遺傳的基本原理結果竟是異乎尋常地簡單，這加強了我們的一種希望，即自然畢竟是完全可以認識的。曾被廣為宣揚的認為自然界不可思議的觀點，再次被證明衹不過是由於我們的無知而産生的錯覺。這令人鼓舞，因為，我們生活的這個世界如果果真像有些朋友要我們相信的那麽復雜，我們就很可能會灰心喪氣，以為生物學永遠不可能發展成一門嚴密的科學了。
托馬斯·亨特·摩爾根
《遺傳學的先驅摩爾根評傳》是夏因和羅伯爾的力作。它把托馬斯·亨特·摩爾根一生中作為一個人、美國公民、科學家、教師、合作研究者、行政領導人、丈夫、父親、朋友等等方面的情況作了翔實的記述。但這本書的意義還遠不止於此，因為它還勾畫出了本世紀生物科學取得的最重大成就的初期發展史。摩爾根在他五十多年的研究生涯中，不但自己對生物科學的發展作出了傑出的貢獻，而且也為後人進一步發展這方面的研究提供了機會。
我和摩爾根相識時，他已六十四、五歲了——對大多數人來說，這是退休養老的年齡，但對於摩爾根，這衹是生命新篇章的開始。那時，他已是美國科學界的棟梁；但在很多方面，他同羅林斯·亞當斯·埃默森很相像。我當時剛剛在埃默森教授指導下完成了康奈爾大學博士研究生的學業。摩爾根的研究小組使果蠅成為遺傳學界最出名的動物；埃默森和他的同事們正以玉米為材料進行着同樣的工作。這兩位學者都謙虛、樸實，工作充滿熱情，富有創見，特別善於鼓勵他們的學生和合作者通過自己的研究去推動科學的發展。
我最初來到加州理工學院是在1931年，當時的身分是全國科學研究委員會研究員，後來在這裏應聘為講師，直至1935年。這樣，我參加了摩爾根的機構改革試驗最初幾年的工作。他的綜合生物科學各分支的創舉，鼓勵研究者同那些所學專業與自己不同的生物學家交換意見，而且還鼓勵他們同生物化學家協作攻關。當時，這種組織形式在美國幾乎是獨一無二的。
過後我在其他機構幹了一段時間，於1946年（摩爾根逝世後一年）回到加州理工學院，繼任他二十年前創建的生物學部主任。那時候，摩爾根的這種組織辦法已被證明完全正確，我的任務衹是照原樣辦下去。1961年我離開了加州理工學院，但後來又擔任該院理事會成員——總之，我有四十多年或是積極參與、或是奉行摩爾根式的生物學研究活動。
在摩爾根從事科學活動的年代裏，不但産生了遺傳學這門學科，而且已發展到了必須依靠學科間的合作才能繼續前進的階段。人們認識到DNA（脫氧核糖核酸）是一切高等生物的遺傳基礎，弄清了DNA的分子結構及其復製方法，在人類認識生物界過程中發動了一場真正的革命。現在，生物學家、生物化學家、醫學家，甚至其它領域的知識分子，無不瞭解這場革命的深遠意義。
摩爾根從人材培養和機構建設兩方面推動了這場革命。迄今為止，曾在他組建的這個部工作過的生物學研究人員中，有七人獲得諾貝爾奬。美國科學院院士中有十一人是生物學教授。此外，有兩名院士雖然屬於化學部，但從事的是生物化學的研究。
生物學部目前的主任是羅伯特·L.辛施梅爾。在他領導下，基礎行為科學大大加強和發展了。生物學部的諾曼·H.霍洛威茨等人正在同加州理工學院所屬的由政府資助的噴氣推進實驗室合作，探索太陽係各行星上現在或過去存在生命的可能性。當這篇序正在着筆的時候，他們正着重對火星進行研究。
在世界科學的廣阔領域中，生物學的革命還在持續高速發展。例如，我剛剛得到美國科學院著名刊物《全國科學院學報》1976年6月號上的科學論文統計數字。這一期的85篇論文中，76篇涉及基礎生物學或醫學生物學，其中46篇是研討遺傳學的論文。
托馬斯·亨特·摩爾根確實留下了一筆偉大的科學遺産，我們對於這份遺産的深遠意義還沒有足夠的估計。
喬治·w.比德爾
前言
一百年前並不存在遺傳學這門學科。人們不但不知道基因和染色體，而且也不瞭解精子和卵子在受精過程中的確切作用。人類基本上還沒有擺脫陳舊的觀念，認為鰐魚是尼羅河的淤泥中自發産生的，蟲子産生於馬的鬃毛，細菌來源於垃圾。就連做了許多工作來駁斥物種特創說的查爾斯·達爾文，對遺傳的機理也不甚瞭瞭。
現代遺傳學創始於1900年，後逐漸發展成一門獨立的學科，並以日益增長的信心開始揭示自然界的秘密。弄清了遺傳的機製，發現了基因自我復製和合成蛋自質的方法，最後，連基因本身的具體構造也被揭示出來了。人類的兄弟關係甚至所有生物體的關係都被證實。
諾貝爾醫學奬中因遺傳學上的發現獲奬的數目按幾何級數上升，這一事實標志着這門學科的新地位：它是今後整個生物學的基石，是一切受過教育的人不可缺少的語言，就像一百年前的拉丁語一樣。不過，遺傳學雖然絢麗奪目，但目前基本上還沒有充分發揮其實效——儘管高産、抗病的作物品種已十分常見，不久前還是引起死胎和嬰兒腦缺損的主因的羅猴血型不親和癥已經大部消失。
遺傳學界第一個諾貝爾奬金獲得者托馬斯·亨特·摩爾根生長在一個著名的肯塔基世傢。他在當地的幾所學校，包括以後發展成為肯塔基州立大學的學校接受了基礎教育。不過，雖然有這些紐帶把他同肯塔基州聯在一起，雖然他是獲諾貝爾奬的唯一的肯塔基人，但是與肯塔基的其他名人相比，托馬斯·亨特·摩爾根終歸是他的同鄉父老們最不熟悉的一個。
摩爾根自離開肯塔基以後就很少回去。最初是因為工作繁忙，他樂得讓傢裏的人去看望他，而不願自己回傢探親，因為那樣就要多花時間。後來，多數親屬都過世了，他自己也出了名，邀請他回去通常是把他當作貴客款待，但碰到這種場合他又很靦腆。如果肯塔基人對於他1936年謝絶回去參加預定為他七十壽辰舉行的慶祝活動而生氣的話，他們衹要回想三年前他同樣謝絶了出席在斯德哥爾摩舉行的諾貝爾奬授奬儀式就行了。道理是一樣的：這樣他纔可以避免聽各種贊頌他的演說，可以堅持他正在進行的研究。摩爾根是個內嚮的人，不大嚮人談起他本人的生活和感情。但肯塔基人還為另一成見所囿。誰要提及科學家托馬斯.亨特·摩爾根，勢必要想起他已故的伯父約翰·亨特·摩爾根——南北戰爭時的飛將軍，外號人稱“南軍雷神”。本地人對這位伯父的偏襢是顯而易見的，甚至在1975年，當肯塔基州立大學新建的生物學大樓落成時，以肯塔基最著名的生物學家的名字命名本是順理成章的事；但一位電視播音員卻高興地宣佈，這座大樓是以列剋星敦名人約翰·亨特.摩爾根的名字命名的。
摩爾根在肯塔基的生活中養成了對大自然的熱愛。他整個一生都在研究生物。就像他總是力圖表白的那樣，他基本上是個動物學家，長期以來，他的興趣在於解釋卵子演化為成體的奧秘。他從不相信奇跡，衹不過把卵子看作一臺上緊了發條的機器，而力圖拆開其中的零件，探出個究竟。他這樣做了，於是獲得了諾貝爾奬。
在這本薄薄的書裏，我們介紹了他被人忽略了的一面——不但被他的肯塔基同鄉們忽略了，而且在一定程度上也被他的同行科學家們忽略了；他在遺傳學上的傑出成就甚至使專傢們對他的胚胎學研究的重要意義視而不見。在翻閱了他的著作和論文後，特別是采訪了他的還在世的朋友、同事；熟人，采訪了那些繼續他所開創的學科的研究的科學家以後，我們確信摩爾根確實是一代偉人，這裏所指的是托馬斯·亨特.摩爾根。
托馬斯·亨特·摩爾根
