一、本書以清嘉慶八年1803臥閑草堂刻本[簡稱臥本]為底本。
　　二、以下列各本為校本：
　　1、嘉慶鹹豐間蘇州潘氏抄本[簡稱抄本]。
　　2、同治八年1869蘇州群玉齋活字本[過去分別稱為「蘇州書局本」、「群玉齋本」，實是同一版模不同版次的印本，正文文字完全相同，本書統稱蘇州群玉齋本，簡稱蘇本]。
　　3、同洽十三年1874上海申報館第一次排印木[簡稱申一本]。
　　4、光緒七年1881上海申報館第二次排印本[簡稱申二本]。
　　嘉慶二十一年1816清江浦註禮閣刻本和藝古堂刻本都是臥本的覆印本，除個別地方對臥本的空缺有填補外，版框、行格、文字與臥本都完全相同，於此統作說明，後不再出校。
　　三、以下列各本為參校本：
　　1、同治十三年1874齊省堂增訂本[簡稱齊本]。
　　2、光緒十二年1886經徐允臨校閱過的上海寶文閣刊天目山樵評[其中每條夾批前引有儒林外史的有關正文，可資參校]。
　　3、光緒年間上海徐允臨從好齋輯校本[簡稱從好齋輯校本]。
　　4、光緒十四年1888上海鴻寶齋增補齊省堂本[簡稱增補齊本]。
　　5、民國初上海商務印書館鉛印本[簡稱商務本]。
　　6、上海亞東圖書館鉛印標點本，一九二二年第四版[簡稱亞東本]。
　　四、臥本雖是其後各本的祖本，但各本對臥本的誤刻、倒刻、漏刻各有所訂正。本書以各本同底本逐字對校比勘，采擷妥善的改乙刪增用以校正底本的訛舛衍奪。各校本都不能校正的，就以參校本校訂。　

　　一，本書會輯的評語有以下各種：
　　1、臥閑草堂本評語[簡稱臥評]。有回末總評，其中第四十二至四十四、第五十三至五十五凡六回評語原缺。
　　2、齊省堂增訂本評語[簡稱齊評]。有眉批和部分回末總評。
　　3、申報館第二次排印本中天目山樵評語[簡稱天一評]。有句中雙行夾批和部分回末總評。
　　4、天目山樵《儒林外史評》[簡稱天二評]。有句中雙行夾批和部分回末總評。
　　天二評後出，條目、文字與天一評均有出入。凡與天一評內容文字全同的條目標“一、二評”，以示重合，內容不同的條目分別標天一評、天二評。意思相同僅文字略出入者，本書錄天二評為正文，在括號內註明天一評的不同之處，夾批的位置一般也依天二評，天一評相應條目位置的移動，衹在需要說明時註明原批位置。
　　5、黃富民評。天一、二評中夾有三條黃小田的評語，原標為“萍叟雲”，另天津徐世章1923年本以群玉齋本合1881年天評、黃評重裝。黃小田評全據此。
　　6、潘祖蔭評。蘇州潘氏抄本中有兩條眉批，前條署“伯寅記”，後條字跡相同。
　　7、華約漁評[簡稱約評]。從好齋輯校本中有華約漁的眉批十餘條，以“約記”標志。
　　8、石史評。從好齋輯校本中有徐允臨的眉批十餘條，蓋有「石史」印章作標志。
　　9、平步青評。平步青《霞外攗屑》捲九《小棲霞說稗》中有數十條評語，主要針對天目山樵評語而發。
　　二、原來各本的夾批、眉批，本書一律列於相應正文之下，原來各本的回末總評，仍列於每回正文之後。各傢評語原則上按作評時間先後排列，即：臥評、齊評、萍叟評、天一評、天二評、潘祖蔭評、約評、石史評、平步青評、黃小田評。