生物進化歷史。然而，由於形態和生理特徵的進化極其復雜，加上化石資料不夠完整，“生命之樹”難以反映復雜生物進化歷史的全貌。在這種情況下，現代分子生物學的重要性就顯現出來。現在科研人員可以通過比較ＤＮＡ序列來研究不同生物之間的進化關係，構建 “進化樹”。病毒等微生物“網狀”進化結構的發現對此前的進化理論提出疑問，促使其進一步完善。
達爾文進化論的一個重要觀點是漸變論，即物種是通過微小的優勢變異逐漸改進的，突變是很少的，但最令達爾文睏惑的是寒武紀物種大爆發。中國科學家通過對雲南澄江動物群化石的發現和研究，揭示了寒武紀物種大爆發的整體輪廓，證實幾乎所有動物的祖先都曾經站在同一起跑綫上。這一發現在很大程度上說明，生物的進化並非總是漸進的，而是漸進與躍進並存的過程。
達爾文在《物種起源》一書中比較多地推崇自然選擇，認為生物進化中有害的突變比較多，有利的突變很少，而經過長期的進化過程，有利的突變經過自然選擇終於占了上風。但後來科學研究發現，物種的有害突變和有利突變都不是很多，多的是對於自然選擇來說不好也不壞的中性突變，這後一類突變與進化的關聯還有待深入細緻的研究。
《物種起源》-評價
如果要評選過去的一千年來最重要的著作，達爾文的《物種起源》無疑問是一個強有力的競爭者。它不僅為生物學奠定了堅實的理論基礎，也影響了人類社會的幾乎所有方面。
生物進化論是研究生物進化、生物發展規律以及如何運用這些規律的科學，是生物學的一個重要部門。進化論一詞最初是拉馬剋提出。達爾文的《物種起源》一書奠定了進化論的科學基礎。在《物種起源》發表前的歐洲，接受進化論思想的人非常少，儘管當時人們已經不再生活於中世紀愚昧的宗教統治中，伽利略和哥白尼的太陽中心說已經確立300多年，但人們仍然相信《聖經》中的上帝創世說。人和一切生物都是上帝創造的，這是天經地義，毋庸置疑的。但是這本書，大膽地嚮上帝創世說進行了挑戰，並從根本上撼動了《聖經》的基礎。
這部著作的問世，第一次把生物學建立在完全科學的基礎上，確定了物種的變異性和承續性，以全新的“生物進化”思想，推翻了那種把動植物看作彼此毫無聯繫的、偶然的、神造的、不變的東西的觀點，也就是“神創論”和物種不變的理論。達爾文以自然界的規律代替了“造物主的智慧”，並直接涉及人類自身的由來及歷史，使宗教的基本信念發生了動搖，導致科學與宗教間的更深刻衝突。
Various evolutionary ideas had already been proposed to explain new findings in biology. There was growing support for such ideas among dissident anatomists and the general public, but during the first half of the 19th century the English scientific establishment was closely tied to the Church of England, while science was part of natural theology. Ideas about the transmutation of species were controversial as they conflicted with the beliefs that species were unchanging parts of a designed hierarchy and that humans were unique, unrelated to animals. The political and theological implications were intensely debated, but transmutation was not accepted by the scientific mainstream.
The book was written for non-specialist readers and attracted widespread interest upon its publication. As Darwin was an eminent scientist, his findings were taken seriously and the evidence he presented generated scientific, philosophical, and religious discussion. The debate over the book contributed to the campaign by T.H. Huxley and his fellow members of the X Club to secularise science by promoting scientific naturalism. Within two decades there was widespread scientific agreement that evolution, with a branching pattern of common descent, had occurred, but scientists were slow to give natural selection the significance that Darwin thought appropriate. During the "eclipse of Darwinism" from the 1880s to the 1930s, various other mechanisms of evolution were given more credit. With the development of the modern evolutionary synthesis in the 1930s and 1940s, Darwin's concept of evolutionary adaptation through natural selection became central to modern evolutionary theory, now the unifying concept of the life sciences.
