遗传的基本原理结果竟是异乎寻常地简单，这加强了我们的一种希望，即自然毕竟是完全可以认识的。曾被广为宣扬的认为自然界不可思议的观点，再次被证明只不过是由于我们的无知而产生的错觉。这令人鼓舞，因为，我们生活的这个世界如果果真像有些朋友要我们相信的那么复杂，我们就很可能会灰心丧气，以为生物学永远不可能发展成一门严密的科学了。
托马斯·亨特·摩尔根
《遗传学的先驱摩尔根评传》是夏因和罗伯尔的力作。它把托马斯·亨特·摩尔根一生中作为一个人、美国公民、科学家、教师、合作研究者、行政领导人、丈夫、父亲、朋友等等方面的情况作了翔实的记述。但这本书的意义还远不止于此，因为它还勾画出了本世纪生物科学取得的最重大成就的初期发展史。摩尔根在他五十多年的研究生涯中，不但自己对生物科学的发展作出了杰出的贡献，而且也为后人进一步发展这方面的研究提供了机会。
我和摩尔根相识时，他已六十四、五岁了——对大多数人来说，这是退休养老的年龄，但对于摩尔根，这只是生命新篇章的开始。那时，他已是美国科学界的栋梁；但在很多方面，他同罗林斯·亚当斯·埃默森很相像。我当时刚刚在埃默森教授指导下完成了康奈尔大学博士研究生的学业。摩尔根的研究小组使果蝇成为遗传学界最出名的动物；埃默森和他的同事们正以玉米为材料进行着同样的工作。这两位学者都谦虚、朴实，工作充满热情，富有创见，特别善于鼓励他们的学生和合作者通过自己的研究去推动科学的发展。
我最初来到加州理工学院是在1931年，当时的身分是全国科学研究委员会研究员，后来在这里应聘为讲师，直至1935年。这样，我参加了摩尔根的机构改革试验最初几年的工作。他的综合生物科学各分支的创举，鼓励研究者同那些所学专业与自己不同的生物学家交换意见，而且还鼓励他们同生物化学家协作攻关。当时，这种组织形式在美国几乎是独一无二的。
过后我在其他机构干了一段时间，于1946年（摩尔根逝世后一年）回到加州理工学院，继任他二十年前创建的生物学部主任。那时候，摩尔根的这种组织办法已被证明完全正确，我的任务只是照原样办下去。1961年我离开了加州理工学院，但后来又担任该院理事会成员——总之，我有四十多年或是积极参与、或是奉行摩尔根式的生物学研究活动。
在摩尔根从事科学活动的年代里，不但产生了遗传学这门学科，而且已发展到了必须依靠学科间的合作才能继续前进的阶段。人们认识到DNA（脱氧核糖核酸）是一切高等生物的遗传基础，弄清了DNA的分子结构及其复制方法，在人类认识生物界过程中发动了一场真正的革命。现在，生物学家、生物化学家、医学家，甚至其它领域的知识分子，无不了解这场革命的深远意义。
摩尔根从人材培养和机构建设两方面推动了这场革命。迄今为止，曾在他组建的这个部工作过的生物学研究人员中，有七人获得诺贝尔奖。美国科学院院士中有十一人是生物学教授。此外，有两名院士虽然属于化学部，但从事的是生物化学的研究。
生物学部目前的主任是罗伯特·L.辛施梅尔。在他领导下，基础行为科学大大加强和发展了。生物学部的诺曼·H.霍洛威茨等人正在同加州理工学院所属的由政府资助的喷气推进实验室合作，探索太阳系各行星上现在或过去存在生命的可能性。当这篇序正在着笔的时候，他们正着重对火星进行研究。
在世界科学的广阔领域中，生物学的革命还在持续高速发展。例如，我刚刚得到美国科学院著名刊物《全国科学院学报》1976年6月号上的科学论文统计数字。这一期的85篇论文中，76篇涉及基础生物学或医学生物学，其中46篇是研讨遗传学的论文。
托马斯·亨特·摩尔根确实留下了一笔伟大的科学遗产，我们对于这份遗产的深远意义还没有足够的估计。
乔治·w.比德尔
前言
一百年前并不存在遗传学这门学科。人们不但不知道基因和染色体，而且也不了解精子和卵子在受精过程中的确切作用。人类基本上还没有摆脱陈旧的观念，认为鳄鱼是尼罗河的淤泥中自发产生的，虫子产生于马的鬃毛，细菌来源于垃圾。就连做了许多工作来驳斥物种特创说的查尔斯·达尔文，对遗传的机理也不甚了了。
现代遗传学创始于1900年，后逐渐发展成一门独立的学科，并以日益增长的信心开始揭示自然界的秘密。弄清了遗传的机制，发现了基因自我复制和合成蛋自质的方法，最后，连基因本身的具体构造也被揭示出来了。人类的兄弟关系甚至所有生物体的关系都被证实。
诺贝尔医学奖中因遗传学上的发现获奖的数目按几何级数上升，这一事实标志着这门学科的新地位：它是今后整个生物学的基石，是一切受过教育的人不可缺少的语言，就像一百年前的拉丁语一样。不过，遗传学虽然绚丽夺目，但目前基本上还没有充分发挥其实效——尽管高产、抗病的作物品种已十分常见，不久前还是引起死胎和婴儿脑缺损的主因的罗猴血型不亲和症已经大部消失。
遗传学界第一个诺贝尔奖金获得者托马斯·亨特·摩尔根生长在一个著名的肯塔基世家。他在当地的几所学校，包括以后发展成为肯塔基州立大学的学校接受了基础教育。不过，虽然有这些纽带把他同肯塔基州联在一起，虽然他是获诺贝尔奖的唯一的肯塔基人，但是与肯塔基的其他名人相比，托马斯·亨特·摩尔根终归是他的同乡父老们最不熟悉的一个。
摩尔根自离开肯塔基以后就很少回去。最初是因为工作繁忙，他乐得让家里的人去看望他，而不愿自己回家探亲，因为那样就要多花时间。后来，多数亲属都过世了，他自己也出了名，邀请他回去通常是把他当作贵客款待，但碰到这种场合他又很腼腆。如果肯塔基人对于他1936年谢绝回去参加预定为他七十寿辰举行的庆祝活动而生气的话，他们只要回想三年前他同样谢绝了出席在斯德哥尔摩举行的诺贝尔奖授奖仪式就行了。道理是一样的：这样他才可以避免听各种赞颂他的演说，可以坚持他正在进行的研究。摩尔根是个内向的人，不大向人谈起他本人的生活和感情。但肯塔基人还为另一成见所囿。谁要提及科学家托马斯.亨特·摩尔根，势必要想起他已故的伯父约翰·亨特·摩尔根——南北战争时的飞将军，外号人称“南军雷神”。本地人对这位伯父的偏袒是显而易见的，甚至在1975年，当肯塔基州立大学新建的生物学大楼落成时，以肯塔基最著名的生物学家的名字命名本是顺理成章的事；但一位电视播音员却高兴地宣布，这座大楼是以列克星敦名人约翰·亨特.摩尔根的名字命名的。
摩尔根在肯塔基的生活中养成了对大自然的热爱。他整个一生都在研究生物。就像他总是力图表白的那样，他基本上是个动物学家，长期以来，他的兴趣在于解释卵子演化为成体的奥秘。他从不相信奇迹，只不过把卵子看作一台上紧了发条的机器，而力图拆开其中的零件，探出个究竟。他这样做了，于是获得了诺贝尔奖。
在这本薄薄的书里，我们介绍了他被人忽略了的一面——不但被他的肯塔基同乡们忽略了，而且在一定程度上也被他的同行科学家们忽略了；他在遗传学上的杰出成就甚至使专家们对他的胚胎学研究的重要意义视而不见。在翻阅了他的著作和论文后，特别是采访了他的还在世的朋友、同事；熟人，采访了那些继续他所开创的学科的研究的科学家以后，我们确信摩尔根确实是一代伟人，这里所指的是托马斯·亨特.摩尔根。
托马斯·亨特·摩尔根
