1902 年，杜邦百年大庆。也在这年，尤金突然离世。几个年迈的董事措手不及，无人愿意担当杜邦的新领袖。他们觉得最好的办法就是把杜邦公司卖给竞争对手拉夫林•兰德公司，当时的估价是 1200万美元。
董事中惟一的年轻人，创始人伊雷内的曾孙艾尔弗雷德•伊雷内•杜邦对老人们的决定大为不满，他觉得祖宗基业怎能旁落他人之手，何况是卖给一直以来的手下败将。艾尔弗雷德提议，与两个堂兄弟托玛斯•克莱蒙•杜邦和皮埃尔•塞缪尔•杜邦携手接班，这就是日后人们津津乐道的杜邦中兴三巨头。
当时，只有艾尔弗雷德在杜邦公司工作，另外两个都在其他企业，并且在矿业和铁路积累了丰富的管理经验。他们意识到单人决策的局限，决定实行集团式经营管理。新的管理架构决策权依然掌控在家族手中，但是在执行层面上，他们不再亲力亲为，交由执委会执行。
在集团经营的管理体制下，由于实行了统一指挥、垂直领导和专业分工的原则，公司各岗位的职责十分清楚，效率显著提高，大大促进了杜邦公司的发展。而后来，杜邦公司又发现集团式经营权力过于集中，没有弹性，不能适应市场的变化，于是又进行了改革，实行多分部体制。把权力下放，使得公司能很好地适应市场变化。这两次改革都是在集权和分权之间调整。
尤金时代，杜邦公司作为行业联合体的领袖企业，虽然可以通过股份控制其他企业的资产，但是却无法对这些企业实施管理。比如，财务专家皮埃尔等人在仔细盘点杜邦的资产后发现，公司的资产居然两倍于董事们的估计。这说明，企业自身的有效信息传达是不畅通的，资源状况不被管理者掌握，更谈不上资源的有效利用、单位成本的降低以及劳动生产率的提高。于是，皮埃尔三兄弟借杜邦重组的机会，把这个松散的行业联盟变为一个一体化的集权管理的企业。
在对公司所有资产盘点完之后，他们决定成立一家新的公司： e. i. 杜邦•德尼莫火药公司。科尔曼利用个人魅力，说服其他企业的股东将股份卖给杜邦，或者置换新公司的股份。在法律和财务层面上的设计完成之后，皮埃尔集中全部精力进行公司的组织结构设计。在财务、法律、组织三方面都有保证的情况下，三巨头和 j. a. 哈斯克尔、h. 巴克斯戴尔一起努力，在6个月内整合了美国炸药工业2/3的资源，包括以400万美元的代价收购惟一竞争对手拉夫林•兰德公司。据《美国企业史》作者塞利格曼的统计，自 1902年起，到1905年杜邦共兼并企业64家，实际控制 69家。
艾尔弗雷德喜欢技术，科尔曼具领袖风范，皮埃尔精通财务和公司组织结构设计。三兄弟接管后，他们在建立中央集权的管理组织结构过程中，明确了管理者的两种职责，即企业家活动和运营活动。前者宏观，在乎企业未来发展和运营评估；后者微观，关注日常运营。为此，制造部门和销售部门就有了副总裁和经理两个职位的设置，其他五个职能部门，基本材料部、发展部、房地产部、法律部和财务会计部都直接向总裁报告。