其理論重點如下：物種並非一成不變，而是會隨環境變動而改變；生物的演化是長時間連續性的緩慢改變，不是突然性的劇變；同一類生物有着共同的祖先，例如哺乳類是由同一個祖先演變而來；生物族群會隨着繁殖而擴大，並超過其生存空間與食物供應的極限，引起個體間的競爭；不適應環境的個體會被淘汰，適者才能生存，並繁衍後代。
《物種起源》-作者簡介
達爾文（Charles Darwin，1809～1882）：英國偉大的科學家、博物學家，進化論的奠基人。生於英國一個名醫世傢。兒時“除打獵、養狗、抓老鼠以外，無所事事”（達爾文父親語）。後因結識植物學家亨斯羅後對博物學産生興趣。1831年參加 “比格爾號”艦的全球遠航，1842年首次提出 “物種進化理論”。
《物種起源》-撰寫背景
在達爾文那個時代，人們普遍都接受創造論，相信上帝創造世界、並一次就創造出所有的生物，同時上帝也賦予每種生物各自的角色，而每個物種的設計都非常完美，所以物種是永恆固定不變的。地層中發現的化石是古代地球曾經遭遇大洪水的證據，那些化石就是沒有登上諾亞方舟的動物。地球的歷史大約衹有六千年左右，這是經由從亞當和夏娃開始後的人類世代所推算的時間。
達爾文1809年生於英格蘭舒茲伯利 (Shrewsbury)。達爾文從小就對礦物和動物有興趣。1831年他從劍橋大學神學院畢業，然而他還是對地質學及生物學比較有興趣。1831年12月達爾文參加了海軍艦艇小獵犬號前往南美洲從事自然調查研究工作；最初他在南美海岸調查，並多次進入南美洲西邊的加拉巴哥群島，經過太平洋到達新西蘭、澳大利亞及南非，然後又回到南美洲，直到1836年10月纔回到英國。
1836年10月，達爾文回到英國後花了22年時間撰寫《物種起源》一書。1859年11月24日，達爾文的《物種起源》一書出版。這本書極大地衝擊了“神創論”，引起教會激烈反對，但也得到許多有識之士的贊賞和維護。此後，達爾文的學說在全球廣泛傳播，不斷深入人心。19世紀70年代，達爾文的學說傳入中國。
《物種起源》-理論形成
達爾文在南美洲考察時，在安第斯山山頂上發現海洋生物的化石，讓他感到睏惑。在小獵犬號啓航時，達爾文曾帶了一本英國地質學家萊爾所著的《地質學原理》；萊爾認為地球的地形、地貌是經過長時間不斷的細微變化的結果，萊爾相信風力、雨滴、冰雪等微小的力量，持續千萬年後就可以完全改變地表的形貌。達爾文本人也相信，衹要時間足夠，無法察覺的細微改變也可以造成巨大的變化。達爾文推算白堊紀中期距今約有三億年左右的歷史，持續長時間微小的地震等自然因素使得原來在海中的生物遺跡能在高山上發現。
在加拉巴哥群島考察時，達爾文發現每個島嶼上的陸龜及雀鳥並沒有很大的差異，但又有些許的不同。他又發現加拉巴哥群島的生物與南美洲大陸的種類非常相似；於是他開始懷疑島上生物可能有共同的祖先，他們之間的差異是由於千百年來適應各個島嶼不同環境的結果。每一個物種都是一些細微的變化在無數個世代的過程中産生的結果。
1《物種起源》
生物進化在當時並不是新的概念。1809年時，法國動物學家拉馬剋便提出：當環境改變時，物種會調適發展自己的器官來適應環境，常用的器官會發育變大、不用的器官會逐漸退化，並且這一代獲取的改變會遺傳給下一代；但沒有科學證據可以證明“用進廢退”和“獲得性特徵可遺傳”的假說。後來達爾文又從英國人口學者馬爾薩斯所著的《人口論》得到靈感；馬爾薩斯認為：人類糧食的生産永遠無法趕上人口的增加，致使糧食供不應求，進而發生饑荒或戰爭，導致一部分人口死亡。達爾文以此聯想到生物演化發生的機製：演化是生存競爭中自由淘汰的結果，食物與空間等資源有限，衹有最適應環境的個體才能生存下來，延續族群。
“天擇”的概念逐漸在達爾文的五年環球考察過程中形成。在1836年回到英國後，達爾文慢慢將他的看法寫成文章，然而沒有發表。大部分科學家認為，達爾文遲了很久纔發表他的作品，原因之一就是擔心自己的思想對於當時的社會來說過於激進。1858年，達爾文接到在馬來群島調查的博物學者華萊士有關物種形成的文章；華萊士對於物種形成的看法與他有很多相似之處，增加了達爾文對其學說的信心。於是兩人在1858年的倫敦皇傢科學年會中，以兩人共同具名的方式，發表有關物種形成的看法。接着達爾文在1859年發表了《物種起源》。
《物種起源》-影響
引起爭議
達爾文的進化論當時引起了廣泛的爭議，被基督教會視為異端邪說，西方社會也對達爾文冷嘲熱諷。不僅上帝創造萬物的說法被推翻，人類也被形容為千百年來殘酷的生存競爭所形成的産物，還指出人與其他哺乳動物有着共同祖先，這在當時保守的社會是相當大的震撼。
毫無疑問，它給當時的社會帶來的是霹靂般的震蕩，像一顆炸彈一樣投到“神學陣地的心髒上”，引起了整個世界特別是英國保守勢力和宗教神學勢力的極端驚恐和狂怒，譴責的聲浪鋪天蓋地而來。教會勢力和老派學者攻擊《物種起源》是“惡作劇”，違背了上帝的啓示，是一部“魔鬼的聖經”，而達爾文本人則是“英國最危險的人”。
達爾文預見到這本書的出版一定會引起激烈的爭論，因此，他把樣書分送給萊爾、鬍剋、赫胥黎及格雷等科學家，以爭取他們的支持和鼓勵。
學術地位
本書是生物學史上的經典著作。1859年11月24日《物種起源》出版，當天即被搶購一空。這主要因為《物種起源》也受到英國和其他國傢一些學者的積極支持，像英國的 T.H.赫胥黎、德國的E.海剋爾等。《物種起源》出版，第一次把生物學建立在完全科學的基礎上，以全新的生物進化思想推翻了“神創論”和“物種不變”理論，生物普遍進化的思想以及“物競天擇，適者生存”的進化機製成為學術界、思想界的公論。在書中，達爾文提出了一個又一個令人震驚的論斷：生命衹有一個祖先，因為生命都起源於一個原始細胞的開端；生物是從簡單到復雜、從低級到高級逐步發展而來的，生物在進化中不斷進行着生存鬥爭，進行着自然選擇。由此，達爾文的生物進化論被稱為19世紀自然科學的三大發現之一，《物種起源》所提及的許多觀點已成為人盡皆知的常識。
《物種起源》-面臨挑戰
達爾文並不認為自己的理論完美無缺，他也有很多睏惑。自《物種起源》出版100年間，進化論先後面臨科學發展帶來的以下幾個“挑戰”：