《遗传学的先驱摩尔根评传》是夏因和罗伯尔的力作。它把托马斯·亨特·摩尔根一生中作为一个人、美国公民、科学家、教师、合作研究者、行政领导人、丈夫、父亲、朋友等等方面的情况作了翔实的记述。但这本书的意义还远不止于此，因为它还勾画出了本世纪生物科学取得的最重大成就的初期发展史。摩尔根在他五十多年的研究生涯中，不但自己对生物科学的发展作出了杰出的贡献，而且也为后人进一步发展这方面的研究提供了机会。
我和摩尔根相识时，他已六十四、五岁了——对大多数人来说，这是退休养老的年龄，但对于摩尔根，这只是生命新篇章的开始。那时，他已是美国科学界的栋梁；但在很多方面，他同罗林斯·亚当斯·埃默森很相像。我当时刚刚在埃默森教授指导下完成了康奈尔大学博士研究生的学业。摩尔根的研究小组使果蝇成为遗传学界最出名的动物；埃默森和他的同事们正以玉米为材料进行着同样的工作。这两位学者都谦虚、朴实，工作充满热情，富有创见，特别善于鼓励他们的学生和合作者通过自己的研究去推动科学的发展。
我最初来到加州理工学院是在1931年，当时的身分是全国科学研究委员会研究员，后来在这里应聘为讲师，直至1935年。这样，我参加了摩尔根的机构改革试验最初几年的工作。他的综合生物科学各分支的创举，鼓励研究者同那些所学专业与自己不同的生物学家交换意见，而且还鼓励他们同生物化学家协作攻关。当时，这种组织形式在美国几乎是独一无二的。
过后我在其他机构干了一段时间，于1946年（摩尔根逝世后一年）回到加州理工学院，继任他二十年前创建的生物学部主任。那时候，摩尔根的这种组织办法已被证明完全正确，我的任务只是照原样办下去。1961年我离开了加州理工学院，但后来又担任该院理事会成员——总之，我有四十多年或是积极参与、或是奉行摩尔根式的生物学研究活动。
在摩尔根从事科学活动的年代里，不但产生了遗传学这门学科，而且已发展到了必须依靠学科间的合作才能继续前进的阶段。人们认识到DNA（脱氧核糖核酸）是一切高等生物的遗传基础，弄清了DNA的分子结构及其复制方法，在人类认识生物界过程中发动了一场真正的革命。现在，生物学家、生物化学家、医学家，甚至其它领域的知识分子，无不了解这场革命的深远意义。
摩尔根从人材培养和机构建设两方面推动了这场革命。迄今为止，曾在他组建的这个部工作过的生物学研究人员中，有七人获得诺贝尔奖。美国科学院院士中有十一人是生物学教授。此外，有两名院士虽然属于化学部，但从事的是生物化学的研究。
生物学部目前的主任是罗伯特·L.辛施梅尔。在他领导下，基础行为科学大大加强和发展了。生物学部的诺曼·H.霍洛威茨等人正在同加州理工学院所属的由政府资助的喷气推进实验室合作，探索太阳系各行星上现在或过去存在生命的可能性。当这篇序正在着笔的时候，他们正着重对火星进行研究。
在世界科学的广阔领域中，生物学的革命还在持续高速发展。例如，我刚刚得到美国科学院著名刊物《全国科学院学报》1976年6月号上的科学论文统计数字。这一期的85篇论文中，76篇涉及基础生物学或医学生物学，其中46篇是研讨遗传学的论文。
托马斯·亨特·摩尔根确实留下了一笔伟大的科学遗产，我们对于这份遗产的深远意义还没有足够的估计。
乔治·w.比德尔
前言
一百年前并不存在遗传学这门学科。人们不但不知道基因和染色体，而且也不了解精子和卵子在受精过程中的确切作用。人类基本上还没有摆脱陈旧的观念，认为鳄鱼是尼罗河的淤泥中自发产生的，虫子产生于马的鬃毛，细菌来源于垃圾。就连做了许多工作来驳斥物种特创说的查尔斯·达尔文，对遗传的机理也不甚了了。
现代遗传学创始于1900年，后逐渐发展成一门独立的学科，并以日益增长的信心开始揭示自然界的秘密。弄清了遗传的机制，发现了基因自我复制和合成蛋自质的方法，最后，连基因本身的具体构造也被揭示出来了。人类的兄弟关系甚至所有生物体的关系都被证实。
诺贝尔医学奖中因遗传学上的发现获奖的数目按几何级数上升，这一事实标志着这门学科的新地位：它是今后整个生物学的基石，是一切受过教育的人不可缺少的语言，就像一百年前的拉丁语一样。不过，遗传学虽然绚丽夺目，但目前基本上还没有充分发挥其实效——尽管高产、抗病的作物品种已十分常见，不久前还是引起死胎和婴儿脑缺损的主因的罗猴血型不亲和症已经大部消失。
遗传学界第一个诺贝尔奖金获得者托马斯·亨特·摩尔根生长在一个著名的肯塔基世家。他在当地的几所学校，包括以后发展成为肯塔基州立大学的学校接受了基础教育。不过，虽然有这些纽带把他同肯塔基州联在一起，虽然他是获诺贝尔奖的唯一的肯塔基人，但是与肯塔基的其他名人相比，托马斯·亨特·摩尔根终归是他的同乡父老们最不熟悉的一个。
摩尔根自离开肯塔基以后就很少回去。最初是因为工作繁忙，他乐得让家里的人去看望他，而不愿自己回家探亲，因为那样就要多花时间。后来，多数亲属都过世了，他自己也出了名，邀请他回去通常是把他当作贵客款待，但碰到这种场合他又很腼腆。如果肯塔基人对于他1936年谢绝回去参加预定为他七十寿辰举行的庆祝活动而生气的话，他们只要回想三年前他同样谢绝了出席在斯德哥尔摩举行的诺贝尔奖授奖仪式就行了。道理是一样的：这样他才可以避免听各种赞颂他的演说，可以坚持他正在进行的研究。摩尔根是个内向的人，不大向人谈起他本人的生活和感情。但肯塔基人还为另一成见所囿。谁要提及科学家托马斯.亨特·摩尔根，势必要想起他已故的伯父约翰·亨特·摩尔根——南北战争时的飞将军，外号人称“南军雷神”。本地人对这位伯父的偏袒是显而易见的，甚至在1975年，当肯塔基州立大学新建的生物学大楼落成时，以肯塔基最著名的生物学家的名字命名本是顺理成章的事；但一位电视播音员却高兴地宣布，这座大楼是以列克星敦名人约翰·亨特.摩尔根的名字命名的。
摩尔根在肯塔基的生活中养成了对大自然的热爱。他整个一生都在研究生物。就像他总是力图表白的那样，他基本上是个动物学家，长期以来，他的兴趣在于解释卵子演化为成体的奥秘。他从不相信奇迹，只不过把卵子看作一台上紧了发条的机器，而力图拆开其中的零件，探出个究竟。他这样做了，于是获得了诺贝尔奖。
在这本薄薄的书里，我们介绍了他被人忽略了的一面——不但被他的肯塔基同乡们忽略了，而且在一定程度上也被他的同行科学家们忽略了；他在遗传学上的杰出成就甚至使专家们对他的胚胎学研究的重要意义视而不见。在翻阅了他的著作和论文后，特别是采访了他的还在世的朋友、同事；熟人，采访了那些继续他所开创的学科的研究的科学家以后，我们确信摩尔根确实是一代伟人，这里所指的是托马斯·亨特.摩尔根。
亲友好相处，不受外人侮。
奥格登·纳什
摩尔根去世后，……我曾有机会到过他出生的地方，参观
过他世代相传的老家，觉得很有意思。他早年的生活环境很
能说明他为什么成为那样的人物。
朱利安·赫胥黎
1933年，托马斯·亨特·摩尔根正处在一生的鼎盛时期，奖章和荣誉接踵而来。正是在这一年，由于他对遗传的染色体理论的贡献被授予诺贝尔“医学或生理学奖”。他和他的同事们在哥伦比亚的“蝇室”里为一门新的科学——遗传学奠定了基础，从而给现代生物学带来了革命。