《遺傳學的先驅摩爾根評傳》是夏因和羅伯爾的力作。它把托馬斯·亨特·摩爾根一生中作為一個人、美國公民、科學家、教師、合作研究者、行政領導人、丈夫、父親、朋友等等方面的情況作了翔實的記述。但這本書的意義還遠不止於此，因為它還勾畫出了本世紀生物科學取得的最重大成就的初期發展史。摩爾根在他五十多年的研究生涯中，不但自己對生物科學的發展作出了傑出的貢獻，而且也為後人進一步發展這方面的研究提供了機會。
我和摩爾根相識時，他已六十四、五歲了——對大多數人來說，這是退休養老的年齡，但對於摩爾根，這衹是生命新篇章的開始。那時，他已是美國科學界的棟梁；但在很多方面，他同羅林斯·亞當斯·埃默森很相像。我當時剛剛在埃默森教授指導下完成了康奈爾大學博士研究生的學業。摩爾根的研究小組使果蠅成為遺傳學界最出名的動物；埃默森和他的同事們正以玉米為材料進行着同樣的工作。這兩位學者都謙虛、樸實，工作充滿熱情，富有創見，特別善於鼓勵他們的學生和合作者通過自己的研究去推動科學的發展。
我最初來到加州理工學院是在1931年，當時的身分是全國科學研究委員會研究員，後來在這裏應聘為講師，直至1935年。這樣，我參加了摩爾根的機構改革試驗最初幾年的工作。他的綜合生物科學各分支的創舉，鼓勵研究者同那些所學專業與自己不同的生物學家交換意見，而且還鼓勵他們同生物化學家協作攻關。當時，這種組織形式在美國幾乎是獨一無二的。
過後我在其他機構幹了一段時間，於1946年（摩爾根逝世後一年）回到加州理工學院，繼任他二十年前創建的生物學部主任。那時候，摩爾根的這種組織辦法已被證明完全正確，我的任務衹是照原樣辦下去。1961年我離開了加州理工學院，但後來又擔任該院理事會成員——總之，我有四十多年或是積極參與、或是奉行摩爾根式的生物學研究活動。
在摩爾根從事科學活動的年代裏，不但産生了遺傳學這門學科，而且已發展到了必須依靠學科間的合作才能繼續前進的階段。人們認識到DNA（脫氧核糖核酸）是一切高等生物的遺傳基礎，弄清了DNA的分子結構及其復製方法，在人類認識生物界過程中發動了一場真正的革命。現在，生物學家、生物化學家、醫學家，甚至其它領域的知識分子，無不瞭解這場革命的深遠意義。
摩爾根從人材培養和機構建設兩方面推動了這場革命。迄今為止，曾在他組建的這個部工作過的生物學研究人員中，有七人獲得諾貝爾奬。美國科學院院士中有十一人是生物學教授。此外，有兩名院士雖然屬於化學部，但從事的是生物化學的研究。
生物學部目前的主任是羅伯特·L.辛施梅爾。在他領導下，基礎行為科學大大加強和發展了。生物學部的諾曼·H.霍洛威茨等人正在同加州理工學院所屬的由政府資助的噴氣推進實驗室合作，探索太陽係各行星上現在或過去存在生命的可能性。當這篇序正在着筆的時候，他們正着重對火星進行研究。
在世界科學的廣阔領域中，生物學的革命還在持續高速發展。例如，我剛剛得到美國科學院著名刊物《全國科學院學報》1976年6月號上的科學論文統計數字。這一期的85篇論文中，76篇涉及基礎生物學或醫學生物學，其中46篇是研討遺傳學的論文。
托馬斯·亨特·摩爾根確實留下了一筆偉大的科學遺産，我們對於這份遺産的深遠意義還沒有足夠的估計。
喬治·w.比德爾
前言
一百年前並不存在遺傳學這門學科。人們不但不知道基因和染色體，而且也不瞭解精子和卵子在受精過程中的確切作用。人類基本上還沒有擺脫陳舊的觀念，認為鰐魚是尼羅河的淤泥中自發産生的，蟲子産生於馬的鬃毛，細菌來源於垃圾。就連做了許多工作來駁斥物種特創說的查爾斯·達爾文，對遺傳的機理也不甚瞭瞭。
現代遺傳學創始於1900年，後逐漸發展成一門獨立的學科，並以日益增長的信心開始揭示自然界的秘密。弄清了遺傳的機製，發現了基因自我復製和合成蛋自質的方法，最後，連基因本身的具體構造也被揭示出來了。人類的兄弟關係甚至所有生物體的關係都被證實。
諾貝爾醫學奬中因遺傳學上的發現獲奬的數目按幾何級數上升，這一事實標志着這門學科的新地位：它是今後整個生物學的基石，是一切受過教育的人不可缺少的語言，就像一百年前的拉丁語一樣。不過，遺傳學雖然絢麗奪目，但目前基本上還沒有充分發揮其實效——儘管高産、抗病的作物品種已十分常見，不久前還是引起死胎和嬰兒腦缺損的主因的羅猴血型不親和癥已經大部消失。
遺傳學界第一個諾貝爾奬金獲得者托馬斯·亨特·摩爾根生長在一個著名的肯塔基世傢。他在當地的幾所學校，包括以後發展成為肯塔基州立大學的學校接受了基礎教育。不過，雖然有這些紐帶把他同肯塔基州聯在一起，雖然他是獲諾貝爾奬的唯一的肯塔基人，但是與肯塔基的其他名人相比，托馬斯·亨特·摩爾根終歸是他的同鄉父老們最不熟悉的一個。
摩爾根自離開肯塔基以後就很少回去。最初是因為工作繁忙，他樂得讓傢裏的人去看望他，而不願自己回傢探親，因為那樣就要多花時間。後來，多數親屬都過世了，他自己也出了名，邀請他回去通常是把他當作貴客款待，但碰到這種場合他又很靦腆。如果肯塔基人對於他1936年謝絶回去參加預定為他七十壽辰舉行的慶祝活動而生氣的話，他們衹要回想三年前他同樣謝絶了出席在斯德哥爾摩舉行的諾貝爾奬授奬儀式就行了。道理是一樣的：這樣他纔可以避免聽各種贊頌他的演說，可以堅持他正在進行的研究。摩爾根是個內嚮的人，不大嚮人談起他本人的生活和感情。但肯塔基人還為另一成見所囿。誰要提及科學家托馬斯.亨特·摩爾根，勢必要想起他已故的伯父約翰·亨特·摩爾根——南北戰爭時的飛將軍，外號人稱“南軍雷神”。本地人對這位伯父的偏襢是顯而易見的，甚至在1975年，當肯塔基州立大學新建的生物學大樓落成時，以肯塔基最著名的生物學家的名字命名本是順理成章的事；但一位電視播音員卻高興地宣佈，這座大樓是以列剋星敦名人約翰·亨特.摩爾根的名字命名的。
摩爾根在肯塔基的生活中養成了對大自然的熱愛。他整個一生都在研究生物。就像他總是力圖表白的那樣，他基本上是個動物學家，長期以來，他的興趣在於解釋卵子演化為成體的奧秘。他從不相信奇跡，衹不過把卵子看作一臺上緊了發條的機器，而力圖拆開其中的零件，探出個究竟。他這樣做了，於是獲得了諾貝爾奬。
在這本薄薄的書裏，我們介紹了他被人忽略了的一面——不但被他的肯塔基同鄉們忽略了，而且在一定程度上也被他的同行科學家們忽略了；他在遺傳學上的傑出成就甚至使專傢們對他的胚胎學研究的重要意義視而不見。在翻閱了他的著作和論文後，特別是采訪了他的還在世的朋友、同事；熟人，采訪了那些繼續他所開創的學科的研究的科學家以後，我們確信摩爾根確實是一代偉人，這裏所指的是托馬斯·亨特.摩爾根。
親友好相處，不受外人侮。
奧格登·納什
摩爾根去世後，……我曾有機會到過他出生的地方，參觀
過他世代相傳的老傢，覺得很有意思。他早年的生活環境很
能說明他為什麽成為那樣的人物。
朱利安·赫胥黎
1933年，托馬斯·亨特·摩爾根正處在一生的鼎盛時期，奬章和榮譽接踵而來。正是在這一年，由於他對遺傳的染色體理論的貢獻被授予諾貝爾“醫學或生理學奬”。他和他的同事們在哥倫比亞的“蠅室”裏為一門新的科學——遺傳學奠定了基礎，從而給現代生物學帶來了革命。
