一、本书以清嘉庆八年1803卧闲草堂刻本[简称卧本]为底本。
　　二、以下列各本为校本：
　　1、嘉庆咸丰间苏州潘氏抄本[简称抄本]。
　　2、同治八年1869苏州群玉斋活字本[过去分别称为「苏州书局本」、「群玉斋本」，实是同一版模不同版次的印本，正文文字完全相同，本书统称苏州群玉斋本，简称苏本]。
　　3、同洽十三年1874上海申报馆第一次排印木[简称申一本]。
　　4、光绪七年1881上海申报馆第二次排印本[简称申二本]。
　　嘉庆二十一年1816清江浦注礼阁刻本和艺古堂刻本都是卧本的覆印本，除个别地方对卧本的空缺有填补外，版框、行格、文字与卧本都完全相同，于此统作说明，后不再出校。
　　三、以下列各本为参校本：
　　1、同治十三年1874齐省堂增订本[简称齐本]。
　　2、光绪十二年1886经徐允临校阅过的上海宝文阁刊天目山樵评[其中每条夹批前引有儒林外史的有关正文，可资参校]。
　　3、光绪年间上海徐允临从好斋辑校本[简称从好斋辑校本]。
　　4、光绪十四年1888上海鸿宝斋增补齐省堂本[简称增补齐本]。
　　5、民国初上海商务印书馆铅印本[简称商务本]。
　　6、上海亚东图书馆铅印标点本，一九二二年第四版[简称亚东本]。
　　四、卧本虽是其后各本的祖本，但各本对卧本的误刻、倒刻、漏刻各有所订正。本书以各本同底本逐字对校比勘，采撷妥善的改乙删增用以校正底本的讹舛衍夺。各校本都不能校正的，就以参校本校订。　

　　一，本书会辑的评语有以下各种：
　　1、卧闲草堂本评语[简称卧评]。有回末总评，其中第四十二至四十四、第五十三至五十五凡六回评语原缺。
　　2、齐省堂增订本评语[简称齐评]。有眉批和部分回末总评。
　　3、申报馆第二次排印本中天目山樵评语[简称天一评]。有句中双行夹批和部分回末总评。
　　4、天目山樵《儒林外史评》[简称天二评]。有句中双行夹批和部分回末总评。
　　天二评后出，条目、文字与天一评均有出入。凡与天一评内容文字全同的条目标“一、二评”，以示重合，内容不同的条目分别标天一评、天二评。意思相同仅文字略出入者，本书录天二评为正文，在括号内注明天一评的不同之处，夹批的位置一般也依天二评，天一评相应条目位置的移动，只在需要说明时注明原批位置。
　　5、黄富民评。天一、二评中夹有三条黄小田的评语，原标为“萍叟云”，另天津徐世章1923年本以群玉斋本合1881年天评、黄评重装。黄小田评全据此。
　　6、潘祖荫评。苏州潘氏抄本中有两条眉批，前条署“伯寅记”，后条字迹相同。
　　7、华约渔评[简称约评]。从好斋辑校本中有华约渔的眉批十余条，以“约记”标志。
　　8、石史评。从好斋辑校本中有徐允临的眉批十余条，盖有「石史」印章作标志。
　　9、平步青评。平步青《霞外攗屑》卷九《小栖霞说稗》中有数十条评语，主要针对天目山樵评语而发。
　　二、原来各本的夹批、眉批，本书一律列于相应正文之下，原来各本的回末总评，仍列于每回正文之后。各家评语原则上按作评时间先后排列，即：卧评、齐评、萍叟评、天一评、天二评、潘祖荫评、约评、石史评、平步青评、黄小田评。