摩尔根一贯把那些荣誉证书胡乱塞在书桌抽屉里，让精心制作的奖状掉在写字台后面，对于这次最新的荣誉，他同样不当回事。加利福尼亚理工学院（1928年他转到这一学院去组建和领导一个新的生物学部）的同事看到记者到摩尔根的实验室来采访，才得知他获得了诺贝尔奖。而他家里的人只是从报纸上才看到他得奖这条消息。当时报上登着他的一张照片，是他同意新闻记者拍摄的唯一的一张——他随便拉着几个在附近看热闹的孩子一起照的。摩尔根甚至连在斯德哥尔摩举行的正式授奖仪式也没参加，尽管加州理工学院理事会给了他一箱禁用的咸士忌，以便他能为这一庆典事先进行练习。他告诉诺贝尔奖金委员会他下一年再去，趁斯堪的纳维亚之行顺便看看老朋友，同时也要为他的生物学部物色儿个工作人员。
1934年4月，摩尔根偕同夫人，带上他们四个成年孩子中最小的一个，乘火车到东海岸，再搭“庄严”号轮赴欧洲。在纽约他们在沃伦·韦弗博士家住了一夜。沃伦，韦弗回忆那晚的情景：这位现代遗传学之父身上穿着一件不大像样的轻便大衣出现在他家门口，一个衣袋里塞着一包用报纸裹着的梳子、剃胡刀、牙刷，另一个衣袋里塞着一双袜子，也是用报纸包着的。面对着满面惊讶的韦弗太太，摩尔根问道：“还有什么其他需要带的吗？”当时摩尔根博士六十六岁，黑发开始灰白了，但总的说来还是深色。他身高六英尺，走起路来身子挺得直直的，两只眼睛炯炯有神，看上去气色蛮好——他一直是那样，因为他几乎从来没生过病（只得过胃溃疡，这使他十一年后离开人世）。同时，他出来是为了快活一阵——像他以往一样，一旦摆脱了工作就要轻松一下。
韦弗夫妇拿出了一瓶专为他留下的白兰地。摩尔根感激地像抱小孩一样把酒瓶抱在怀里，说这天喝白兰地酒是再恰当不过了。韦弗夫妇问他：“你不是说你是1865年出生的么？”
他回答说不是，他出生于1866年，但他这条生命是1865年开始的。对于一位遗传学家，1865年开始孕育是个好兆头。正是这一年，孟德尔提出了遗传的基本定律。孟德尔的豌豆实验报告是在摩尔根出生这年发表的，但很快就被遗忘了，直到1900年，生物学家们才重新发现他的报告，当时摩尔根已是布林莫尔学院的生物学教授了。
1865年对摩尔根之所以很重要，还有另一层原因。这年是美国南北战争的最后一年，而摩尔根一家有许多人卷入了这场内战。一些认识摩尔根本人或曾与摩尔根详谈过的人都说他家是贵族世家，祖辈曾是英国查理一世时代的保皇党。这既显赫非常，又十分遥远，所以摩尔根对于这段往事并不感到不自在。摩尔根有一次报到他自己时说他有相当多的威尔士血统，足以改变这“该死的盎格鲁-撒克逊出身”。但每逢回到肯塔基老家，一说起他那一家人，人们多半是一针见血地认为，摩尔根这一族人首先应由他的伯父作为代表。
比如，1936年托马斯·亨特·摩尔根七十寿辰时，肯塔基大学决定为它的校友搞一番庆祝活动，因为直到1976年他仍是当时唯一荣获诺贝尔奖金的肯塔基人。他写了22本书，发表了大约370篇论文，世界各地的生物学家远涉重洋来参观他的实验室，像爱因斯坦这样的大科学家也同他一起进餐，他是名副其实的现代遗传学之父。然而，1936年9月25日《列克星敦先驱论坛报》的大字标题却写着：“为南军雷神的侄子摩尔根博士举办的庆祝会将在今日举行”。因为，只有这样的题目才适合多数人的胃口。
“南军雷神”指的是陆军准将约翰·亨特·摩尔根。也有的人叫他“马贼头子”，这就看说话人在内战中站在哪一边了。约翰容貌英俊，举止豪爽，骁勇好战，有时有些鲁莽。他对肯塔基州发动过多次袭击，这是南部邦联部队在这个州最重要的军事行动，也是最富戏剧性的行动。当时，肯塔基是联邦的一个法定州，但许多肯塔基人，特别是较为富裕的布卢格拉斯地区的居民心里同情南部邦联。战后，整个州坚决地转向南方，约翰·亨特·摩尔根成了最富传奇色彩的人物之一。他带领忠实的士卒抵御占优势的敌人，他从俄亥俄联邦监狱逃走，穿过北方军队控制的地区，回到他的部队。他跨着一匹烈马风驰电掣般冲进他家前门，吻别了慈爱的母亲，在北军赶到之前几分钟又旋风般地冲出后门。
摩尔根将军在托马斯·亨特·摩尔根出生前两年战死了，但他的英名却仍然活在许多人心里。为了达到这一目的，汤姆的父亲查尔顿起的作用比谁都大。
肯塔基的摩尔根家族发端于1795年。是年，托马斯·亨特·摩尔根的外曾祖父约翰·韦斯利·亨特从新泽西州的特伦顿迁至列克星敦。他在那里开设了一个小店，改善了交通，进而发家致富，创下了一份价值百万美元的家业，成了肯塔基中部的首富。1814年，他修建了一幢豪华的邪宅，取名霍普蒙特。汤姆就出生在这幢房子里。这座建筑物至今还保留着，座落在列克星敦城第二大街和米尔街相交的街口，作为一个纪念馆，有所侧重地同时纪念武将摩尔根和科学家摩尔根。
约翰·韦斯利·亨特的女儿亨里埃塔嫁给了亚拉巴马州亨茨维尔的商人卡尔文·C.摩尔根。由于她的意愿，加上父亲商务上的需要，她终于说服丈夫迁回布卢格拉斯。摩尔根夫妇俩住在当时的小城列克星敦市郊德茨克里克路附近的一个大农场，也就是现今的蒙塔博路对面。他们一共生下六个儿子和两个女儿（还有一个女儿夭折了），一家大小过着一种独特的南方破落贵族式的生活。没有现款可供花销，生活以及孩子的教育费用都仰仗上辈的遗产。按1849年老亨特死后不久宣读的遗嘱，他把霍普蒙特这幢邸宅留给亨里埃塔，从而确立了摩尔根一家在列克星敦应有的社会地位。
汤姆的父亲查尔顿·亨特·摩尔根是第四个儿子，比老大约翰·亨特小十五岁。查尔顿长得眉清目秀，思维敏捷，雄心勃勃。他二十岁时毕业于特兰西瓦尼亚大学。这所学校离他家霍普蒙特只有几分钟路程，他的几个兄弟都从事大麻业和经商，很是兴旺；但他毕业后并未参加兄长们的行业，而是当了美国驻墨西拿领事。1859年，他到达西西里时刚碰上革命爆发，他毫不犹豫地站到民族主义者一边，成了第一个承认加里波迪政府的领事，而且，带着美国领事的头衔，却以加里波迪的副官身份参战，还负过伤。
西西里革命战争结束，美国内战遂起。查尔顿回到故乡，在约翰·亨特·摩尔根的骑兵团当一名上尉。在1862和1863年的征战中，他多半在约翰尼的鞍前马后。他受过一次伤，被俘三次。每次都等到有同等军阶的北军战俘作交换时才被放回。
摩尔根几兄弟都随约翰东征西讨，但除将军本人外，只有一人战死，这就是十九岁的托马斯·亨特·摩尔根。他第一个参加南军，打起仗来很是莽撞，好像置身险境而其乐无穷。他被敌方俘获，囚禁起来，又作为战俘交换，但一经交换，他又赶忙回去投入战斗。1863年7月，在肯塔基州莱巴嫩的一次小规模战斗中，由于托马斯行动鲁莽，约翰命令他撤离战场。但等到冲锋号吹响，托马斯·亨特·摩尔根少尉就向前冲去，胸部中弹，心脏被打穿。查尔顿在战场上写信给母亲，说：“汤姆的死，使我觉得我今后的幸福全被毁了。我爱他胜过其他兄弟。”
同月晚些时候，在一场力不从心的袭击中，约翰.亨特.摩尔根连同几百名部下被活捉，押解至俄亥俄州。摩尔根几兄弟，包括查尔顿在内，被剃去须发，囚禁在哥伦布城的俄亥俄州监狱。约翰·摩尔根在他兄弟们和其他军官们的策划下越狱逃跑，这段往事是未来的遗传学家童年时代常常听到的故事之一，过后又讲述给他的孩子们听。不过，讲这故事的不是汤姆·亨特·摩尔根本人，而是他的母亲和妹妹。这是一场惊心动魄的脱逃壮举：首先偷偷挖了一条地道，然后以迅雷不及掩耳之势从警犬和残暴的狱卒中冲过，爬火车，骑烈马，历经种种危险，穿过北军的占领区，最后回到了自己的队伍。