摩爾根一貫把那些榮譽證書胡亂塞在書桌抽屜裏，讓精心製作的奬狀掉在寫字檯後面，對於這次最新的榮譽，他同樣不當回事。加利福尼亞理工學院（1928年他轉到這一學院去組建和領導一個新的生物學部）的同事看到記者到摩爾根的實驗室來采訪，纔得知他獲得了諾貝爾奬。而他傢裏的人衹是從報紙上纔看到他得奬這條消息。當時報上登着他的一張照片，是他同意新聞記者拍攝的唯一的一張——他隨便拉着幾個在附近看熱鬧的孩子一起照的。摩爾根甚至連在斯德哥爾摩舉行的正式授奬儀式也沒參加，儘管加州理工學院理事會給了他一箱禁用的鹹士忌，以便他能為這一慶典事先進行練習。他告訴諾貝爾奬金委員會他下一年再去，趁斯堪的納維亞之行順便看看老朋友，同時也要為他的生物學部物色兒個工作人員。
1934年4月，摩爾根偕同夫人，帶上他們四個成年孩子中最小的一個，乘火車到東海岸，再搭“莊嚴”號輪赴歐洲。在紐約他們在沃倫·韋弗博士傢住了一夜。沃倫，韋弗回憶那晚的情景：這位現代遺傳學之父身上穿着一件不大像樣的輕便大衣出現在他傢門口，一個衣袋裏塞着一包用報紙裹着的梳子、剃鬍刀、牙刷，另一個衣袋裏塞着一雙襪子，也是用報紙包着的。面對着滿面驚訝的韋弗太太，摩爾根問道：“還有什麽其他需要帶的嗎？”當時摩爾根博士六十六歲，黑發開始灰白了，但總的說來還是深色。他身高六英尺，走起路來身子挺得直直的，兩衹眼睛炯炯有神，看上去氣色蠻好——他一直是那樣，因為他幾乎從來沒生過病（衹得過胃潰瘍，這使他十一年後離開人世）。同時，他出來是為了快活一陣——像他以往一樣，一旦擺脫了工作就要輕鬆一下。
韋弗夫婦拿出了一瓶專為他留下的白蘭地。摩爾根感激地像抱小孩一樣把酒瓶抱在懷裏，說這天喝白蘭地酒是再恰當不過了。韋弗夫婦問他：“你不是說你是1865年出生的麽？”
他回答說不是，他出生於1866年，但他這條生命是1865年開始的。對於一位遺傳學家，1865年開始孕育是個好兆頭。正是這一年，孟德爾提出了遺傳的基本定律。孟德爾的豌豆實驗報告是在摩爾根出生這年發表的，但很快就被遺忘了，直到1900年，生物學家們纔重新發現他的報告，當時摩爾根已是布林莫爾學院的生物學教授了。
1865年對摩爾根之所以很重要，還有另一層原因。這年是美國南北戰爭的最後一年，而摩爾根一傢有許多人捲入了這場內戰。一些認識摩爾根本人或曾與摩爾根詳談過的人都說他傢是貴族世傢，祖輩曾是英國查理一世時代的保皇黨。這既顯赫非常，又十分遙遠，所以摩爾根對於這段往事並不感到不自在。摩爾根有一次報到他自己時說他有相當多的威爾士血統，足以改變這“該死的盎格魯-撒剋遜出身”。但每逢回到肯塔基老傢，一說起他那一傢人，人們多半是一針見血地認為，摩爾根這一族人首先應由他的伯父作為代表。
比如，1936年托馬斯·亨特·摩爾根七十壽辰時，肯塔基大學决定為它的校友搞一番慶祝活動，因為直到1976年他仍是當時唯一榮獲諾貝爾奬金的肯塔基人。他寫了22本書，發表了大約370篇論文，世界各地的生物學家遠涉重洋來參觀他的實驗室，像愛因斯坦這樣的大科學家也同他一起進餐，他是名副其實的現代遺傳學之父。然而，1936年9月25日《列剋星敦先驅論壇報》的大字標題卻寫着：“為南軍雷神的侄子摩爾根博士舉辦的慶祝會將在今日舉行”。因為，衹有這樣的題目纔適合多數人的胃口。
“南軍雷神”指的是陸軍准將約翰·亨特·摩爾根。也有的人叫他“馬賊頭子”，這就看說話人在內戰中站在哪一邊了。約翰容貌英俊，舉止豪爽，驍勇好戰，有時有些魯莽。他對肯塔基州發動過多次襲擊，這是南部邦聯部隊在這個州最重要的軍事行動，也是最富戲劇性的行動。當時，肯塔基是聯邦的一個法定州，但許多肯塔基人，特別是較為富裕的布盧格拉斯地區的居民心裏同情南部邦聯。戰後，整個州堅决地轉嚮南方，約翰·亨特·摩爾根成了最富傳奇色彩的人物之一。他帶領忠實的士卒抵禦占優勢的敵人，他從俄亥俄聯邦監獄逃走，穿過北方軍隊控製的地區，回到他的部隊。他跨着一匹烈馬風馳電掣般衝進他傢前門，吻別了慈愛的母親，在北軍趕到之前幾分鐘又旋風般地衝出後門。
摩爾根將軍在托馬斯·亨特·摩爾根出生前兩年戰死了，但他的英名卻仍然活在許多人心裏。為了達到這一目的，湯姆的父親查爾頓起的作用比誰都大。
肯塔基的摩爾根傢族發端於1795年。是年，托馬斯·亨特·摩爾根的外曾祖父約翰·韋斯利·亨特從新澤西州的特倫頓遷至列剋星敦。他在那裏開設了一個小店，改善了交通，進而發傢致富，創下了一份價值百萬美元的傢業，成了肯塔基中部的首富。1814年，他修建了一幢豪華的邪宅，取名霍普蒙特。湯姆就出生在這幢房子裏。這座建築物至今還保留着，座落在列剋星敦城第二大街和米爾街相交的街口，作為一個紀念館，有所側重地同時紀念武將摩爾根和科學家摩爾根。
約翰·韋斯利·亨特的女兒亨裏埃塔嫁給了亞拉巴馬州亨茨維爾的商人卡爾文·C.摩爾根。由於她的意願，加上父親商務上的需要，她終於說服丈夫遷回布盧格拉斯。摩爾根夫婦倆住在當時的小城列剋星敦市郊德茨剋裏剋路附近的一個大農場，也就是現今的蒙塔博路對面。他們一共生下六個兒子和兩個女兒（還有一個女兒夭折了），一傢大小過着一種獨特的南方破落貴族式的生活。沒有現款可供花銷，生活以及孩子的教育費用都仰仗上輩的遺産。按1849年老亨特死後不久宣讀的遺囑，他把霍普蒙特這幢邸宅留給亨裏埃塔，從而確立了摩爾根一傢在列剋星敦應有的社會地位。
湯姆的父親查爾頓·亨特·摩爾根是第四個兒子，比老大約翰·亨特小十五歲。查爾頓長得眉清目秀，思維敏捷，雄心勃勃。他二十歲時畢業於特蘭西瓦尼亞大學。這所學校離他傢霍普蒙特衹有幾分鐘路程，他的幾個兄弟都從事大麻業和經商，很是興旺；但他畢業後並未參加兄長們的行業，而是當了美國駐墨西拿領事。1859年，他到達西西裏時剛碰上革命爆發，他毫不猶豫地站到民族主義者一邊，成了第一個承認加裏波迪政府的領事，而且，帶着美國領事的頭銜，卻以加裏波迪的副官身份參戰，還負過傷。
西西裏革命戰爭結束，美國內戰遂起。查爾頓回到故鄉，在約翰·亨特·摩爾根的騎兵團當一名上尉。在1862和1863年的徵戰中，他多半在約翰尼的鞍前馬後。他受過一次傷，被俘三次。每次都等到有同等軍階的北軍戰俘作交換時纔被放回。
摩爾根幾兄弟都隨約翰東徵西討，但除將軍本人外，衹有一人戰死，這就是十九歲的托馬斯·亨特·摩爾根。他第一個參加南軍，打起仗來很是莽撞，好像置身險境而其樂無窮。他被敵方俘獲，囚禁起來，又作為戰俘交換，但一經交換，他又趕忙回去投入戰鬥。1863年7月，在肯塔基州萊巴嫩的一次小規模戰鬥中，由於托馬斯行動魯莽，約翰命令他撤離戰場。但等到衝鋒號吹響，托馬斯·亨特·摩爾根少尉就嚮前衝去，胸部中彈，心髒被打穿。查爾頓在戰場上寫信給母親，說：“湯姆的死，使我覺得我今後的幸福全被毀了。我愛他勝過其他兄弟。”
同月晚些時候，在一場力不從心的襲擊中，約翰.亨特.摩爾根連同幾百名部下被活捉，押解至俄亥俄州。摩爾根幾兄弟，包括查爾頓在內，被剃去須發，囚禁在哥倫布城的俄亥俄州監獄。約翰·摩爾根在他兄弟們和其他軍官們的策劃下越獄逃跑，這段往事是未來的遺傳學家童年時代常常聽到的故事之一，過後又講述給他的孩子們聽。不過，講這故事的不是湯姆·亨特·摩爾根本人，而是他的母親和妹妹。這是一場驚心動魄的脫逃壯舉：首先偷偷挖了一條地道，然後以迅雷不及掩耳之勢從警犬和殘暴的獄卒中衝過，爬火車，騎烈馬，歷經種種危險，穿過北軍的占領區，最後回到了自己的隊伍。
