傅斯年主持制定过教员聘任及升级标准六条，以保障取得大学教师资格者的合法权益。他制定了严格的图书馆管理、附属医院管理等一系列规章制度，狠抓各项规章制度的贯彻落实，使校务工作迅速步入正轨，为学校的长远发展奠定了坚实的基础。并鞭策大学老师苟日新，又日新，日日新地不断进取，不能睡在床上吃老本。他原则上赞许大学的讲座制度，认为要保障教授的独立性与教学自由，如果大学教授与中学教员一样，大学便不成其为大学。
在提高师资素质的同时，傅斯年着手整顿沿袭已久的新生入学不公平现象，制定了周密的考试与录取制度，努力改进命题卷和评卷各环节的组织保密工作，杜绝为权贵大开方便之门的混乱局面的出现。在他上任后的1950年夏的高考，台大的考试录取办法十分严格完善。报名时审查证件没有丝毫敷衍塞责；对泄题的防范可谓疏而不漏，每题不仅有标准答案还有得分要点；考试时学生单人单桌，每一考场有几名监考，门外警察巡逻；阅卷录取更加小心谨慎，如考生觉得分数有误，便可以直接要求查阅。傅斯年以雷厉风行的坚决态度顶住各种社会压力，终于使考试工作中的舞弊现象在他的视野里彻底消失。
为力刹新生录取的说情之风，傅斯年多次在报端发表公开声明，称假如自己以任何理由答应一个考试不及格或未经考试的学生进来，就是对校长一职的失职。所以他奉告至亲好友千万不要向他谈录取学生事，"只要把招生简章买来细细照办，一切全凭本领了，而其他是毫无通融例外之办法"。如果有人查出他有例外通融之办法，应由政府或社会予以最严厉之制裁。他还在校长室门前树起一块告示牌，上书曰："有为子女入学说者，请免开尊口！"
傅斯年为人胸襟坦荡，做事光明磊落，上行下效共同治理招生考试的舞弊行为。当时台大职工最怕"入围"出试题、印试卷。时正值流火的盛夏，在学校图书馆门窗被封闭的一角，门外密布着岗哨，当时又没有空调设备可以消暑，人进入像坐牢似的一关几天，有位老教授只好带着氧气瓶进去。
台大讲师殷海光上课因为评分标准严格，期末大批学生逻辑课程不及格，家长跑到傅斯年这告状，傅斯年高声重复了殷海光的理由：这是西南联大的标准！因为傅斯年目标是要把台大办成一流的大学，成为台湾的学术文化中心。作为五四之子的傅斯年，他在北大度过了人生中重要的六年，赶上了蔡元培主政的时光，北大"兼容并包，思想自由"的观念与"教授治校，学生自治"的一套制度已经植根于他生命深处。30年前他的作为表明他是当年五四理想最好的捍卫者，30年后当他在乱哄哄的孤岛上受命主持小小的台大时，他心中的模本就是30年前的北大。同为五四时期北大学生领袖的罗家伦常开玩笑说，蔡元培、胡适是北大的功臣，而他和傅斯年是功狗。傅斯年对北大有功，对台大的功劳更是彪炳史册。
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