约翰·亨特屡败屡战，又重新组织袭击。他从来就不是一个优秀的战略家，现在好像再也无法约束自己的部下。比如，据说有一起银行抢劫案，就牵连到他的袭击队员。与此同时，查尔顿和其他兄弟们仍身陷囹圄，由于参与了越狱行动，受到严密监视。他们苦闷无比，查尔顿尤甚。他们的母亲天天都给他们写信，但信件要经过严格检查，不能及时送到他们手中。查尔顿不断给住在巴尔的摩的三表妹埃伦·基·霍华德小姐写信，写得越来越钟情，越来越炽烈。
1864年3月，他被俘快满一年，查尔顿被转移到特拉华堡，那是一个正规的军事监狱。约翰·亨特·摩尔根1864年9月4日在田纳西州格林维尔战死的消息传来时，他仍是一个战俘。一直到翌年2月，也就是他被囚近两年时，查尔顿才获释。那时，他妹夫巴兹尔·杜克继约翰任司令，驻军弗吉尼亚，当查尔顿赶到弗吉尼亚时，南军统帅李将军已在阿波马托克斯向北军投降。于是大家只好各自回家。
1865年12月7比查尔顿同埃伦·基·霍华德（家里人叫她内利)在巴尔的摩的以马内利圣公会教堂举行婚礼，当地几百名社会名流出席了结婚仪式。埃伦·基·霍华德是《星条旗歌》作者弗朗西斯·斯科特.基的外孙女；她祖父约翰.伊格.霍华德是美国独立战争中的英雄，1788-1791年任马里兰州州长。人们谈到埃伦，常说她“像报春花一样美丽”。更为重要的是，她是南方忠贞不渝的女儿。她对查尔顿的爱情，由于他为南军遭受了牺牲而更加深挚。他们共同的忠于南方的信念一直是维系他们婚姻的重要纽带。新婚夫妇回到霍普蒙特。由于战争中帮助南军的人曾被剥夺公民权和财产权，列克星敦摩尔根家族的家业开始败落。肯塔基大麻业萧条，而摩尔根兄弟没有及时转向经营烟草。约翰.亨特.摩尔根死后，由老二卡尔文主持留下来的大麻经销公司。一大家人挤在摩尔根老太太这幢邸宅里：卡尔文的妻子、卡尔文的岳母（从弗吉尼亚久经战乱的城市里士满来的难民）、理查德.柯德（他母亲的专职保镖，在她死后很久才结婚）、弗爵西斯·基（被这一家宠坏了的孩子，退役军人，二十岁时还蹲过北军的牢房）——现在又加上查尔顿和内利。他们到达列克星敦时，内利已有身孕。
这孩子1866年9月25日出生在霍普蒙特。查尔顿只希望孩子长大成人能够“勇敢而高尚，不致辱没了他的名字”。他在给约翰·亨特·摩尔根的遗孀的信中说，他“本来想用大伯的名字给孩子取名为约翰，但又想到将军的英名将会百世留芳，而汤姆牺牲时：地位卑微，史书上不会有他的位置，所以给孩子取名为托马斯。”
就这样，在这个人口众多、富有传奇色彩的大邸宅里，未来的科学家、诺贝尔奖获得者托马斯·亨特·摩尔根出世了。他最初几岁就是在这里度过的。这时，他的祖母给查尔顿、内利和这个孩子准备了一份小礼物：在紧靠霍普蒙特后面的百老汇街上（现在的北百老汇街210号）建一座房子。房屋的修建由查尔顿监管，他妈妈出钱并保留所有权。汤姆四岁时，妈妈生了个小弟弟，取名查尔顿；七岁时又添了个小妹妹，埃伦，基·霍华德·摩尔根。于是，一家满员了。摩尔根一家每年夏天必定去马里兰州霍华德家探亲。由于查尔顿拼死拼活想要在华盛顿谋个职务，平时也经常在霍华德家进进出出。双方都是值得骄做的家族，尽管他们的大部分财产早已损失殆尽，但仍保持着南方贵族的习惯和风度。女人们笃信宗教，至少是忠于各自的圣公会——摩尔根家的女人是列克星敦的基督会的忠实信徒，霍华德家的女人忠于巴尔的摩的以马内利圣公会。顺便谈一段轶事，小汤姆的叔叔，勇敢得近乎鲁莽的托马斯.亨特。摩尔根生前去参加一个浸礼会，教堂却根据记录本说他家里没有一个人是基督徒。但这一定只代表他们对圣公会的看法，而不表示他们对摩尔根一家有成见。
查尔顿和内利把大部分精力花在事业上，但结果总不成功。查尔顿不论如何卖劲，如何运用家族的影响，他在宦途上还是越来越不走运，于是他用越来越多的时间同老战友通信，协助组织摩尔根袭击队员重聚联欢。成百上千的老兵参加了这类活动，甚至到2O世纪还继续进行。第一次联欢时，汤姆·摩尔根才一岁半，这次是把约翰·亨特·摩尔根将军和托马斯·亨特·摩尔根少尉的遗体从原来安葬的地方迁回列克星敦。在汤姆上大学二年级那年还有一次戏剧性的仪式。以查尔顿为主要组织者的几百名原南军将士骑着大马浩洁荡荡列队进城安营扎寨。将军唯一活着的孩子，一个名叫约翰尼的遗腹女儿（当时十九岁）检阅了他们的队伍，并被授予以他父亲的名义赠送的礼物。第三次为他大伯父举行的纪念活动（也是他父亲组织的最后一次）汤姆没回家。当时他已四十几岁，正开始从事导致他获诺贝尔奖的研究工作。，正值当侄子的在纽约一个实验室拿着柄放大镜观察果蝇的时候，列克星敦大多数居民都涌上街头去观看南军雷神骑着战马的大型塑像的揭幕典礼。这一尊塑像至今仍然屹立在梅因大街上法院的门前。
在汤姆的童年和少年时期，约翰·亨特·摩尔根的名字不断在他耳边回响。他午后放学回家时，经常碰见一个老兵在门口等着要见查尔顿上尉和内利小姐。他们两人都极乐意帮助从前甫军的将士和他们的家属。不但有由政府出资举办的纪念他怕父的活动，出版歌颂他伯父的歌曲和书籍，而且，那数以千计的自称曾经一度同摩尔根一道驰骋疆场的人中，不论谁有什么周年纪念日或去世，总又会有新的回忆录和故事出版，记述摩尔根袭击队员的功勋。后来，摩尔根的部下所剩不多了，那么，即使是自称曾给摩尔根的战马钉过蹄铁的人去世也够条件。摩尔根究竟是南军真正的英雄，还是北军的手下败将，或者简直是个无赖——这一笔长期纠缠不清的细帐，就渐渐无人争辩了。当然，摩尔根家族对此是十分敏感的。
然而，尽管他父母是那么看重这一段往事，托马斯·亨特·摩尔根一经开始了自己的工作，就没为此占用一点时间。甚至在年纪还小的时候，他就觉得这类事没有多大意义。他很小就有了自己的兴趣和爱好，不管是摩尔根这一家或是霍华德那一家，谁都不像他。他无论在哪里，样子总是不振作，大家觉得他有点像个书呆子。他有一个捕蝴蝶的网。他还组织列克星敦的伙伴和巴尔的摩的表兄弟去列克星敦郊外或霍华德家在马里兰州奥克兰的夏季别墅附近的山里去采集标本。他的技术欠佳。有一次，正当他和堂兄约翰·亨特·摩尔根动手解剖一只猫时，这家伙一下子苏醒过来，怒吼着跳下桌子逃跑了。汤姆十岁那年，他分得了百老汇街那幢房屋顶楼上的两间屋子。他自己动手油漆墙壁，贴上糊墙纸，在里面摆上他收集的标本，有剥制过的鸟，有鸟蛋、蝴蝶、化石、矿石，还有从野外捡来的各种各样的东西。这两间屋子属他专有，家里的人谁都不去动里面的东西。听说，在摩尔根家三个孩子中的最小的一个（汤姆的妹妹内利）1956年去世时，这些东西仍然完好无损。内利一生一直住在这幢房屋里。亨特、摩尔根、基、霍华德四个家系常自诩出过富商，出过外交官，出过律师，出过军人，但在他们精心保存的族谱中却没有一个科学家。用今天的遗传学术语来说（摩尔根同其他人一道创造了这个词儿），他也许是个“突变”。
1880年，汤姆满十四岁后一星期，被录取进了设在列克星敦的新建的肯塔基州立学院预科学习。当时肯塔基州布卢格拉斯地厦正进行教育体制改革，院系调整频繁，这所学校的兴建是一系列重组、合并、分立的一项最新措施。虽然这个学院后来站稳了脚跟，井进一步发展成现在的肯塔基大学，但汤姆入学时，正是它最混乱的岁月。