約翰·亨特屢敗屢戰，又重新組織襲擊。他從來就不是一個優秀的戰略傢，現在好像再也無法約束自己的部下。比如，據說有一起銀行搶劫案，就牽連到他的襲擊隊員。與此同時，查爾頓和其他兄弟們仍身陷囹圄，由於參與了越獄行動，受到嚴密監視。他們苦悶無比，查爾頓尤甚。他們的母親天天都給他們寫信，但信件要經過嚴格檢查，不能及時送到他們手中。查爾頓不斷給住在巴爾的摩的三表妹埃倫·基·霍華德小姐寫信，寫得越來越鐘情，越來越熾烈。
1864年3月，他被俘快滿一年，查爾頓被轉移到特拉華堡，那是一個正規的軍事監獄。約翰·亨特·摩爾根1864年9月4日在田納西州格林維爾戰死的消息傳來時，他仍是一個戰俘。一直到翌年2月，也就是他被囚近兩年時，查爾頓纔獲釋。那時，他妹夫巴茲爾·杜剋繼約翰任司令，駐軍弗吉尼亞，當查爾頓趕到弗吉尼亞時，南軍統帥李將軍已在阿波馬托剋斯嚮北軍投降。於是大傢衹好各自回傢。
1865年12月7比查爾頓同埃倫·基·霍華德（傢裏人叫她內利)在巴爾的摩的以馬內利聖公會教堂舉行婚禮，當地幾百名社會名流出席了結婚儀式。埃倫·基·霍華德是《星條旗歌》作者弗朗西斯·斯科特.基的外孫女；她祖父約翰.伊格.霍華德是美國獨立戰爭中的英雄，1788-1791年任馬裏蘭州州長。人們談到埃倫，常說她“像報春花一樣美麗”。更為重要的是，她是南方忠貞不渝的女兒。她對查爾頓的愛情，由於他為南軍遭受了犧牲而更加深摯。他們共同的忠於南方的信念一直是維係他們婚姻的重要紐帶。新婚夫婦回到霍普蒙特。由於戰爭中幫助南軍的人曾被剝奪公民權和財産權，列剋星敦摩爾根傢族的傢業開始敗落。肯塔基大麻業蕭條，而摩爾根兄弟沒有及時轉嚮經營煙草。約翰.亨特.摩爾根死後，由老二卡爾文主持留下來的大麻經銷公司。一大傢人擠在摩爾根老太太這幢邸宅裏：卡爾文的妻子、卡爾文的嶽母（從弗吉尼亞久經戰亂的城市裏士滿來的難民）、理查德.柯德（他母親的專職保鏢，在她死後很久纔結婚）、弗爵西斯·基（被這一傢寵壞了的孩子，退役軍人，二十歲時還蹲過北軍的牢房）——現在又加上查爾頓和內利。他們到達列剋星敦時，內利已有身孕。
這孩子1866年9月25日出生在霍普蒙特。查爾頓衹希望孩子長大成人能夠“勇敢而高尚，不致辱沒了他的名字”。他在給約翰·亨特·摩爾根的遺孀的信中說，他“本來想用大伯的名字給孩子取名為約翰，但又想到將軍的英名將會百世留芳，而湯姆犧牲時：地位卑微，史書上不會有他的位置，所以給孩子取名為托馬斯。”
就這樣，在這個人口衆多、富有傳奇色彩的大邸宅裏，未來的科學家、諾貝爾奬獲得者托馬斯·亨特·摩爾根出世了。他最初幾歲就是在這裏度過的。這時，他的祖母給查爾頓、內利和這個孩子準備了一份小禮物：在緊靠霍普蒙特後面的百老匯街上（現在的北百老匯街210號）建一座房子。房屋的修建由查爾頓監管，他媽媽出錢並保留所有權。湯姆四歲時，媽媽生了個小弟弟，取名查爾頓；七歲時又添了個小妹妹，埃倫，基·霍華德·摩爾根。於是，一傢滿員了。摩爾根一傢每年夏天必定去馬裏蘭州霍華德傢探親。由於查爾頓拼死拼活想要在華盛頓謀個職務，平時也經常在霍華德傢進進出出。雙方都是值得驕做的傢族，儘管他們的大部分財産早已損失殆盡，但仍保持着南方貴族的習慣和風度。女人們篤信宗教，至少是忠於各自的聖公會——摩爾根傢的女人是列剋星敦的基督會的忠實信徒，霍華德傢的女人忠於巴爾的摩的以馬內利聖公會。順便談一段軼事，小湯姆的叔叔，勇敢得近乎魯莽的托馬斯.亨特。摩爾根生前去參加一個浸禮會，教堂卻根據記錄本說他傢裏沒有一個人是基督徒。但這一定衹代表他們對聖公會的看法，而不表示他們對摩爾根一傢有成見。
查爾頓和內利把大部分精力花在事業上，但結果總不成功。查爾頓不論如何賣勁，如何運用傢族的影響，他在宦途上還是越來越不走運，於是他用越來越多的時間同老戰友通信，協助組織摩爾根襲擊隊員重聚聯歡。成百上千的老兵參加了這類活動，甚至到2O世紀還繼續進行。第一次聯歡時，湯姆·摩爾根纔一歲半，這次是把約翰·亨特·摩爾根將軍和托馬斯·亨特·摩爾根少尉的遺體從原來安葬的地方遷回列剋星敦。在湯姆上大學二年級那年還有一次戲劇性的儀式。以查爾頓為主要組織者的幾百名原南軍將士騎着大馬浩潔蕩蕩列隊進城安營紮寨。將軍唯一活着的孩子，一個名叫約翰尼的遺腹女兒（當時十九歲）檢閱了他們的隊伍，並被授予以他父親的名義贈送的禮物。第三次為他大伯父舉行的紀念活動（也是他父親組織的最後一次）湯姆沒回傢。當時他已四十幾歲，正開始從事導致他獲諾貝爾奬的研究工作。，正值當侄子的在紐約一個實驗室拿着柄放大鏡觀察果蠅的時候，列剋星敦大多數居民都涌上街頭去觀看南軍雷神騎着戰馬的大型塑像的揭幕典禮。這一尊塑像至今仍然屹立在梅因大街上法院的門前。
在湯姆的童年和少年時期，約翰·亨特·摩爾根的名字不斷在他耳邊回響。他午後放學回傢時，經常碰見一個老兵在門口等着要見查爾頓上尉和內利小姐。他們兩人都極樂意幫助從前甫軍的將士和他們的傢屬。不但有由政府出資舉辦的紀念他怕父的活動，出版歌頌他伯父的歌麯和書籍，而且，那數以千計的自稱曾經一度同摩爾根一道馳騁疆場的人中，不論誰有什麽周年紀念日或去世，總又會有新的回憶錄和故事出版，記述摩爾根襲擊隊員的功勳。後來，摩爾根的部下所剩不多了，那麽，即使是自稱曾給摩爾根的戰馬釘過蹄鐵的人去世也夠條件。摩爾根究竟是南軍真正的英雄，還是北軍的手下敗將，或者簡直是個無賴——這一筆長期糾纏不清的細帳，就漸漸無人爭辯了。當然，摩爾根傢族對此是十分敏感的。
然而，儘管他父母是那麽看重這一段往事，托馬斯·亨特·摩爾根一經開始了自己的工作，就沒為此占用一點時間。甚至在年紀還小的時候，他就覺得這類事沒有多大意義。他很小就有了自己的興趣和愛好，不管是摩爾根這一傢或是霍華德那一傢，誰都不像他。他無論在哪裏，樣子總是不振作，大傢覺得他有點像個書呆子。他有一個捕蝴蝶的網。他還組織列剋星敦的夥伴和巴爾的摩的表兄弟去列剋星敦郊外或霍華德傢在馬裏蘭州奧剋蘭的夏季別墅附近的山裏去採集標本。他的技術欠佳。有一次，正當他和堂兄約翰·亨特·摩爾根動手解剖一隻貓時，這傢夥一下子蘇醒過來，怒吼着跳下桌子逃跑了。湯姆十歲那年，他分得了百老匯街那幢房屋頂樓上的兩間屋子。他自己動手油漆墻壁，貼上糊墻紙，在裏面擺上他收集的標本，有剝製過的鳥，有鳥蛋、蝴蝶、化石、礦石，還有從野外撿來的各種各樣的東西。這兩間屋子屬他專有，傢裏的人誰都不去動裏面的東西。聽說，在摩爾根傢三個孩子中的最小的一個（湯姆的妹妹內利）1956年去世時，這些東西仍然完好無損。內利一生一直住在這幢房屋裏。亨特、摩爾根、基、霍華德四個傢係常自詡出過富商，出過外交官，出過律師，出過軍人，但在他們精心保存的族譜中卻沒有一個科學家。用今天的遺傳學術語來說（摩爾根同其他人一道創造了這個詞兒），他也許是個“突變”。
1880年，湯姆滿十四歲後一星期，被錄取進了設在列剋星敦的新建的肯塔基州立學院預科學習。當時肯塔基州布盧格拉斯地廈正進行教育體製改革，院係調整頻繁，這所學校的興建是一係列重組、合併、分立的一項最新措施。雖然這個學院後來站穩了腳跟，井進一步發展成現在的肯塔基大學，但湯姆入學時，正是它最混亂的歲月。