在《物種起源》發表6年後，德國學者海剋爾依據進化論思想畫出了一棵“生命之樹”，用“樹”來形象描繪生物進化歷史。然而，由於形態和生理特徵的進化極其復雜，加上化石資料不夠完整，“生命之樹”難以反映復雜生物進化歷史的全貌。在這種情況下，現代分子生物學的重要性就顯現出來。現在科研人員可以通過比較ＤＮＡ序列來研究不同生物之間的進化關係，構建 “進化樹”。病毒等微生物“網狀”進化結構的發現對此前的進化理論提出疑問，促使其進一步完善。
達爾文進化論的一個重要觀點是漸變論，即物種是通過微小的優勢變異逐漸改進的，突變是很少的，但最令達爾文睏惑的是寒武紀物種大爆發。中國科學家通過對雲南澄江動物群化石的發現和研究，揭示了寒武紀物種大爆發的整體輪廓，證實幾乎所有動物的祖先都曾經站在同一起跑綫上。這一發現在很大程度上說明，生物的進化並非總是漸進的，而是漸進與躍進並存的過程。
達爾文在《物種起源》一書中比較多地推崇自然選擇，認為生物進化中有害的突變比較多，有利的突變很少，而經過長期的進化過程，有利的突變經過自然選擇終於占了上風。但後來科學研究發現，物種的有害突變和有利突變都不是很多，多的是對於自然選擇來說不好也不壞的中性突變，這後一類突變與進化的關聯還有待深入細緻的研究。
《物種起源》-評價
如果要評選過去的一千年來最重要的著作，達爾文的《物種起源》無疑問是一個強有力的競爭者。它不僅為生物學奠定了堅實的理論基礎，也影響了人類社會的幾乎所有方面。
生物進化論是研究生物進化、生物發展規律以及如何運用這些規律的科學，是生物學的一個重要部門。進化論一詞最初是拉馬剋提出。達爾文的《物種起源》一書奠定了進化論的科學基礎。在《物種起源》發表前的歐洲，接受進化論思想的人非常少，儘管當時人們已經不再生活於中世紀愚昧的宗教統治中，伽利略和哥白尼的太陽中心說已經確立300多年，但人們仍然相信《聖經》中的上帝創世說。人和一切生物都是上帝創造的，這是天經地義，毋庸置疑的。但是這本書，大膽地嚮上帝創世說進行了挑戰，並從根本上撼動了《聖經》的基礎。
這部著作的問世，第一次把生物學建立在完全科學的基礎上，確定了物種的變異性和承續性，以全新的“生物進化”思想，推翻了那種把動植物看作彼此毫無聯繫的、偶然的、神造的、不變的東西的觀點，也就是“神創論”和物種不變的理論。達爾文以自然界的規律代替了“造物主的智慧”，並直接涉及人類自身的由來及歷史，使宗教的基本信念發生了動搖，導致科學與宗教間的更深刻衝突。
Various evolutionary ideas had already been proposed to explain new findings in biology. There was growing support for such ideas among dissident anatomists and the general public, but during the first half of the 19th century the English scientific establishment was closely tied to the Church of England, while science was part of natural theology. Ideas about the transmutation of species were controversial as they conflicted with the beliefs that species were unchanging parts of a designed hierarchy and that humans were unique, unrelated to animals. The political and theological implications were intensely debated, but transmutation was not accepted by the scientific mainstream.
The book was written for non-specialist readers and attracted widespread interest upon its publication. As Darwin was an eminent scientist, his findings were taken seriously and the evidence he presented generated scientific, philosophical, and religious discussion. The debate over the book contributed to the campaign by T.H. Huxley and his fellow members of the X Club to secularise science by promoting scientific naturalism. Within two decades there was widespread scientific agreement that evolution, with a branching pattern of common descent, had occurred, but scientists were slow to give natural selection the significance that Darwin thought appropriate. During the "eclipse of Darwinism" from the 1880s to the 1930s, various other mechanisms of evolution were given more credit. With the development of the modern evolutionary synthesis in the 1930s and 1940s, Darwin's concept of evolutionary adaptation through natural selection became central to modern evolutionary theory, now the unifying concept of the life sciences.