当这所学院两年前从肯塔基大学中分出来时，失去了它所有的财产和校舍。1880年，234名学生和17名教职员大部分挤在一幢临时租用的座落在现今伍德兰公园的楼里。从地下室到顶楼，每间屋都住满了人。离城四分之三英里的地方，从共济会手中又租来了三间房，商业系、化学系和教育系设在其中。列克星敦把过去集市那块地皮捐赠给学院，正在修一幢行政大楼，但两年后汤姆进入大学本科一年级时，校舍仍然极为紧缺。
学校只收男生。他们这伙人行为粗鲁，常常吵吵闹闹，使当地的市民和爱看报的公众既喜欢，又讨厌。学校生活制度极严，所有的学生，包括摩尔根在内，全是军官候补生，必须穿价值二十美元一套的军装（学费才十五美元），每天军训一小时，每星期五天。五点半起床号响了，这是一天的开始，晚上十点的熄灯号才结束一天的活动。白天，军号声把学生赶进课堂、教堂、自习室和饭厅。除此之外，校方还精心制定了189条校规，而且授予教职员一项权利（实则为义务），再多想出几条。全体学生每个星期天至少必须作一次礼拜。学生不得携带枪支或猎刀（不过很多学生不理会这上条）。除了教科书以外，学生必须要有校长特许才能把其它书籍或报纸带进校舍，难怪摩尔根被记过几次过，主要是因为作礼拜迟到，或是在教室和大厅里不守秩序。
理科课程开设不多。普通生（以别于商科生和师范生）可以在经典学科和理科间自行选择。摩尔根选了后者。理科学生主修课程有数学、物理与天文、化学、农业与园艺、兽医学、历史与政治经济学、心理与伦理学、拉丁文（另加法文或德文）、应用力学、英文、工程学、庭园设计与美化，等等。
但对于摩尔根，所有课程的核心部分是贯通四年的博物学，授课教师是A.R．克兰德尔教授。他身材细长，下巴上蓄着一撮尖尖的胡须，原来一直搞联邦的地质调查工作，现在一面在肯塔基讲授博物学全部课程和另外许多门理科的课程，一面完成他的博士论文。他是一个极为出色的博物学家。汤姆喜欢他，后来曾说过他从未见过比克兰德尔“更好的人或更出色的教师”。像美国大多数大学一样，当时的博物学主要是指系统植物学，特别侧重于比较和分类，动物学也基本如此，只是更简略一些，在博物学这一范围内还包括一门保健和人体生理学，也讲一点地质学和地理学，主要是因为这些课程与煤矿有关。当时肯塔基已开始筹建农业试验站，所以也特别重视农业方面的课程：栽培与繁殖，生长的规律，森林与农业的关系等。
由于克兰德尔的影响，汤姆每年暑假都参加马里兰州和肯塔基州的联邦地质调查。野外找矿的工作又热又脏，接下来是单调乏味的化学分析。他明确了自己不是当地质工作者的材料。这段经历为今后的生活提供了很好的借鉴，他用优美的肯塔基文体写道：十六岁的一年级大学生摩尔根走进深山里的一家乡村小店，站在一个大肚小火炉面前，满腹猜疑的山民们目不转睛地打量着他。其中一人发现他佩带着一枚胸章，于是大伙儿就议论开了。就他们所知，佩有政府胸章的必是税务官无疑，而税务官又总是爱撒谎说他们从老远跑到深山里来只是为了寻找煤炭这种不值钱的东西。汤姆请在座的一位拉小提琴的人吹起水手的号角，他自己跳起复杂的快步舞，这样才打破了紧张局面，说明他确非税务官员，位店里的气氛由敌对转为友好。“凡是克兰德尔没教的理科课程，汤姆都是在罗伯特·彼得博士门下学的。他是原来的特兰西瓦尼亚大学医疗系前系主任。这个年事已高的博士是个非凡的人物——他是医生、历史学家、出色的植物学家，又是肯塔基州地质调查最早的组织者，是俄亥俄河流域的科学先驱。然而，这一切毕竟已是好久以前的事了。
摩尔根后来常常宽厚地提起肯塔基州立学院。他承认当时的条件的确简陋，但“为我们打下了坚实的基础”，“聘用的教师之出色令人惊叹”。但摩尔根在校的那几年里，这批出色的教师们的观点却有很大分歧。彼得博士反对任用另一名教师以加强薄弱的化学、动物学、植物学和兽医学等课程。学院院长詹姆斯·帕特森却认为彼得博士没跟上化学的发展，在课堂上讲的都是五十年前的旧货。他甚至在公开的场合说出这种看法。他说，事情还不只如此，彼得博士已半聋半瞎，无法控制学生，以至课堂上总是乱作一团。这场争执是摩尔根在校时发生的，1887年他毕业之前才算了结。结果彼得以晋升“荣誉教授”为名受到排斥。他可以保住自己的实验室，但不得再上讲台。
汤姆毕业后第二年，克兰德尔教授泄露了他对该校理科教学的安排是否成功所抱的怀疑。不幸的是他说这种知心话找错了对象，这位朋友是报社的记者，邻近一个小镇温切斯特一家报纸报道说学校管理不善，理学系尤其糟糕。1889-1890年度州立法机构开会调查，克兰德尔和帕特森在会上互相攻击，语言尖刻。克兰德尔坚持说帕特森院长完全忽视了理科，而帕特森反驳说他井没有忽视，只有克兰德尔这种“半瓶醋的新英格兰佬”才会提出这样的责难。帕特森虽然勉强承认了克兰德尔在教学上有一些优点，但总的来说，他觉得理学系要是没有克兰德尔反倒会办得更好些。
除了开设课程门类不多以及理科教员与学院行政领导之间的摩擦外，摩尔根在大学里还有他自身的难题。作为南军雷神的亲侄子，如果碰到的老师和同学是同情南军的，这当然是好事；如果他们不是南军的同情者，事情就不好办。就拿汤姆的法文老师来说吧，他在北军里当过兵，曾在摩尔根袭击队的逼迫下骑着骡子从辛辛那提后退了九十英里路到列克星敦。据说，由于怀着对汤姆伯父的宿怨，他差点给汤姆打个不及格。
对于约翰·亨特·摩尔根，彼得博士也有一些不愉快的回忆。约翰曾在特兰西瓦尼亚大学念书，当时彼得是那儿的教员。约翰·亨特精力过于旺盛，喜欢冒险，无法再读下去。但这个退学生对于自己从前的老师总是十分尊敬。可惜内战开始后彼得成了一名坚定的联邦主义者，挥起军刀对南军袭击队毫不留情。又由于彼得博士是列克星敦联邦军医院的外科主治大夫，每次南军临时攻占了这个城市的时候，摩尔根将军就认为必须把彼得博士拘留起来。不过，彼得博士还是喜欢汤姆，他是他儿子的好朋友。有一回，他让两个孩子一起做甜菜选种实验——当时这被看作属于化学或栽培研究，现在应归入遗传学的范围。
托马斯·亨特·摩尔根获得了肯塔基州立学院1886年授予的唯一的理学士学位。教员们以五票赞成、四票反对选定他为毕业生代表，在毕业典礼上致告别词。威廉·普鲁伊特获得另外四票，也在台上宣读致敬信。罗伯特·普鲁伊特也是1886届毕业生。
一个获得理学士学位的人能在列克星敦做什么？摩尔根心中无数。他有一次说，他之所以进入研究生院是因为不愿经商，但又不知道另外有什么事可干。在另一场合他又说，他之所以到约翰斯·霍普金斯大学是因为有位原肯塔基州立学院的理科学生约瑟夫·卡斯尔两年前到了霍普金斯。加之，巴尔的摩是他母亲的老家，霍华德一家（包括他母亲在内）当然觉得在巴尔的摩找所学校读书是很合适的。“但那时我的确不太明白，”摩尔根接着说，“他们对于在他们中间正出现一所了不起的大学几乎一无所知。我觉得，对于那座欢乐的城市中绝大多数旧式家庭，这是很有代表性的。”不过这也无关紧要。无论摩尔根当时已基本上意识到这点，或纯粹是由于幸运，霍普金斯大学对于一个学生物学的学生的确是个再好不过的地方。_
奥格登·纳什
摩尔根去世后，……我曾有机会到过他出生的地方，参观
过他世代相传的老家，觉得很有意思。他早年的生活环境很
能说明他为什么成为那样的人物。
朱利安·赫胥黎
1933年，托马斯·亨特·摩尔根正处在一生的鼎盛时期，奖章和荣誉接踵而来。正是在这一年，由于他对遗传的染色体理论的贡献被授予诺贝尔“医学或生理学奖”。他和他的同事们在哥伦比亚的“蝇室”里为一门新的科学——遗传学奠定了基础，从而给现代生物学带来了革命。