當這所學院兩年前從肯塔基大學中分出來時，失去了它所有的財産和校捨。1880年，234名學生和17名教職員大部分擠在一幢臨時租用的座落在現今伍德蘭公園的樓裏。從地下室到頂樓，每間屋都住滿了人。離城四分之三英裏的地方，從共濟會手中又租來了三間房，商業係、化學係和教育係設在其中。列剋星敦把過去集市那塊地皮捐贈給學院，正在修一幢行政大樓，但兩年後湯姆進入大學本科一年級時，校捨仍然極為緊缺。
學校衹收男生。他們這夥人行為粗魯，常常吵吵鬧鬧，使當地的市民和愛看報的公衆既喜歡，又討厭。學校生活制度極嚴，所有的學生，包括摩爾根在內，全是軍官候補生，必須穿價值二十美元一套的軍裝（學費纔十五美元），每天軍訓一小時，每星期五天。五點半起床號響了，這是一天的開始，晚上十點的熄燈號纔結束一天的活動。白天，軍號聲把學生趕進課堂、教堂、自習室和飯廳。除此之外，校方還精心製定了189條校規，而且授予教職員一項權利（實則為義務），再多想出幾條。全體學生每個星期天至少必須作一次禮拜。學生不得攜帶槍支或獵刀（不過很多學生不理會這上條）。除了教科書以外，學生必須要有校長特許才能把其它書籍或報紙帶進校捨，難怪摩爾根被記過幾次過，主要是因為作禮拜遲到，或是在教室和大廳裏不守秩序。
理科課程開設不多。普通生（以別於商科生和師範生）可以在經典學科和理科間自行選擇。摩爾根選了後者。理科學生主修課程有數學、物理與天文、化學、農業與園藝、獸醫學、歷史與政治經濟學、心理與倫理學、拉丁文（另加法文或德文）、應用力學、英文、工程學、庭園設計與美化，等等。
但對於摩爾根，所有課程的核心部分是貫通四年的博物學，授課教師是A.R．剋蘭德爾教授。他身材細長，下巴上蓄着一撮尖尖的鬍須，原來一直搞聯邦的地質調查工作，現在一面在肯塔基講授博物學全部課程和另外許多門理科的課程，一面完成他的博士論文。他是一個極為出色的博物學家。湯姆喜歡他，後來曾說過他從未見過比剋蘭德爾“更好的人或更出色的教師”。像美國大多數大學一樣，當時的博物學主要是指係統植物學，特別側重於比較和分類，動物學也基本如此，衹是更簡略一些，在博物學這一範圍內還包括一門保健和人體生理學，也講一點地質學和地理學，主要是因為這些課程與煤礦有關。當時肯塔基已開始籌建農業試驗站，所以也特別重視農業方面的課程：栽培與繁殖，生長的規律，森林與農業的關係等。
由於剋蘭德爾的影響，湯姆每年暑假都參加馬裏蘭州和肯塔基州的聯邦地質調查。野外找礦的工作又熱又髒，接下來是單調乏味的化學分析。他明確了自己不是當地質工作者的材料。這段經歷為今後的生活提供了很好的藉鑒，他用優美的肯塔基文體寫道：十六歲的一年級大學生摩爾根走進深山裏的一家乡村小店，站在一個大肚小火爐面前，滿腹猜疑的山民們目不轉睛地打量着他。其中一人發現他佩帶着一枚胸章，於是大夥兒就議論開了。就他們所知，佩有政府胸章的必是稅務官無疑，而稅務官又總是愛撒謊說他們從老遠跑到深山裏來衹是為了尋找煤炭這種不值錢的東西。湯姆請在座的一位拉小提琴的人吹起水手的號角，他自己跳起復雜的快步舞，這樣纔打破了緊張局面，說明他確非稅務官員，位店裏的氣氛由敵對轉為友好。“凡是剋蘭德爾沒教的理科課程，湯姆都是在羅伯特·彼得博士門下學的。他是原來的特蘭西瓦尼亞大學醫療係前係主任。這個年事已高的博士是個非凡的人物——他是醫生、歷史學家、出色的植物學家，又是肯塔基州地質調查最早的組織者，是俄亥俄河流域的科學先驅。然而，這一切畢竟已是好久以前的事了。
摩爾根後來常常寬厚地提起肯塔基州立學院。他承認當時的條件的確簡陋，但“為我們打下了堅實的基礎”，“聘用的教師之出色令人驚嘆”。但摩爾根在校的那幾年裏，這批出色的教師們的觀點卻有很大分歧。彼得博士反對任用另一名教師以加強薄弱的化學、動物學、植物學和獸醫學等課程。學院院長詹姆斯·帕特森卻認為彼得博士沒跟上化學的發展，在課堂上講的都是五十年前的舊貨。他甚至在公開的場合說出這種看法。他說，事情還不衹如此，彼得博士已半聾半瞎，無法控製學生，以至課堂上總是亂作一團。這場爭執是摩爾根在校時發生的，1887年他畢業之前纔算了結。結果彼得以晉升“榮譽教授”為名受到排斥。他可以保住自己的實驗室，但不得再上講臺。
湯姆畢業後第二年，剋蘭德爾教授泄露了他對該校理科教學的安排是否成功所抱的懷疑。不幸的是他說這種知心話找錯了對象，這位朋友是報社的記者，鄰近一個小鎮溫切斯特一傢報紙報道說學校管理不善，理學係尤其糟糕。1889-1890年度州立法機構開會調查，剋蘭德爾和帕特森在會上互相攻擊，語言尖刻。剋蘭德爾堅持說帕特森院長完全忽視了理科，而帕特森反駁說他井沒有忽視，衹有剋蘭德爾這種“半瓶醋的新英格蘭佬”纔會提出這樣的責難。帕特森雖然勉強承認了剋蘭德爾在教學上有一些優點，但總的來說，他覺得理學係要是沒有剋蘭德爾反倒會辦得更好些。
除了開設課程門類不多以及理科教員與學院行政領導之間的摩擦外，摩爾根在大學裏還有他自身的難題。作為南軍雷神的親侄子，如果碰到的老師和同學是同情南軍的，這當然是好事；如果他們不是南軍的同情者，事情就不好辦。就拿湯姆的法文老師來說吧，他在北軍裏當過兵，曾在摩爾根襲擊隊的逼迫下騎着騾子從辛辛那提後退了九十英裏路到列剋星敦。據說，由於懷着對湯姆伯父的宿怨，他差點給湯姆打個不及格。
對於約翰·亨特·摩爾根，彼得博士也有一些不愉快的回憶。約翰曾在特蘭西瓦尼亞大學念書，當時彼得是那兒的教員。約翰·亨特精力過於旺盛，喜歡冒險，無法再讀下去。但這個退學生對於自己從前的老師總是十分尊敬。可惜內戰開始後彼得成了一名堅定的聯邦主義者，揮起軍刀對南軍襲擊隊毫不留情。又由於彼得博士是列剋星敦聯邦軍醫院的外科主治大夫，每次南軍臨時攻占了這個城市的時候，摩爾根將軍就認為必須把彼得博士拘留起來。不過，彼得博士還是喜歡湯姆，他是他兒子的好朋友。有一回，他讓兩個孩子一起做甜菜選種實驗——當時這被看作屬於化學或栽培研究，現在應歸入遺傳學的範圍。
托馬斯·亨特·摩爾根獲得了肯塔基州立學院1886年授予的唯一的理學士學位。教員們以五票贊成、四票反對選定他為畢業生代表，在畢業典禮上緻告別詞。威廉·普魯伊特獲得另外四票，也在臺上宣讀致敬信。羅伯特·普魯伊特也是1886屆畢業生。
一個獲得理學士學位的人能在列剋星敦做什麽？摩爾根心中無數。他有一次說，他之所以進入研究生院是因為不願經商，但又不知道另外有什麽事可幹。在另一場合他又說，他之所以到約翰斯·霍普金斯大學是因為有位原肯塔基州立學院的理科學生約瑟夫·卡斯爾兩年前到了霍普金斯。加之，巴爾的摩是他母親的老傢，霍華德一傢（包括他母親在內）當然覺得在巴爾的摩找所學校讀書是很合適的。“但那時我的確不太明白，”摩爾根接着說，“他們對於在他們中間正出現一所了不起的大學幾乎一無所知。我覺得，對於那座歡樂的城市中絶大多數舊式家庭，這是很有代表性的。”不過這也無關緊要。無論摩爾根當時已基本上意識到這點，或純粹是由於幸運，霍普金斯大學對於一個學生物學的學生的確是個再好不過的地方。_
奧格登·納什
摩爾根去世後，……我曾有機會到過他出生的地方，參觀
過他世代相傳的老傢，覺得很有意思。他早年的生活環境很
能說明他為什麽成為那樣的人物。
朱利安·赫胥黎
1933年，托馬斯·亨特·摩爾根正處在一生的鼎盛時期，奬章和榮譽接踵而來。正是在這一年，由於他對遺傳的染色體理論的貢獻被授予諾貝爾“醫學或生理學奬”。他和他的同事們在哥倫比亞的“蠅室”裏為一門新的科學——遺傳學奠定了基礎，從而給現代生物學帶來了革命。