摩尔根一贯把那些荣誉证书胡乱塞在书桌抽屉里，让精心制作的奖状掉在写字台后面，对于这次最新的荣誉，他同样不当回事。加利福尼亚理工学院（1928年他转到这一学院去组建和领导一个新的生物学部）的同事看到记者到摩尔根的实验室来采访，才得知他获得了诺贝尔奖。而他家里的人只是从报纸上才看到他得奖这条消息。当时报上登着他的一张照片，是他同意新闻记者拍摄的唯一的一张——他随便拉着几个在附近看热闹的孩子一起照的。摩尔根甚至连在斯德哥尔摩举行的正式授奖仪式也没参加，尽管加州理工学院理事会给了他一箱禁用的咸士忌，以便他能为这一庆典事先进行练习。他告诉诺贝尔奖金委员会他下一年再去，趁斯堪的纳维亚之行顺便看看老朋友，同时也要为他的生物学部物色儿个工作人员。
1934年4月，摩尔根偕同夫人，带上他们四个成年孩子中最小的一个，乘火车到东海岸，再搭“庄严”号轮赴欧洲。在纽约他们在沃伦·韦弗博士家住了一夜。沃伦，韦弗回忆那晚的情景：这位现代遗传学之父身上穿着一件不大像样的轻便大衣出现在他家门口，一个衣袋里塞着一包用报纸裹着的梳子、剃胡刀、牙刷，另一个衣袋里塞着一双袜子，也是用报纸包着的。面对着满面惊讶的韦弗太太，摩尔根问道：“还有什么其他需要带的吗？”当时摩尔根博士六十六岁，黑发开始灰白了，但总的说来还是深色。他身高六英尺，走起路来身子挺得直直的，两只眼睛炯炯有神，看上去气色蛮好——他一直是那样，因为他几乎从来没生过病（只得过胃溃疡，这使他十一年后离开人世）。同时，他出来是为了快活一阵——像他以往一样，一旦摆脱了工作就要轻松一下。
韦弗夫妇拿出了一瓶专为他留下的白兰地。摩尔根感激地像抱小孩一样把酒瓶抱在怀里，说这天喝白兰地酒是再恰当不过了。韦弗夫妇问他：“你不是说你是1865年出生的么？”
他回答说不是，他出生于1866年，但他这条生命是1865年开始的。对于一位遗传学家，1865年开始孕育是个好兆头。正是这一年，孟德尔提出了遗传的基本定律。孟德尔的豌豆实验报告是在摩尔根出生这年发表的，但很快就被遗忘了，直到1900年，生物学家们才重新发现他的报告，当时摩尔根已是布林莫尔学院的生物学教授了。
1865年对摩尔根之所以很重要，还有另一层原因。这年是美国南北战争的最后一年，而摩尔根一家有许多人卷入了这场内战。一些认识摩尔根本人或曾与摩尔根详谈过的人都说他家是贵族世家，祖辈曾是英国查理一世时代的保皇党。这既显赫非常，又十分遥远，所以摩尔根对于这段往事并不感到不自在。摩尔根有一次报到他自己时说他有相当多的威尔士血统，足以改变这“该死的盎格鲁-撒克逊出身”。但每逢回到肯塔基老家，一说起他那一家人，人们多半是一针见血地认为，摩尔根这一族人首先应由他的伯父作为代表。
比如，1936年托马斯·亨特·摩尔根七十寿辰时，肯塔基大学决定为它的校友搞一番庆祝活动，因为直到1976年他仍是当时唯一荣获诺贝尔奖金的肯塔基人。他写了22本书，发表了大约370篇论文，世界各地的生物学家远涉重洋来参观他的实验室，像爱因斯坦这样的大科学家也同他一起进餐，他是名副其实的现代遗传学之父。然而，1936年9月25日《列克星敦先驱论坛报》的大字标题却写着：“为南军雷神的侄子摩尔根博士举办的庆祝会将在今日举行”。因为，只有这样的题目才适合多数人的胃口。
“南军雷神”指的是陆军准将约翰·亨特·摩尔根。也有的人叫他“马贼头子”，这就看说话人在内战中站在哪一边了。约翰容貌英俊，举止豪爽，骁勇好战，有时有些鲁莽。他对肯塔基州发动过多次袭击，这是南部邦联部队在这个州最重要的军事行动，也是最富戏剧性的行动。当时，肯塔基是联邦的一个法定州，但许多肯塔基人，特别是较为富裕的布卢格拉斯地区的居民心里同情南部邦联。战后，整个州坚决地转向南方，约翰·亨特·摩尔根成了最富传奇色彩的人物之一。他带领忠实的士卒抵御占优势的敌人，他从俄亥俄联邦监狱逃走，穿过北方军队控制的地区，回到他的部队。他跨着一匹烈马风驰电掣般冲进他家前门，吻别了慈爱的母亲，在北军赶到之前几分钟又旋风般地冲出后门。
摩尔根将军在托马斯·亨特·摩尔根出生前两年战死了，但他的英名却仍然活在许多人心里。为了达到这一目的，汤姆的父亲查尔顿起的作用比谁都大。
肯塔基的摩尔根家族发端于1795年。是年，托马斯·亨特·摩尔根的外曾祖父约翰·韦斯利·亨特从新泽西州的特伦顿迁至列克星敦。他在那里开设了一个小店，改善了交通，进而发家致富，创下了一份价值百万美元的家业，成了肯塔基中部的首富。1814年，他修建了一幢豪华的邪宅，取名霍普蒙特。汤姆就出生在这幢房子里。这座建筑物至今还保留着，座落在列克星敦城第二大街和米尔街相交的街口，作为一个纪念馆，有所侧重地同时纪念武将摩尔根和科学家摩尔根。
约翰·韦斯利·亨特的女儿亨里埃塔嫁给了亚拉巴马州亨茨维尔的商人卡尔文·C.摩尔根。由于她的意愿，加上父亲商务上的需要，她终于说服丈夫迁回布卢格拉斯。摩尔根夫妇俩住在当时的小城列克星敦市郊德茨克里克路附近的一个大农场，也就是现今的蒙塔博路对面。他们一共生下六个儿子和两个女儿（还有一个女儿夭折了），一家大小过着一种独特的南方破落贵族式的生活。没有现款可供花销，生活以及孩子的教育费用都仰仗上辈的遗产。按1849年老亨特死后不久宣读的遗嘱，他把霍普蒙特这幢邸宅留给亨里埃塔，从而确立了摩尔根一家在列克星敦应有的社会地位。
汤姆的父亲查尔顿·亨特·摩尔根是第四个儿子，比老大约翰·亨特小十五岁。查尔顿长得眉清目秀，思维敏捷，雄心勃勃。他二十岁时毕业于特兰西瓦尼亚大学。这所学校离他家霍普蒙特只有几分钟路程，他的几个兄弟都从事大麻业和经商，很是兴旺；但他毕业后并未参加兄长们的行业，而是当了美国驻墨西拿领事。1859年，他到达西西里时刚碰上革命爆发，他毫不犹豫地站到民族主义者一边，成了第一个承认加里波迪政府的领事，而且，带着美国领事的头衔，却以加里波迪的副官身份参战，还负过伤。
西西里革命战争结束，美国内战遂起。查尔顿回到故乡，在约翰·亨特·摩尔根的骑兵团当一名上尉。在1862和1863年的征战中，他多半在约翰尼的鞍前马后。他受过一次伤，被俘三次。每次都等到有同等军阶的北军战俘作交换时才被放回。
摩尔根几兄弟都随约翰东征西讨，但除将军本人外，只有一人战死，这就是十九岁的托马斯·亨特·摩尔根。他第一个参加南军，打起仗来很是莽撞，好像置身险境而其乐无穷。他被敌方俘获，囚禁起来，又作为战俘交换，但一经交换，他又赶忙回去投入战斗。1863年7月，在肯塔基州莱巴嫩的一次小规模战斗中，由于托马斯行动鲁莽，约翰命令他撤离战场。但等到冲锋号吹响，托马斯·亨特·摩尔根少尉就向前冲去，胸部中弹，心脏被打穿。查尔顿在战场上写信给母亲，说：“汤姆的死，使我觉得我今后的幸福全被毁了。我爱他胜过其他兄弟。”
同月晚些时候，在一场力不从心的袭击中，约翰.亨特.摩尔根连同几百名部下被活捉，押解至俄亥俄州。摩尔根几兄弟，包括查尔顿在内，被剃去须发，囚禁在哥伦布城的俄亥俄州监狱。约翰·摩尔根在他兄弟们和其他军官们的策划下越狱逃跑，这段往事是未来的遗传学家童年时代常常听到的故事之一，过后又讲述给他的孩子们听。不过，讲这故事的不是汤姆·亨特·摩尔根本人，而是他的母亲和妹妹。这是一场惊心动魄的脱逃壮举：首先偷偷挖了一条地道，然后以迅雷不及掩耳之势从警犬和残暴的狱卒中冲过，爬火车，骑烈马，历经种种危险，穿过北军的占领区，最后回到了自己的队伍。
约翰·亨特屡败屡战，又重新组织袭击。他从来就不是一个优秀的战略家，现在好像再也无法约束自己的部下。比如，据说有一起银行抢劫案，就牵连到他的袭击队员。与此同时，查尔顿和其他兄弟们仍身陷囹圄，由于参与了越狱行动，受到严密监视。他们苦闷无比，查尔顿尤甚。他们的母亲天天都给他们写信，但信件要经过严格检查，不能及时送到他们手中。查尔顿不断给住在巴尔的摩的三表妹埃伦·基·霍华德小姐写信，写得越来越钟情，越来越炽烈。
1864年3月，他被俘快满一年，查尔顿被转移到特拉华堡，那是一个正规的军事监狱。约翰·亨特·摩尔根1864年9月4日在田纳西州格林维尔战死的消息传来时，他仍是一个战俘。一直到翌年2月，也就是他被囚近两年时，查尔顿才获释。那时，他妹夫巴兹尔·杜克继约翰任司令，驻军弗吉尼亚，当查尔顿赶到弗吉尼亚时，南军统帅李将军已在阿波马托克斯向北军投降。于是大家只好各自回家。
1865年12月7比查尔顿同埃伦·基·霍华德（家里人叫她内利)在巴尔的摩的以马内利圣公会教堂举行婚礼，当地几百名社会名流出席了结婚仪式。埃伦·基·霍华德是《星条旗歌》作者弗朗西斯·斯科特.基的外孙女；她祖父约翰.伊格.霍华德是美国独立战争中的英雄，1788-1791年任马里兰州州长。人们谈到埃伦，常说她“像报春花一样美丽”。更为重要的是，她是南方忠贞不渝的女儿。她对查尔顿的爱情，由于他为南军遭受了牺牲而更加深挚。他们共同的忠于南方的信念一直是维系他们婚姻的重要纽带。新婚夫妇回到霍普蒙特。由于战争中帮助南军的人曾被剥夺公民权和财产权，列克星敦摩尔根家族的家业开始败落。肯塔基大麻业萧条，而摩尔根兄弟没有及时转向经营烟草。约翰.亨特.摩尔根死后，由老二卡尔文主持留下来的大麻经销公司。一大家人挤在摩尔根老太太这幢邸宅里：卡尔文的妻子、卡尔文的岳母（从弗吉尼亚久经战乱的城市里士满来的难民）、理查德.柯德（他母亲的专职保镖，在她死后很久才结婚）、弗爵西斯·基（被这一家宠坏了的孩子，退役军人，二十岁时还蹲过北军的牢房）——现在又加上查尔顿和内利。他们到达列克星敦时，内利已有身孕。
这孩子1866年9月25日出生在霍普蒙特。查尔顿只希望孩子长大成人能够“勇敢而高尚，不致辱没了他的名字”。他在给约翰·亨特·摩尔根的遗孀的信中说，他“本来想用大伯的名字给孩子取名为约翰，但又想到将军的英名将会百世留芳，而汤姆牺牲时：地位卑微，史书上不会有他的位置，所以给孩子取名为托马斯。”
就这样，在这个人口众多、富有传奇色彩的大邸宅里，未来的科学家、诺贝尔奖获得者托马斯·亨特·摩尔根出世了。他最初几岁就是在这里度过的。这时，他的祖母给查尔顿、内利和这个孩子准备了一份小礼物：在紧靠霍普蒙特后面的百老汇街上（现在的北百老汇街210号）建一座房子。房屋的修建由查尔顿监管，他妈妈出钱并保留所有权。汤姆四岁时，妈妈生了个小弟弟，取名查尔顿；七岁时又添了个小妹妹，埃伦，基·霍华德·摩尔根。于是，一家满员了。摩尔根一家每年夏天必定去马里兰州霍华德家探亲。由于查尔顿拼死拼活想要在华盛顿谋个职务，平时也经常在霍华德家进进出出。双方都是值得骄做的家族，尽管他们的大部分财产早已损失殆尽，但仍保持着南方贵族的习惯和风度。女人们笃信宗教，至少是忠于各自的圣公会——摩尔根家的女人是列克星敦的基督会的忠实信徒，霍华德家的女人忠于巴尔的摩的以马内利圣公会。顺便谈一段轶事，小汤姆的叔叔，勇敢得近乎鲁莽的托马斯.亨特。摩尔根生前去参加一个浸礼会，教堂却根据记录本说他家里没有一个人是基督徒。但这一定只代表他们对圣公会的看法，而不表示他们对摩尔根一家有成见。
查尔顿和内利把大部分精力花在事业上，但结果总不成功。查尔顿不论如何卖劲，如何运用家族的影响，他在宦途上还是越来越不走运，于是他用越来越多的时间同老战友通信，协助组织摩尔根袭击队员重聚联欢。成百上千的老兵参加了这类活动，甚至到2O世纪还继续进行。第一次联欢时，汤姆·摩尔根才一岁半，这次是把约翰·亨特·摩尔根将军和托马斯·亨特·摩尔根少尉的遗体从原来安葬的地方迁回列克星敦。在汤姆上大学二年级那年还有一次戏剧性的仪式。以查尔顿为主要组织者的几百名原南军将士骑着大马浩洁荡荡列队进城安营扎寨。将军唯一活着的孩子，一个名叫约翰尼的遗腹女儿（当时十九岁）检阅了他们的队伍，并被授予以他父亲的名义赠送的礼物。第三次为他大伯父举行的纪念活动（也是他父亲组织的最后一次）汤姆没回家。当时他已四十几岁，正开始从事导致他获诺贝尔奖的研究工作。，正值当侄子的在纽约一个实验室拿着柄放大镜观察果蝇的时候，列克星敦大多数居民都涌上街头去观看南军雷神骑着战马的大型塑像的揭幕典礼。这一尊塑像至今仍然屹立在梅因大街上法院的门前。
在汤姆的童年和少年时期，约翰·亨特·摩尔根的名字不断在他耳边回响。他午后放学回家时，经常碰见一个老兵在门口等着要见查尔顿上尉和内利小姐。他们两人都极乐意帮助从前甫军的将士和他们的家属。不但有由政府出资举办的纪念他怕父的活动，出版歌颂他伯父的歌曲和书籍，而且，那数以千计的自称曾经一度同摩尔根一道驰骋疆场的人中，不论谁有什么周年纪念日或去世，总又会有新的回忆录和故事出版，记述摩尔根袭击队员的功勋。后来，摩尔根的部下所剩不多了，那么，即使是自称曾给摩尔根的战马钉过蹄铁的人去世也够条件。摩尔根究竟是南军真正的英雄，还是北军的手下败将，或者简直是个无赖——这一笔长期纠缠不清的细帐，就渐渐无人争辩了。当然，摩尔根家族对此是十分敏感的。
然而，尽管他父母是那么看重这一段往事，托马斯·亨特·摩尔根一经开始了自己的工作，就没为此占用一点时间。甚至在年纪还小的时候，他就觉得这类事没有多大意义。他很小就有了自己的兴趣和爱好，不管是摩尔根这一家或是霍华德那一家，谁都不像他。他无论在哪里，样子总是不振作，大家觉得他有点像个书呆子。他有一个捕蝴蝶的网。他还组织列克星敦的伙伴和巴尔的摩的表兄弟去列克星敦郊外或霍华德家在马里兰州奥克兰的夏季别墅附近的山里去采集标本。他的技术欠佳。有一次，正当他和堂兄约翰·亨特·摩尔根动手解剖一只猫时，这家伙一下子苏醒过来，怒吼着跳下桌子逃跑了。汤姆十岁那年，他分得了百老汇街那幢房屋顶楼上的两间屋子。他自己动手油漆墙壁，贴上糊墙纸，在里面摆上他收集的标本，有剥制过的鸟，有鸟蛋、蝴蝶、化石、矿石，还有从野外捡来的各种各样的东西。这两间屋子属他专有，家里的人谁都不去动里面的东西。听说，在摩尔根家三个孩子中的最小的一个（汤姆的妹妹内利）1956年去世时，这些东西仍然完好无损。内利一生一直住在这幢房屋里。亨特、摩尔根、基、霍华德四个家系常自诩出过富商，出过外交官，出过律师，出过军人，但在他们精心保存的族谱中却没有一个科学家。用今天的遗传学术语来说（摩尔根同其他人一道创造了这个词儿），他也许是个“突变”。