摩爾根一貫把那些榮譽證書胡亂塞在書桌抽屜裏，讓精心製作的奬狀掉在寫字檯後面，對於這次最新的榮譽，他同樣不當回事。加利福尼亞理工學院（1928年他轉到這一學院去組建和領導一個新的生物學部）的同事看到記者到摩爾根的實驗室來采訪，纔得知他獲得了諾貝爾奬。而他傢裏的人衹是從報紙上纔看到他得奬這條消息。當時報上登着他的一張照片，是他同意新聞記者拍攝的唯一的一張——他隨便拉着幾個在附近看熱鬧的孩子一起照的。摩爾根甚至連在斯德哥爾摩舉行的正式授奬儀式也沒參加，儘管加州理工學院理事會給了他一箱禁用的鹹士忌，以便他能為這一慶典事先進行練習。他告訴諾貝爾奬金委員會他下一年再去，趁斯堪的納維亞之行順便看看老朋友，同時也要為他的生物學部物色兒個工作人員。
1934年4月，摩爾根偕同夫人，帶上他們四個成年孩子中最小的一個，乘火車到東海岸，再搭“莊嚴”號輪赴歐洲。在紐約他們在沃倫·韋弗博士傢住了一夜。沃倫，韋弗回憶那晚的情景：這位現代遺傳學之父身上穿着一件不大像樣的輕便大衣出現在他傢門口，一個衣袋裏塞着一包用報紙裹着的梳子、剃鬍刀、牙刷，另一個衣袋裏塞着一雙襪子，也是用報紙包着的。面對着滿面驚訝的韋弗太太，摩爾根問道：“還有什麽其他需要帶的嗎？”當時摩爾根博士六十六歲，黑發開始灰白了，但總的說來還是深色。他身高六英尺，走起路來身子挺得直直的，兩衹眼睛炯炯有神，看上去氣色蠻好——他一直是那樣，因為他幾乎從來沒生過病（衹得過胃潰瘍，這使他十一年後離開人世）。同時，他出來是為了快活一陣——像他以往一樣，一旦擺脫了工作就要輕鬆一下。
韋弗夫婦拿出了一瓶專為他留下的白蘭地。摩爾根感激地像抱小孩一樣把酒瓶抱在懷裏，說這天喝白蘭地酒是再恰當不過了。韋弗夫婦問他：“你不是說你是1865年出生的麽？”
他回答說不是，他出生於1866年，但他這條生命是1865年開始的。對於一位遺傳學家，1865年開始孕育是個好兆頭。正是這一年，孟德爾提出了遺傳的基本定律。孟德爾的豌豆實驗報告是在摩爾根出生這年發表的，但很快就被遺忘了，直到1900年，生物學家們纔重新發現他的報告，當時摩爾根已是布林莫爾學院的生物學教授了。
1865年對摩爾根之所以很重要，還有另一層原因。這年是美國南北戰爭的最後一年，而摩爾根一傢有許多人捲入了這場內戰。一些認識摩爾根本人或曾與摩爾根詳談過的人都說他傢是貴族世傢，祖輩曾是英國查理一世時代的保皇黨。這既顯赫非常，又十分遙遠，所以摩爾根對於這段往事並不感到不自在。摩爾根有一次報到他自己時說他有相當多的威爾士血統，足以改變這“該死的盎格魯-撒剋遜出身”。但每逢回到肯塔基老傢，一說起他那一傢人，人們多半是一針見血地認為，摩爾根這一族人首先應由他的伯父作為代表。
比如，1936年托馬斯·亨特·摩爾根七十壽辰時，肯塔基大學决定為它的校友搞一番慶祝活動，因為直到1976年他仍是當時唯一榮獲諾貝爾奬金的肯塔基人。他寫了22本書，發表了大約370篇論文，世界各地的生物學家遠涉重洋來參觀他的實驗室，像愛因斯坦這樣的大科學家也同他一起進餐，他是名副其實的現代遺傳學之父。然而，1936年9月25日《列剋星敦先驅論壇報》的大字標題卻寫着：“為南軍雷神的侄子摩爾根博士舉辦的慶祝會將在今日舉行”。因為，衹有這樣的題目纔適合多數人的胃口。
“南軍雷神”指的是陸軍准將約翰·亨特·摩爾根。也有的人叫他“馬賊頭子”，這就看說話人在內戰中站在哪一邊了。約翰容貌英俊，舉止豪爽，驍勇好戰，有時有些魯莽。他對肯塔基州發動過多次襲擊，這是南部邦聯部隊在這個州最重要的軍事行動，也是最富戲劇性的行動。當時，肯塔基是聯邦的一個法定州，但許多肯塔基人，特別是較為富裕的布盧格拉斯地區的居民心裏同情南部邦聯。戰後，整個州堅决地轉嚮南方，約翰·亨特·摩爾根成了最富傳奇色彩的人物之一。他帶領忠實的士卒抵禦占優勢的敵人，他從俄亥俄聯邦監獄逃走，穿過北方軍隊控製的地區，回到他的部隊。他跨着一匹烈馬風馳電掣般衝進他傢前門，吻別了慈愛的母親，在北軍趕到之前幾分鐘又旋風般地衝出後門。
摩爾根將軍在托馬斯·亨特·摩爾根出生前兩年戰死了，但他的英名卻仍然活在許多人心裏。為了達到這一目的，湯姆的父親查爾頓起的作用比誰都大。
肯塔基的摩爾根傢族發端於1795年。是年，托馬斯·亨特·摩爾根的外曾祖父約翰·韋斯利·亨特從新澤西州的特倫頓遷至列剋星敦。他在那裏開設了一個小店，改善了交通，進而發傢致富，創下了一份價值百萬美元的傢業，成了肯塔基中部的首富。1814年，他修建了一幢豪華的邪宅，取名霍普蒙特。湯姆就出生在這幢房子裏。這座建築物至今還保留着，座落在列剋星敦城第二大街和米爾街相交的街口，作為一個紀念館，有所側重地同時紀念武將摩爾根和科學家摩爾根。
約翰·韋斯利·亨特的女兒亨裏埃塔嫁給了亞拉巴馬州亨茨維爾的商人卡爾文·C.摩爾根。由於她的意願，加上父親商務上的需要，她終於說服丈夫遷回布盧格拉斯。摩爾根夫婦倆住在當時的小城列剋星敦市郊德茨剋裏剋路附近的一個大農場，也就是現今的蒙塔博路對面。他們一共生下六個兒子和兩個女兒（還有一個女兒夭折了），一傢大小過着一種獨特的南方破落貴族式的生活。沒有現款可供花銷，生活以及孩子的教育費用都仰仗上輩的遺産。按1849年老亨特死後不久宣讀的遺囑，他把霍普蒙特這幢邸宅留給亨裏埃塔，從而確立了摩爾根一傢在列剋星敦應有的社會地位。
湯姆的父親查爾頓·亨特·摩爾根是第四個兒子，比老大約翰·亨特小十五歲。查爾頓長得眉清目秀，思維敏捷，雄心勃勃。他二十歲時畢業於特蘭西瓦尼亞大學。這所學校離他傢霍普蒙特衹有幾分鐘路程，他的幾個兄弟都從事大麻業和經商，很是興旺；但他畢業後並未參加兄長們的行業，而是當了美國駐墨西拿領事。1859年，他到達西西裏時剛碰上革命爆發，他毫不猶豫地站到民族主義者一邊，成了第一個承認加裏波迪政府的領事，而且，帶着美國領事的頭銜，卻以加裏波迪的副官身份參戰，還負過傷。
西西裏革命戰爭結束，美國內戰遂起。查爾頓回到故鄉，在約翰·亨特·摩爾根的騎兵團當一名上尉。在1862和1863年的徵戰中，他多半在約翰尼的鞍前馬後。他受過一次傷，被俘三次。每次都等到有同等軍階的北軍戰俘作交換時纔被放回。
摩爾根幾兄弟都隨約翰東徵西討，但除將軍本人外，衹有一人戰死，這就是十九歲的托馬斯·亨特·摩爾根。他第一個參加南軍，打起仗來很是莽撞，好像置身險境而其樂無窮。他被敵方俘獲，囚禁起來，又作為戰俘交換，但一經交換，他又趕忙回去投入戰鬥。1863年7月，在肯塔基州萊巴嫩的一次小規模戰鬥中，由於托馬斯行動魯莽，約翰命令他撤離戰場。但等到衝鋒號吹響，托馬斯·亨特·摩爾根少尉就嚮前衝去，胸部中彈，心髒被打穿。查爾頓在戰場上寫信給母親，說：“湯姆的死，使我覺得我今後的幸福全被毀了。我愛他勝過其他兄弟。”
同月晚些時候，在一場力不從心的襲擊中，約翰.亨特.摩爾根連同幾百名部下被活捉，押解至俄亥俄州。摩爾根幾兄弟，包括查爾頓在內，被剃去須發，囚禁在哥倫布城的俄亥俄州監獄。約翰·摩爾根在他兄弟們和其他軍官們的策劃下越獄逃跑，這段往事是未來的遺傳學家童年時代常常聽到的故事之一，過後又講述給他的孩子們聽。不過，講這故事的不是湯姆·亨特·摩爾根本人，而是他的母親和妹妹。這是一場驚心動魄的脫逃壯舉：首先偷偷挖了一條地道，然後以迅雷不及掩耳之勢從警犬和殘暴的獄卒中衝過，爬火車，騎烈馬，歷經種種危險，穿過北軍的占領區，最後回到了自己的隊伍。