1880年，汤姆满十四岁后一星期，被录取进了设在列克星敦的新建的肯塔基州立学院预科学习。当时肯塔基州布卢格拉斯地厦正进行教育体制改革，院系调整频繁，这所学校的兴建是一系列重组、合并、分立的一项最新措施。虽然这个学院后来站稳了脚跟，井进一步发展成现在的肯塔基大学，但汤姆入学时，正是它最混乱的岁月。
当这所学院两年前从肯塔基大学中分出来时，失去了它所有的财产和校舍。1880年，234名学生和17名教职员大部分挤在一幢临时租用的座落在现今伍德兰公园的楼里。从地下室到顶楼，每间屋都住满了人。离城四分之三英里的地方，从共济会手中又租来了三间房，商业系、化学系和教育系设在其中。列克星敦把过去集市那块地皮捐赠给学院，正在修一幢行政大楼，但两年后汤姆进入大学本科一年级时，校舍仍然极为紧缺。
学校只收男生。他们这伙人行为粗鲁，常常吵吵闹闹，使当地的市民和爱看报的公众既喜欢，又讨厌。学校生活制度极严，所有的学生，包括摩尔根在内，全是军官候补生，必须穿价值二十美元一套的军装（学费才十五美元），每天军训一小时，每星期五天。五点半起床号响了，这是一天的开始，晚上十点的熄灯号才结束一天的活动。白天，军号声把学生赶进课堂、教堂、自习室和饭厅。除此之外，校方还精心制定了189条校规，而且授予教职员一项权利（实则为义务），再多想出几条。全体学生每个星期天至少必须作一次礼拜。学生不得携带枪支或猎刀（不过很多学生不理会这上条）。除了教科书以外，学生必须要有校长特许才能把其它书籍或报纸带进校舍，难怪摩尔根被记过几次过，主要是因为作礼拜迟到，或是在教室和大厅里不守秩序。
理科课程开设不多。普通生（以别于商科生和师范生）可以在经典学科和理科间自行选择。摩尔根选了后者。理科学生主修课程有数学、物理与天文、化学、农业与园艺、兽医学、历史与政治经济学、心理与伦理学、拉丁文（另加法文或德文）、应用力学、英文、工程学、庭园设计与美化，等等。
但对于摩尔根，所有课程的核心部分是贯通四年的博物学，授课教师是A.R．克兰德尔教授。他身材细长，下巴上蓄着一撮尖尖的胡须，原来一直搞联邦的地质调查工作，现在一面在肯塔基讲授博物学全部课程和另外许多门理科的课程，一面完成他的博士论文。他是一个极为出色的博物学家。汤姆喜欢他，后来曾说过他从未见过比克兰德尔“更好的人或更出色的教师”。像美国大多数大学一样，当时的博物学主要是指系统植物学，特别侧重于比较和分类，动物学也基本如此，只是更简略一些，在博物学这一范围内还包括一门保健和人体生理学，也讲一点地质学和地理学，主要是因为这些课程与煤矿有关。当时肯塔基已开始筹建农业试验站，所以也特别重视农业方面的课程：栽培与繁殖，生长的规律，森林与农业的关系等。
由于克兰德尔的影响，汤姆每年暑假都参加马里兰州和肯塔基州的联邦地质调查。野外找矿的工作又热又脏，接下来是单调乏味的化学分析。他明确了自己不是当地质工作者的材料。这段经历为今后的生活提供了很好的借鉴，他用优美的肯塔基文体写道：十六岁的一年级大学生摩尔根走进深山里的一家乡村小店，站在一个大肚小火炉面前，满腹猜疑的山民们目不转睛地打量着他。其中一人发现他佩带着一枚胸章，于是大伙儿就议论开了。就他们所知，佩有政府胸章的必是税务官无疑，而税务官又总是爱撒谎说他们从老远跑到深山里来只是为了寻找煤炭这种不值钱的东西。汤姆请在座的一位拉小提琴的人吹起水手的号角，他自己跳起复杂的快步舞，这样才打破了紧张局面，说明他确非税务官员，位店里的气氛由敌对转为友好。“凡是克兰德尔没教的理科课程，汤姆都是在罗伯特·彼得博士门下学的。他是原来的特兰西瓦尼亚大学医疗系前系主任。这个年事已高的博士是个非凡的人物——他是医生、历史学家、出色的植物学家，又是肯塔基州地质调查最早的组织者，是俄亥俄河流域的科学先驱。然而，这一切毕竟已是好久以前的事了。
摩尔根后来常常宽厚地提起肯塔基州立学院。他承认当时的条件的确简陋，但“为我们打下了坚实的基础”，“聘用的教师之出色令人惊叹”。但摩尔根在校的那几年里，这批出色的教师们的观点却有很大分歧。彼得博士反对任用另一名教师以加强薄弱的化学、动物学、植物学和兽医学等课程。学院院长詹姆斯·帕特森却认为彼得博士没跟上化学的发展，在课堂上讲的都是五十年前的旧货。他甚至在公开的场合说出这种看法。他说，事情还不只如此，彼得博士已半聋半瞎，无法控制学生，以至课堂上总是乱作一团。这场争执是摩尔根在校时发生的，1887年他毕业之前才算了结。结果彼得以晋升“荣誉教授”为名受到排斥。他可以保住自己的实验室，但不得再上讲台。
汤姆毕业后第二年，克兰德尔教授泄露了他对该校理科教学的安排是否成功所抱的怀疑。不幸的是他说这种知心话找错了对象，这位朋友是报社的记者，邻近一个小镇温切斯特一家报纸报道说学校管理不善，理学系尤其糟糕。1889-1890年度州立法机构开会调查，克兰德尔和帕特森在会上互相攻击，语言尖刻。克兰德尔坚持说帕特森院长完全忽视了理科，而帕特森反驳说他井没有忽视，只有克兰德尔这种“半瓶醋的新英格兰佬”才会提出这样的责难。帕特森虽然勉强承认了克兰德尔在教学上有一些优点，但总的来说，他觉得理学系要是没有克兰德尔反倒会办得更好些。
除了开设课程门类不多以及理科教员与学院行政领导之间的摩擦外，摩尔根在大学里还有他自身的难题。作为南军雷神的亲侄子，如果碰到的老师和同学是同情南军的，这当然是好事；如果他们不是南军的同情者，事情就不好办。就拿汤姆的法文老师来说吧，他在北军里当过兵，曾在摩尔根袭击队的逼迫下骑着骡子从辛辛那提后退了九十英里路到列克星敦。据说，由于怀着对汤姆伯父的宿怨，他差点给汤姆打个不及格。
对于约翰·亨特·摩尔根，彼得博士也有一些不愉快的回忆。约翰曾在特兰西瓦尼亚大学念书，当时彼得是那儿的教员。约翰·亨特精力过于旺盛，喜欢冒险，无法再读下去。但这个退学生对于自己从前的老师总是十分尊敬。可惜内战开始后彼得成了一名坚定的联邦主义者，挥起军刀对南军袭击队毫不留情。又由于彼得博士是列克星敦联邦军医院的外科主治大夫，每次南军临时攻占了这个城市的时候，摩尔根将军就认为必须把彼得博士拘留起来。不过，彼得博士还是喜欢汤姆，他是他儿子的好朋友。有一回，他让两个孩子一起做甜菜选种实验——当时这被看作属于化学或栽培研究，现在应归入遗传学的范围。
托马斯·亨特·摩尔根获得了肯塔基州立学院1886年授予的唯一的理学士学位。教员们以五票赞成、四票反对选定他为毕业生代表，在毕业典礼上致告别词。威廉·普鲁伊特获得另外四票，也在台上宣读致敬信。罗伯特·普鲁伊特也是1886届毕业生。
一个获得理学士学位的人能在列克星敦做什么？摩尔根心中无数。他有一次说，他之所以进入研究生院是因为不愿经商，但又不知道另外有什么事可干。在另一场合他又说，他之所以到约翰斯·霍普金斯大学是因为有位原肯塔基州立学院的理科学生约瑟夫·卡斯尔两年前到了霍普金斯。加之，巴尔的摩是他母亲的老家，霍华德一家（包括他母亲在内）当然觉得在巴尔的摩找所学校读书是很合适的。“但那时我的确不太明白，”摩尔根接着说，“他们对于在他们中间正出现一所了不起的大学几乎一无所知。我觉得，对于那座欢乐的城市中绝大多数旧式家庭，这是很有代表性的。”不过这也无关紧要。无论摩尔根当时已基本上意识到这点，或纯粹是由于幸运，霍普金斯大学对于一个学生物学的学生的确是个再好不过的地方。_