約翰·亨特屢敗屢戰，又重新組織襲擊。他從來就不是一個優秀的戰略傢，現在好像再也無法約束自己的部下。比如，據說有一起銀行搶劫案，就牽連到他的襲擊隊員。與此同時，查爾頓和其他兄弟們仍身陷囹圄，由於參與了越獄行動，受到嚴密監視。他們苦悶無比，查爾頓尤甚。他們的母親天天都給他們寫信，但信件要經過嚴格檢查，不能及時送到他們手中。查爾頓不斷給住在巴爾的摩的三表妹埃倫·基·霍華德小姐寫信，寫得越來越鐘情，越來越熾烈。
1864年3月，他被俘快滿一年，查爾頓被轉移到特拉華堡，那是一個正規的軍事監獄。約翰·亨特·摩爾根1864年9月4日在田納西州格林維爾戰死的消息傳來時，他仍是一個戰俘。一直到翌年2月，也就是他被囚近兩年時，查爾頓纔獲釋。那時，他妹夫巴茲爾·杜剋繼約翰任司令，駐軍弗吉尼亞，當查爾頓趕到弗吉尼亞時，南軍統帥李將軍已在阿波馬托剋斯嚮北軍投降。於是大傢衹好各自回傢。
1865年12月7比查爾頓同埃倫·基·霍華德（傢裏人叫她內利)在巴爾的摩的以馬內利聖公會教堂舉行婚禮，當地幾百名社會名流出席了結婚儀式。埃倫·基·霍華德是《星條旗歌》作者弗朗西斯·斯科特.基的外孫女；她祖父約翰.伊格.霍華德是美國獨立戰爭中的英雄，1788-1791年任馬裏蘭州州長。人們談到埃倫，常說她“像報春花一樣美麗”。更為重要的是，她是南方忠貞不渝的女兒。她對查爾頓的愛情，由於他為南軍遭受了犧牲而更加深摯。他們共同的忠於南方的信念一直是維係他們婚姻的重要紐帶。新婚夫婦回到霍普蒙特。由於戰爭中幫助南軍的人曾被剝奪公民權和財産權，列剋星敦摩爾根傢族的傢業開始敗落。肯塔基大麻業蕭條，而摩爾根兄弟沒有及時轉嚮經營煙草。約翰.亨特.摩爾根死後，由老二卡爾文主持留下來的大麻經銷公司。一大傢人擠在摩爾根老太太這幢邸宅裏：卡爾文的妻子、卡爾文的嶽母（從弗吉尼亞久經戰亂的城市裏士滿來的難民）、理查德.柯德（他母親的專職保鏢，在她死後很久纔結婚）、弗爵西斯·基（被這一傢寵壞了的孩子，退役軍人，二十歲時還蹲過北軍的牢房）——現在又加上查爾頓和內利。他們到達列剋星敦時，內利已有身孕。
這孩子1866年9月25日出生在霍普蒙特。查爾頓衹希望孩子長大成人能夠“勇敢而高尚，不致辱沒了他的名字”。他在給約翰·亨特·摩爾根的遺孀的信中說，他“本來想用大伯的名字給孩子取名為約翰，但又想到將軍的英名將會百世留芳，而湯姆犧牲時：地位卑微，史書上不會有他的位置，所以給孩子取名為托馬斯。”
就這樣，在這個人口衆多、富有傳奇色彩的大邸宅裏，未來的科學家、諾貝爾奬獲得者托馬斯·亨特·摩爾根出世了。他最初幾歲就是在這裏度過的。這時，他的祖母給查爾頓、內利和這個孩子準備了一份小禮物：在緊靠霍普蒙特後面的百老匯街上（現在的北百老匯街210號）建一座房子。房屋的修建由查爾頓監管，他媽媽出錢並保留所有權。湯姆四歲時，媽媽生了個小弟弟，取名查爾頓；七歲時又添了個小妹妹，埃倫，基·霍華德·摩爾根。於是，一傢滿員了。摩爾根一傢每年夏天必定去馬裏蘭州霍華德傢探親。由於查爾頓拼死拼活想要在華盛頓謀個職務，平時也經常在霍華德傢進進出出。雙方都是值得驕做的傢族，儘管他們的大部分財産早已損失殆盡，但仍保持着南方貴族的習慣和風度。女人們篤信宗教，至少是忠於各自的聖公會——摩爾根傢的女人是列剋星敦的基督會的忠實信徒，霍華德傢的女人忠於巴爾的摩的以馬內利聖公會。順便談一段軼事，小湯姆的叔叔，勇敢得近乎魯莽的托馬斯.亨特。摩爾根生前去參加一個浸禮會，教堂卻根據記錄本說他傢裏沒有一個人是基督徒。但這一定衹代表他們對聖公會的看法，而不表示他們對摩爾根一傢有成見。
查爾頓和內利把大部分精力花在事業上，但結果總不成功。查爾頓不論如何賣勁，如何運用傢族的影響，他在宦途上還是越來越不走運，於是他用越來越多的時間同老戰友通信，協助組織摩爾根襲擊隊員重聚聯歡。成百上千的老兵參加了這類活動，甚至到2O世紀還繼續進行。第一次聯歡時，湯姆·摩爾根纔一歲半，這次是把約翰·亨特·摩爾根將軍和托馬斯·亨特·摩爾根少尉的遺體從原來安葬的地方遷回列剋星敦。在湯姆上大學二年級那年還有一次戲劇性的儀式。以查爾頓為主要組織者的幾百名原南軍將士騎着大馬浩潔蕩蕩列隊進城安營紮寨。將軍唯一活着的孩子，一個名叫約翰尼的遺腹女兒（當時十九歲）檢閱了他們的隊伍，並被授予以他父親的名義贈送的禮物。第三次為他大伯父舉行的紀念活動（也是他父親組織的最後一次）湯姆沒回傢。當時他已四十幾歲，正開始從事導致他獲諾貝爾奬的研究工作。，正值當侄子的在紐約一個實驗室拿着柄放大鏡觀察果蠅的時候，列剋星敦大多數居民都涌上街頭去觀看南軍雷神騎着戰馬的大型塑像的揭幕典禮。這一尊塑像至今仍然屹立在梅因大街上法院的門前。
在湯姆的童年和少年時期，約翰·亨特·摩爾根的名字不斷在他耳邊回響。他午後放學回傢時，經常碰見一個老兵在門口等着要見查爾頓上尉和內利小姐。他們兩人都極樂意幫助從前甫軍的將士和他們的傢屬。不但有由政府出資舉辦的紀念他怕父的活動，出版歌頌他伯父的歌麯和書籍，而且，那數以千計的自稱曾經一度同摩爾根一道馳騁疆場的人中，不論誰有什麽周年紀念日或去世，總又會有新的回憶錄和故事出版，記述摩爾根襲擊隊員的功勳。後來，摩爾根的部下所剩不多了，那麽，即使是自稱曾給摩爾根的戰馬釘過蹄鐵的人去世也夠條件。摩爾根究竟是南軍真正的英雄，還是北軍的手下敗將，或者簡直是個無賴——這一筆長期糾纏不清的細帳，就漸漸無人爭辯了。當然，摩爾根傢族對此是十分敏感的。
然而，儘管他父母是那麽看重這一段往事，托馬斯·亨特·摩爾根一經開始了自己的工作，就沒為此占用一點時間。甚至在年紀還小的時候，他就覺得這類事沒有多大意義。他很小就有了自己的興趣和愛好，不管是摩爾根這一傢或是霍華德那一傢，誰都不像他。他無論在哪裏，樣子總是不振作，大傢覺得他有點像個書呆子。他有一個捕蝴蝶的網。他還組織列剋星敦的夥伴和巴爾的摩的表兄弟去列剋星敦郊外或霍華德傢在馬裏蘭州奧剋蘭的夏季別墅附近的山裏去採集標本。他的技術欠佳。有一次，正當他和堂兄約翰·亨特·摩爾根動手解剖一隻貓時，這傢夥一下子蘇醒過來，怒吼着跳下桌子逃跑了。湯姆十歲那年，他分得了百老匯街那幢房屋頂樓上的兩間屋子。他自己動手油漆墻壁，貼上糊墻紙，在裏面擺上他收集的標本，有剝製過的鳥，有鳥蛋、蝴蝶、化石、礦石，還有從野外撿來的各種各樣的東西。這兩間屋子屬他專有，傢裏的人誰都不去動裏面的東西。聽說，在摩爾根傢三個孩子中的最小的一個（湯姆的妹妹內利）1956年去世時，這些東西仍然完好無損。內利一生一直住在這幢房屋裏。亨特、摩爾根、基、霍華德四個傢係常自詡出過富商，出過外交官，出過律師，出過軍人，但在他們精心保存的族譜中卻沒有一個科學家。用今天的遺傳學術語來說（摩爾根同其他人一道創造了這個詞兒），他也許是個“突變”。
1880年，湯姆滿十四歲後一星期，被錄取進了設在列剋星敦的新建的肯塔基州立學院預科學習。當時肯塔基州布盧格拉斯地廈正進行教育體製改革，院係調整頻繁，這所學校的興建是一係列重組、合併、分立的一項最新措施。雖然這個學院後來站穩了腳跟，井進一步發展成現在的肯塔基大學，但湯姆入學時，正是它最混亂的歲月。
當這所學院兩年前從肯塔基大學中分出來時，失去了它所有的財産和校捨。1880年，234名學生和17名教職員大部分擠在一幢臨時租用的座落在現今伍德蘭公園的樓裏。從地下室到頂樓，每間屋都住滿了人。離城四分之三英裏的地方，從共濟會手中又租來了三間房，商業係、化學係和教育係設在其中。列剋星敦把過去集市那塊地皮捐贈給學院，正在修一幢行政大樓，但兩年後湯姆進入大學本科一年級時，校捨仍然極為緊缺。
學校衹收男生。他們這夥人行為粗魯，常常吵吵鬧鬧，使當地的市民和愛看報的公衆既喜歡，又討厭。學校生活制度極嚴，所有的學生，包括摩爾根在內，全是軍官候補生，必須穿價值二十美元一套的軍裝（學費纔十五美元），每天軍訓一小時，每星期五天。五點半起床號響了，這是一天的開始，晚上十點的熄燈號纔結束一天的活動。白天，軍號聲把學生趕進課堂、教堂、自習室和飯廳。除此之外，校方還精心製定了189條校規，而且授予教職員一項權利（實則為義務），再多想出幾條。全體學生每個星期天至少必須作一次禮拜。學生不得攜帶槍支或獵刀（不過很多學生不理會這上條）。除了教科書以外，學生必須要有校長特許才能把其它書籍或報紙帶進校捨，難怪摩爾根被記過幾次過，主要是因為作禮拜遲到，或是在教室和大廳裏不守秩序。
理科課程開設不多。普通生（以別於商科生和師範生）可以在經典學科和理科間自行選擇。摩爾根選了後者。理科學生主修課程有數學、物理與天文、化學、農業與園藝、獸醫學、歷史與政治經濟學、心理與倫理學、拉丁文（另加法文或德文）、應用力學、英文、工程學、庭園設計與美化，等等。
但對於摩爾根，所有課程的核心部分是貫通四年的博物學，授課教師是A.R．剋蘭德爾教授。他身材細長，下巴上蓄着一撮尖尖的鬍須，原來一直搞聯邦的地質調查工作，現在一面在肯塔基講授博物學全部課程和另外許多門理科的課程，一面完成他的博士論文。他是一個極為出色的博物學家。湯姆喜歡他，後來曾說過他從未見過比剋蘭德爾“更好的人或更出色的教師”。像美國大多數大學一樣，當時的博物學主要是指係統植物學，特別側重於比較和分類，動物學也基本如此，衹是更簡略一些，在博物學這一範圍內還包括一門保健和人體生理學，也講一點地質學和地理學，主要是因為這些課程與煤礦有關。當時肯塔基已開始籌建農業試驗站，所以也特別重視農業方面的課程：栽培與繁殖，生長的規律，森林與農業的關係等。
由於剋蘭德爾的影響，湯姆每年暑假都參加馬裏蘭州和肯塔基州的聯邦地質調查。野外找礦的工作又熱又髒，接下來是單調乏味的化學分析。他明確了自己不是當地質工作者的材料。這段經歷為今後的生活提供了很好的藉鑒，他用優美的肯塔基文體寫道：十六歲的一年級大學生摩爾根走進深山裏的一家乡村小店，站在一個大肚小火爐面前，滿腹猜疑的山民們目不轉睛地打量着他。其中一人發現他佩帶着一枚胸章，於是大夥兒就議論開了。就他們所知，佩有政府胸章的必是稅務官無疑，而稅務官又總是愛撒謊說他們從老遠跑到深山裏來衹是為了尋找煤炭這種不值錢的東西。湯姆請在座的一位拉小提琴的人吹起水手的號角，他自己跳起復雜的快步舞，這樣纔打破了緊張局面，說明他確非稅務官員，位店裏的氣氛由敵對轉為友好。“凡是剋蘭德爾沒教的理科課程，湯姆都是在羅伯特·彼得博士門下學的。他是原來的特蘭西瓦尼亞大學醫療係前係主任。這個年事已高的博士是個非凡的人物——他是醫生、歷史學家、出色的植物學家，又是肯塔基州地質調查最早的組織者，是俄亥俄河流域的科學先驅。然而，這一切畢竟已是好久以前的事了。
摩爾根後來常常寬厚地提起肯塔基州立學院。他承認當時的條件的確簡陋，但“為我們打下了堅實的基礎”，“聘用的教師之出色令人驚嘆”。但摩爾根在校的那幾年裏，這批出色的教師們的觀點卻有很大分歧。彼得博士反對任用另一名教師以加強薄弱的化學、動物學、植物學和獸醫學等課程。學院院長詹姆斯·帕特森卻認為彼得博士沒跟上化學的發展，在課堂上講的都是五十年前的舊貨。他甚至在公開的場合說出這種看法。他說，事情還不衹如此，彼得博士已半聾半瞎，無法控製學生，以至課堂上總是亂作一團。這場爭執是摩爾根在校時發生的，1887年他畢業之前纔算了結。結果彼得以晉升“榮譽教授”為名受到排斥。他可以保住自己的實驗室，但不得再上講臺。
湯姆畢業後第二年，剋蘭德爾教授泄露了他對該校理科教學的安排是否成功所抱的懷疑。不幸的是他說這種知心話找錯了對象，這位朋友是報社的記者，鄰近一個小鎮溫切斯特一傢報紙報道說學校管理不善，理學係尤其糟糕。1889-1890年度州立法機構開會調查，剋蘭德爾和帕特森在會上互相攻擊，語言尖刻。剋蘭德爾堅持說帕特森院長完全忽視了理科，而帕特森反駁說他井沒有忽視，衹有剋蘭德爾這種“半瓶醋的新英格蘭佬”纔會提出這樣的責難。帕特森雖然勉強承認了剋蘭德爾在教學上有一些優點，但總的來說，他覺得理學係要是沒有剋蘭德爾反倒會辦得更好些。
除了開設課程門類不多以及理科教員與學院行政領導之間的摩擦外，摩爾根在大學裏還有他自身的難題。作為南軍雷神的親侄子，如果碰到的老師和同學是同情南軍的，這當然是好事；如果他們不是南軍的同情者，事情就不好辦。就拿湯姆的法文老師來說吧，他在北軍裏當過兵，曾在摩爾根襲擊隊的逼迫下騎着騾子從辛辛那提後退了九十英裏路到列剋星敦。據說，由於懷着對湯姆伯父的宿怨，他差點給湯姆打個不及格。
對於約翰·亨特·摩爾根，彼得博士也有一些不愉快的回憶。約翰曾在特蘭西瓦尼亞大學念書，當時彼得是那兒的教員。約翰·亨特精力過於旺盛，喜歡冒險，無法再讀下去。但這個退學生對於自己從前的老師總是十分尊敬。可惜內戰開始後彼得成了一名堅定的聯邦主義者，揮起軍刀對南軍襲擊隊毫不留情。又由於彼得博士是列剋星敦聯邦軍醫院的外科主治大夫，每次南軍臨時攻占了這個城市的時候，摩爾根將軍就認為必須把彼得博士拘留起來。不過，彼得博士還是喜歡湯姆，他是他兒子的好朋友。有一回，他讓兩個孩子一起做甜菜選種實驗——當時這被看作屬於化學或栽培研究，現在應歸入遺傳學的範圍。
托馬斯·亨特·摩爾根獲得了肯塔基州立學院1886年授予的唯一的理學士學位。教員們以五票贊成、四票反對選定他為畢業生代表，在畢業典禮上緻告別詞。威廉·普魯伊特獲得另外四票，也在臺上宣讀致敬信。羅伯特·普魯伊特也是1886屆畢業生。
一個獲得理學士學位的人能在列剋星敦做什麽？摩爾根心中無數。他有一次說，他之所以進入研究生院是因為不願經商，但又不知道另外有什麽事可幹。在另一場合他又說，他之所以到約翰斯·霍普金斯大學是因為有位原肯塔基州立學院的理科學生約瑟夫·卡斯爾兩年前到了霍普金斯。加之，巴爾的摩是他母親的老傢，霍華德一傢（包括他母親在內）當然覺得在巴爾的摩找所學校讀書是很合適的。“但那時我的確不太明白，”摩爾根接着說，“他們對於在他們中間正出現一所了不起的大學幾乎一無所知。我覺得，對於那座歡樂的城市中絶大多數舊式家庭，這是很有代表性的。”不過這也無關緊要。無論摩爾根當時已基本上意識到這點，或純粹是由於幸運，霍普金斯大學對於一個學生物學的學生的確是個再好不過的地方。_